Metrikler
Yayın
85
Açık Erişim
20
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Duyurular & Dokümanlar
Dosya İndir
Eğitim Bilgileri
2006 - 2011
2006 - 2011Doktora
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bilgisayar Mühendisliği (Dr), Türkiye
2001 - 2003
2001 - 2003Yüksek Lisans
Sabancı Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği Ve Bilgisayar Bilimi (Yl) (Tezli) (İngilizce), Türkiye
1996 - 2001
1996 - 2001Lisans
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Türkiye
Yaptığı Tezler
2011
2011Doktora
Network structure based pathway enrichment system to analyze pathway activities
Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bilgisayar Mühendisliği (Dr)
2003
2003Yüksek Lisans
Computational approaches to protein structure prediction
Sabancı Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği Ve Bilgisayar Bilimi (Yl) (Tezli) (İngilizce)
Araştırma Alanları
Biyoenformatik
Biyohesaplama
Yapay Zeka, Bilgisayarda Öğrenme ve Örüntü Tanıma
Sinirsel Ağlar
Biyomedikal Görüntü İşleme
Akademik Ünvanlar / Görevler
2020 - Devam Ediyor
2020 - Devam EdiyorDoç. Dr.
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2014 - 2020
2014 - 2020Dr. Öğr. Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2011 - 2014
2011 - 2014Uzman
Technische Universitaet Dresden, Biotechnology Center, Bioinformatics Group
Yönetimsel Görevler
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam EdiyorBüyük Veri Koordinatörlüğü Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam EdiyorBölüm Müdek Komisyonu Başkanı
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2021 - Devam Ediyor
2021 - Devam EdiyorBölüm Öz Değerlendirme Komisyon Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2023 - 2024
2023 - 2024Bölüm Akademik Teşvik Değerlendirme Komisyonu Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2020 - 2023
2020 - 2023Uygulama ve Araştırma Merkezi Yönetim Kurulu Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2020 - 2023
2020 - 2023Bölüm MÜDEK Komisyonu Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2020 - 2023
2020 - 2023Bölüm Başkan Yardımcısı
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2020 - 2023
2020 - 2023Bölüm Bologna Koordinatörü
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2018 - 2022
2018 - 2022Bölüm Akademik Teşvik Değerlendirme Komisyonu Üyesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
2016 - 2019
2016 - 2019Bölüm Başkan Yardımcısı
Dokuz Eylül Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
Verdiği Dersler
Doktora
Doktora
Ph.D. Research
Bioinformatics Algorithms
Ph.D. Thesis
Ph.D. Seminar
BİOİNFORMATİCS SCRİPTİNG AND PROGRAMMİNG
Yüksek Lisans
Yüksek Lisans
MSc Research
MSc Thesis
Foundations and Applications of Social Network Analysis
MSc Seminar
GRAPH THEORY AND ALGORİTHMS
Lisans
Lisans
SENİOR PROJECT
Computer Engineering Design
ALGORİTHM ANALYSİS
INTRODUCTİON TO BİOİNFORMATİCS ALGORİTHMS
Introduction to Machine Learning
INTRODUCTION TO QUANTUM COMPUTING
Data Structures
DATA STRUCTURES AND ALGORİTHMS
Senior Project Proposal
Project Based Learning 2
Project Based Learning 3
Concepts of Programming Languages
Yönetilen Tezler
Devam ediyor
Devam ediyorDoktora
Skin Lesion Diagnosis by Using Hybrid Deep Learning Models
Işık Z. (Danışman)
O.Alptekin(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Developing Novel Targeted Theraphies Towards High Grade Glioma by Using Omics Data Integration Approaches
Işik Z. (Eş Danışman), Oktay Y.
F.Öztoprak(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Identification of similar patient groups in different cancer types
Işik Z. (Danışman)
E.Demir(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Development a computational compound repositioning approach
Işik Z. (Danışman)
A.CÜVİTOĞLU(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Diagnosis of Dementia Using Deep Neural Networks with Multimodal Imaging and Clinical Data
Işık Z., Baştanlar Y.(Eş Danışman)
A.Yiğit(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Omics veri entegrasyon yaklaşımlarını kullanarak yüksek dereceli gliomaya (HGG) yönelik yeni hedefli tedavilerin geliştirilmesi
OKTAY Y. (Eş Danışman), IŞIK Z. (Eş Danışman)
F.ÖZTOPRAK(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Hesaplamalı bir bileşik yeniden konumlandırma yaklaşımı geliştirilmesi
IŞIK Z. (Danışman)
A.CÜVİTOĞLU(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Benzer hasta gruplarının farklı kanser türleri içinde bulunması
IŞIK Z. (Danışman)
E.DEMİR(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Çok modlu görüntüleme ve klinik verilerle derin sinir ağları kullanarak demans tanısı
IŞIK Z. (Eş Danışman), IŞIK Z.(Eş Danışman)
A.YİĞİT(Öğrenci)
2020
2020Yüksek Lisans
Stock market prediction using machine learning models
IŞIK Z. (Danışman)
A.SİTE(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Discovering disease-causing genes by network analysis
Işık Z. (Danışman)
S.TENEKECİ(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Biomarker identification for discrimination of cancer types
IŞIK Z. (Danışman)
C.BUĞRA(Öğrenci)
2018
2018Yüksek Lisans
Survival time prediction of cancer patients
IŞIK Z. (Danışman)
M.ECE(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Prediction of synergistic drug combinations by using machine-learning methods
Işık Z. (Danışman)
A.CÜVİTOĞLU(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Identification of breast cancer sub-types by using machine learning techniques
IŞIK Z. (Danışman)
Y.BURAKGAZİ(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Evaluation of effects of the drug treatments on biological networks
IŞIK Z. (Danışman)
S.ERCE(Öğrenci)
Makaleler
Tümü (31)
SCI-E, SSCI, AHCI (21)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (22)
ESCI (1)
Scopus (23)
TRDizin (4)
Diğer Yayınlar (4)
2024
20241. Editorial: Biomarkers and mechanisms of gastrointestinal diseases
Isik Z., ÇALIBAŞI KOÇAL G., Yilmaz O.
FRONTIERS IN GENETICS
, cilt.15, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20242. New treatment alternatives for primary and metastatic colorectal cancer by an integrated transcriptome and network analyses.
Karaca C., Demir Karaman E., Leblebici A., Kurter H., Ellidokuz H., Koc A., et al.
Scientific reports
, cilt.14, sa.1, ss.8762, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20243. In Silico Approach to Molecular Profiling of the Transition from Ovarian Epithelial Cells to Low-Grade Serous Ovarian Tumors for Targeted Therapeutic Insights.
Leblebici A., Sancar C., Tercan B., Isik Z., Arayici M. E., Ellidokuz E. B., et al.
Current issues in molecular biology
, cilt.46, sa.3, ss.1777-1798, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20234. Network-Based Community Detection of Early-Stage COVID-19 Pandemic Based on the International Geographical Distance
Bağcı Daş D., Işik Z.
SIGMA JOURNAL OF ENGINEERING AND NATURAL SCIENCES
, cilt.41, sa.4, ss.665-676, 2023 (ESCI, Scopus)
2023
20235. Multi-Omics Data Analysis Identifies Prognostic Biomarkers across Cancers
Demir Karaman E., Işik Z.
MEDICAL SCIENCES
, cilt.11, sa.3, ss.1-24, 2023 (Hakemli Dergi)
2023
20236. Application of network embedding and transcriptome data in supervised drug repositioning
Kart Tokmak Ö., Kökçü G., Naz Çoçan I., Tonç B., Cüvitoğlu A., Işik Z.
International Journal of Information Technology (Singapore) , cilt.1, sa.1, ss.1-7, 2023 (Scopus)
2023
20237. Comparative Transcriptome Analysis Identifies Target Genes for Treatment of IDH Wild-type Lower-grade Gliomas
Oztoprak F., Isik Z., Oktay Y.
İzmir Tepecik Eğitim Hastanesi Dergisi
, cilt.33, sa.1, ss.100-119, 2023 (TRDizin)
2023
20238. NMSDR: Drug repurposing approach based on transcriptome data and network module similarity
Ünsal Ü., Cuvitoglu A., Turhan K., Işik Z.
MOLECULAR INFORMATICS
, cilt.42, sa.3, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20239. Network neighborhood operates as a drug repositioning method for cancer treatment
Cuevitoglu A., Işik Z.
PEERJ
, cilt.11, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202210. Dementia diagnosis by ensemble deep neural networks using FDG-PET scans
Yigit A., Bastanlar Y., Işık Z.
SIGNAL IMAGE AND VIDEO PROCESSING
, cilt.16, sa.8, ss.2203-2210, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202211. In silico identification of novel biomarkers for key players in transition from normal colon tissue to adenomatous polyps.
Isik Z., Leblebici A., Demir Karaman E., Karaca C., Ellidokuz H., Koc A., et al.
PloS one
, cilt.17, sa.4, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202212. Integrative Biological Network Analysis to Identify Shared Genes in Metabolic Disorders
Tenekeci S., Isik Z.
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS
, cilt.19, sa.1, ss.522-530, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202113. Compound Target Identification in Tissue-Specific Interaction Networks
Dalkılıç F., Işık Z.
IEEE ACCESS
, cilt.9, ss.81702-81716, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202014. Akciğer ve Prostat Kanseri için İlaç Yeniden Konumlandırmanın Uygulanması
Cüvitoğlu A., Işık Z.
Avrupa Bilim ve Teknoloji Dergisi
, cilt.1, ss.297-304, 2020 (TRDizin)
2020
202015. A machine learning-based recommendation model for bipartite networks
KART Ö., Ulucay O., Bingol B., IŞIK Z.
PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS
, cilt.553, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202016. Applying deep learning models to structural MRI for stage prediction of Alzheimer's disease
Yigit A., Işık Z.
TURKISH JOURNAL OF ELECTRICAL ENGINEERING AND COMPUTER SCIENCES
, cilt.28, sa.1, ss.196-210, 2020 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)
2019
201917. Identification of Leukemia Subtypes from Microscopic Images Using Convolutional Neural Network
Ahmed N., Yigit A., IŞIK Z., ALPKOÇAK A.
DIAGNOSTICS
, cilt.9, sa.3, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201918. Ubiquitin-Proteasome Axis, Especially Ubiquitin-Specific Protease-17 (USP17) Gene Family, is a Potential Target for Epithelial-Mesenchymal Transition in High-Grade Serous Ovarian Cancer.
Yıldırım N., Çalıbaşı Koçal G., Işık Z., Saatli B., Saygili U., Uysal T., et al.
Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
, cilt.26, sa.6, ss.794-805, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201919. Predicting drug synergy for precision medicine using network biology and machine learning
CÜVİTOĞLU A., Zhou J. X., Huang S., IŞIK Z.
JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.17, sa.2, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
201820. A Hybrid Movie Recommendation System Using Graph-Based Approach
Tüysüzoğlu G., Işık Z.
International Journal of Computing Academic Research , cilt.7, sa.2, ss.29-37, 2018 (Hakemli Dergi)
2018
201821. Evaluation machine-learning approaches for classification of Cryotherapy and Immunotherapy datasets
CÜVİTOĞLU A., IŞIK Z.
International Journal of Machine Learning and Computing
, cilt.8, sa.4, ss.331-335, 2018 (Scopus)
2018
201822. Kanser Alt-Türlerinin Sınıflandırılması İçin RNA-Sekanslama ve RPPA Verilerinin Karşılaştırılması
IŞIK Z.
Dokuz Eylül Üniversitesi-Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi
, cilt.20, sa.59, ss.606-621, 2018 (TRDizin)
2017
201723. UBIQUITIN SPECIFIC PROTEASE-17 (USP17) RELATED GENES ARE POTENTIAL TARGETS FOR EPITHELIAL-MESENCHYMAL TRANSITION IN HIGH-GRADE SEROUS OVARIAN CANCER
Yildirim N., Kocal G., Işık Z., Saatli B., Saygili U., Cakiroglu E., et al.
INTERNATIONAL JOURNAL OF GYNECOLOGICAL CANCER
, cilt.27, ss.2050, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201724. Integration of RNA-Seq and RPPA data for survival time prediction in cancer patients
IŞIK Z., Ercan M. E.
COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE
, cilt.89, ss.397-404, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
201725. Estimation of Drug Treatment Effects on the Signaling Pathways
Erce S., IŞIK Z.
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics , cilt.7, sa.4, ss.213-220, 2017 (Hakemli Dergi)
2016
201626. Systematic drug perturbations on cancer cells reveal diverse exit paths from proliferative state
Zhou J. X., IŞIK Z., Xiao C., Rubin I., Kauffman S. A., Schroeder M., et al.
ONCOTARGET
, cilt.7, sa.7, ss.7415-7425, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201527. Drug target prioritization by perturbed gene expression and network information
IŞIK Z., Baldow C., Cannistraci C. V., Schroeder M.
SCIENTIFIC REPORTS
, cilt.5, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2014
201428. Network information improves cancer outcome prediction
Roy J., Winter C., IŞIK Z., Schroeder M.
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
, cilt.15, sa.4, ss.612-625, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)
2014
201429. Secure Algorithms for Biomedical Research in Public Clouds
Beck M., Haupt V. J., Moennich J., Roy J., Jakel R., Schroeder M., et al.
PARS-Mitteilungen , cilt.31, sa.1, 2014 (Hakemsiz Dergi)
2012
201230. A signal transduction score flow algorithm for cyclic cellular pathway analysis, which combines transcriptome and ChIP-seq data
IŞIK Z., Ersahin T., ATALAY M. V., Aykanat C., Cetin-Atalay R.
MOLECULAR BIOSYSTEMS
, cilt.8, sa.12, ss.3224-3231, 2012 (SCI-Expanded)
2004
200431. Protein structural class determination using support vector machines
IŞIK Z., Yanikoglu B., Sezerman U.
COMPUTER AND INFORMATION SCIENCES - ISCIS 2004, PROCEEDINGS
, cilt.3280, ss.82-89, 2004 (SCI-Expanded, Scopus)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2024
20241. Disease Prediction From Human Microbiome by Utilizing Machine Learning
Temel B. E., Kocapınar B., Işık Z.
9th International Conference on Computer Science and Engineering (UBMK), Antalya, Türkiye, 26 - 28 Ekim 2024, ss.683-688, (Tam Metin Bildiri)
2024
20242. Revealing the Effects of Normalization in Breast Cancer Mitotic Cells Detection
Gülye M., Dalkılıç F., Işık Z.
International Congress on Human-Computer Interaction, Optimization and Robotic Applications, İstanbul, Türkiye, 23 - 25 Mayıs 2024, ss.1-6, (Tam Metin Bildiri)
2024
20243. Revealing the Effects of Normalization in Breast Cancer Mitotic Cells Detection
GÜLYE M., DALKILIÇ F., IŞIK Z.
6th International Congress on Human-Computer Interaction, Optimization and Robotic Applications, HORA 2024, İstanbul, Türkiye, 23 - 25 Mayıs 2024, (Tam Metin Bildiri)
2022
20224. Analysis of Data Augmentation on Skin Lesion Classification by Using Deep Learning Models
Alptekin O., Işık Z.
2022 International Symposium on Multidisciplinary Studies and Innovative Technologies (ISMSIT), Ankara, Türkiye, 20 - 22 Ekim 2022, ss.629-634, (Tam Metin Bildiri)
2022
20225. Microarray and Pathway Analysis for Osteoarthritis Disease
Paksoy T., Işık Z.
2022 International Symposium on Multidisciplinary Studies and Innovative Technologies (ISMSIT), Ankara, Türkiye, 20 - 22 Ekim 2022, ss.375-379, (Tam Metin Bildiri)
2022
20226. Drug Repositioning Approach Based on Network Neighborhood Metrics and Transcriptome Data
Cüvitoğlu A., Işık Z.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Mersin, Türkiye, 20 - 21 Ekim 2022, ss.1-2, (Özet Bildiri)
2021
20217. Algorithm-based approach to uncover potential microRNAs related to cancers of the gastrointestinal track
Asfa S., Bonab R. A., Pavlopoulou A., Işik Z.
International Biotechnology Congress, İstanbul, Türkiye, 9 - 11 Eylül 2021, ss.132-137, (Tam Metin Bildiri)
2021
20218. Evaluation of Link Prediction Methods on Temporal Networks
Peten M. I., Işık Z.
Global Conference on Engineering Research (GLOBCER'21), İstanbul, Türkiye, 2 - 05 Haziran 2021, ss.412-420, (Tam Metin Bildiri)
2021
20219. Can the proton pump be used as a target for diagnosis and treatment of cancer?
Girgin E., Mehtiyev R., Öz J., Leblebici A., Çalibaşi Koçal G., Işik Z., et al.
2. Uluslararası Sağlıkta Yapay Zeka Kongresi, İzmir, Türkiye, 16 - 18 Nisan 2021, ss.123-124, (Özet Bildiri)
2021
202110. Meme ve Cilt Kanserleri için Ağ Benzerliğine Dayalı İlaç Yeniden Konumlandırma Yaklaşımı
Ünsal Ü., Cüvitoğlu A., Turhan K., Işık Z.
13. Tıp Bilişimi Kongresi , Ankara, Türkiye, 24 - 27 Mart 2021, ss.55-58, (Özet Bildiri)
2021
202111. Network-Based Integrative Analysis of Breast Cancer and Lung Cancer for Identifying Common Functional Mechanisms
Demir Karaman E., Işık Z.
2. Uluslararası Sağlıkta Yapay Zeka Kongresi, İzmir, Türkiye, 16 - 18 Nisan 2021, ss.63-64, (Özet Bildiri)
2020
202012. Integrative analysis of DNA methylation and RNA-sequencing data for identifying diagnostic cancer markers
Demir Karaman E., Işık Z.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT 2019), İstanbul, Türkiye, 22 - 23 Ekim 2020, (Özet Bildiri)
2020
202013. Derin Öğrenme ile Hisse Senedi Fiyat Analizi ve Öngörüsü
Site A., Işık Z.
28. IEEE Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları (SİU) Kurultayı, Gaziantep, Türkiye, 5 - 07 Ekim 2020, ss.1-7, (Tam Metin Bildiri)
2020
202014. Kolon kanserinde alt tip transkriptom veri analizi
Leblebici A., Çalıbaşı Koçal G., Pakdemirli A., Işık Z., Koç A., Başbınar Y., et al.
Uluslararası Sağlıkta Yapay Zeka Kongresi, İzmir, Türkiye, 16 - 18 Ocak 2020, ss.22, (Özet Bildiri)
2020
202015. The Analysis and Forecasting of Stock Price with Deep Learning
Site A., IŞIK Z.
28th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), ELECTR NETWORK, 5 - 07 Ekim 2020, (Tam Metin Bildiri)
2019
201916. Supervised link prediction developed for bipartite social networks
KART Ö., Hayirci E., KUT R. A., IŞIK Z.
3rd International Conference on Advances in Artificial Intelligence, ICAAI 2019, İstanbul, Türkiye, 26 - 28 Ekim 2019, ss.14-17, (Tam Metin Bildiri)
2019
201917. Network Based Approaches for Compound Target Identification
IŞIK Z.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT 2019), İzmir, Türkiye, 17 - 19 Ekim 2019, (Özet Bildiri)
2019
201918. Review of Drug Repositioning with Network Analysis in Cancer
ÜNSAL Ü., CÜVİTOĞLU A., IŞIK Z., TURHAN K.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT 2019), İzmir, Türkiye, 17 - 19 Ekim 2019, (Özet Bildiri)
2019
201919. Developing Combinatorial Therapies Towards Gliomas by Network-Based Analysis of Whole Transcriptome Data
Öztoprak F., IŞIK Z., OKTAY Y.
7th International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, İstanbul, Türkiye, 27 - 29 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2019
201920. Characterization of Cancer Types by Applying Machine Learning Methods on Blood RNA-Sequencing Data
Alkan C. B., IŞIK Z.
3rd International Symposium on Multidisciplinary Studies and Innovative Technologies, ISMSIT 2019, Ankara, Türkiye, 11 - 13 Ekim 2019, (Tam Metin Bildiri)
2019
201921. Subtype analysis of ovarian cancer in RNA sequencing data.
Leblebici A., Işık Z., Çalıbaşı Koçal G., Uncu B., Yıldırım N., Daşkın E., et al.
International Hippocrates Congress on Medical and Health Sciences, Ankara, Türkiye, 1 - 03 Mart 2019, ss.92-100, (Tam Metin Bildiri)
2019
201922. Sentiment Analysis in Turkish Text with Machine Learning Algorithms
Rumelli M., Akkus D., Kart Ö., Işık Z.
Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU), İzmir, Türkiye, 31 Ekim - 02 Kasım 2019, ss.123-127, (Tam Metin Bildiri)
2019
201923. Predicting Personality with Twitter Data and Machine Learning Models
Ergu I., IŞIK Z., Yankayis I.
Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU), İzmir, Türkiye, 31 Ekim - 02 Kasım 2019, ss.386-390, (Tam Metin Bildiri)
2019
201924. Stock Market Forecasting Using Machine Learning Models
Site A., BİRANT D., IŞIK Z.
Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU), İzmir, Türkiye, 31 Ekim - 02 Kasım 2019, ss.318-323, (Tam Metin Bildiri)
2018
201825. Gene co-expression network analysis to identify shared disease genes in metabolic syndrome, type 2 diabetes, and coronary artery disease
TENEKECİ S., IŞIK Z.
11th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Antalya, Türkiye, 25 - 27 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201826. Understanding lower-grade glioma progression by integrative analysis of glioblastoma recurrence
Öztoprak F., Okay K., IŞIK Z., OKTAY Y.
11th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, 25 - 27 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201827. Investigation of potential therapeutic targets by using in silico methods in glioblastoma
Uncu B., Asım L., Calibasi Kocal G., IŞIK Z., Basbinar Y.
25th Biennial Congress of the European Association for Cancer Research, Amsterdam, Hollanda, 30 Haziran - 03 Temmuz 2018, (Özet Bildiri)
2018
201828. Classification of CAD Dataset by Using Principal Component Analysis and Machine Learning Approaches
CÜVİTOĞLU A., IŞIK Z.
5th International Conference on Electrical and Electronics Engineering (ICEEE), İstanbul, Türkiye, 3 - 05 Mayıs 2018, ss.340-343, (Tam Metin Bildiri)
2018
201829. Application of Artificial Neural Networks in Dementia and Alzheimer's Diagnosis
Yigit A., Işık Z.
26th IEEE Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), İzmir, Türkiye, 2 - 05 Mayıs 2018, (Tam Metin Bildiri)
2018
201830. Graph-Based Data Mining for Compound Target Identification
DALKILIÇ F., IŞIK Z.
3rd International Conference on Computer Science and Engineering (UBMK), Sarajevo, Bosna-Hersek, 20 - 23 Eylül 2018, ss.84-89, (Tam Metin Bildiri)
2018
201831. Graph theory based classification of brain connectivity network for autism spectrum disorder
Tolan E., IŞIK Z.
6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, Granada, İspanya, 25 - 27 Nisan 2018, ss.520-530, (Tam Metin Bildiri)
2018
201832. Character Segmentation on Natural Images with Graph-Based Representation
Koksal A., IŞIK Z.
26th IEEE Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), İzmir, Türkiye, 2 - 05 Mayıs 2018, (Tam Metin Bildiri)
2017
201733. Destek Vektör Makineleriyle İlaç Birleşimlerinin Etkilerinin Sınıflandırılması
CÜVİTOĞLU A., IŞIK Z.
SIU 2017, 25. Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları Kurultayı, Türkiye, 15 - 18 Mayıs 2017, (Tam Metin Bildiri)
2017
201734. Yüksek dereceli seröz over tümörlerinin peritoneal metastazlarında epitelyal mezenkimal tranzisyon (EMT) ve mezenkimal epitelyal tranzisyon (MET) yolaklarının transkriptom düzeyinde değerlendirilmesi
YILDIRIM N., Calibasi Kocal G., IŞIK Z., Saatli B., SAYGILI U., Çakıroğlu E., et al.
22. Ulusal Kanser Kongresi, Türkiye, 19 - 23 Nisan 2017, (Özet Bildiri)
2017
201735. Classification of Effects of Drug Combinations with Support Vector Machines
CÜVİTOĞLU A., IŞIK Z.
25th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Antalya, Türkiye, 15 - 18 Mayıs 2017, (Tam Metin Bildiri)
2016
201636. Classification of Breast Cancer Subtypes By Using TCGA Data
IŞIK Z., Burakgazi Y.
International Mediterranean Science and Engineering Congress (IMSEC), 26 - 28 Ekim 2016, (Tam Metin Bildiri)
2016
201637. Survival time prediction by integrating RNA sequencing and RPPA data
IŞIK Z., Ercan M. E.
24rd International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Orlando, Amerika Birleşik Devletleri, 8 - 12 Temmuz 2016, (Özet Bildiri)
2015
201538. Breast cancer subtype prediction by using RNA sequencing data and machine learning methods
Burakgazi Y., IŞIK Z.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Muğla, Türkiye, 16 - 17 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
201539. Akıllı Obje Sistemi ile Zihinsel Engelli Bireylerin Eğitimi ve Rehabilitasyonu
IŞIK Z., Şahan M., Er A., Dinçer B., Ekici A., Ülke G., et al.
Akademik Bilişim Konferansı, Eskişehir, Türkiye, 4 - 06 Şubat 2015, (Tam Metin Bildiri)
2014
201440. Integration of gene expression data and biological networks for predicting cancer outcomes
IŞIK Z., Roy J., Schroeder M.
International Conference on Applied Informatics for Health and Life Sciences, Türkiye, 19 - 22 Ekim 2014, (Tam Metin Bildiri)
2013
201341. Can specific transcriptional regulators assemble a Universal Cancer Signature
Janine R., IŞIK Z., Pilarsky C., Schroeder M.
International Symposium on Computational Models for Life Sciences, Avustralya, 27 - 29 Kasım 2013, (Tam Metin Bildiri)
2013
201342. Evaluation of cyclic pathway activities by signal transduction score flow algorithm
IŞIK Z., Erşahin T., ATALAY M. V., AYKANAT C., ATALAY R., Schroeder M.
21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 12th European Conference on Computational Biology, Almanya, 21 - 23 Temmuz 2013, (Özet Bildiri)
2012
201243. Assessment of network data on outcome prediction of cancer patients
IŞIK Z., Roy J., Winter C., ATALAY M. V., ATALAY R., Schroeder M.
Systems Biology and Medicine Workshop, Rusya, 11 - 14 Eylül 2012, (Özet Bildiri)
2010
201044. Data and Model Driven Hybrid Approach to Activity Scoring of Cyclic Pathways
IŞIK Z., ATALAY M. V., AYKANAT C., ATALAY R.
25th International Symposium on Computer and Information Sciences, Birleşik Krallık, 22 - 24 Eylül 2010, (Tam Metin Bildiri)
2010
201045. Integrated Transcriptome Data Unified into the En Route of the Cell Signaling Pathways
IŞIK Z., ATALAY M. V., ATALAY R.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Türkiye, 20 - 22 Nisan 2010, (Özet Bildiri)
2009
200946. Evaluation of Signaling Cascades Based on the Weights from Microarray and ChIP seq Data
IŞIK Z., ATALAY M. V., ATALAY R.
Third International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Slovenya, 5 - 06 Eylül 2009, (Tam Metin Bildiri)
2009
200947. Integration of ChIP seq and microarray gene expression data
IŞIK Z., ATALAY M. V., ATALAY R.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Türkiye, 16 - 17 Nisan 2009, (Özet Bildiri)
2008
200848. Progressive Clustering by Integration of Heterogenous Data From Multiple Sources for Target Gene Identification
IŞIK Z., ATALAY M. V., ATALAY R.
Second International Workshop on Machine Learning in Systems Biology, Belçika, 13 Ekim - 14 Eylül 2008, (Özet Bildiri)
2008
200849. Short Time Series Microarray Data Analysis for Resistance to Selenium Deficiency
IŞIK Z., Yüzügüllü Ö., ATALAY M. V., ATALAY R.
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Türkiye, 18 - 20 Mayıs 2008, (Özet Bildiri)
2008
200850. Short Time Series Microarray Data Analysis and Biological Annotation
IŞIK Z., ATALAY M. V., ATALAY R.
IEEE 16th Signal Processing, Communications and Applications Conference, Türkiye, 20 - 22 Nisan 2008, (Tam Metin Bildiri)
2004
200451. Protein Structural Class Determination Using Support Vector Machines
IŞIK Z., YANIKOĞLU YEŞİLYURT A. B., SEZERMAN O. U.
19th International Symposium on Computer and Information Sciences, 27 - 29 Ekim 2004, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar
2023
20231. Dementia Detection with Deep Networks Using Multi-Modal Image Data
Yiğit A., Işik Z., Baştanlar Y.
Diagnosis of Neurological Disorders Based on Deep Learning Techniques, Jyotismita Chaki, Editör, CRC, New York , Florida, ss.1-19, 2023
2014
20142. GeneCloud: Secure Cloud Computing for Biomedical Research
Beck M., Haupt V. J., Roy J., Moennich J., Jakel R., Schroeder M., et al.
Trusted Cloud Computing, Krcmar Helmut, Reussner Ralf, Rumpe Bernhard, Editör, Springer, ss.3-14, 2014
Desteklenen Projeler
2025 - 2028
2025 - 2028Optimizing SAR K9 Efficiency and Welfare Through Genetic and Technological Innovation
UFUK AVRUPA Projesi , UFUK AVRUPA Projesi
(Proje Özeti)
Matur F., Işık Z., Kınay A. Ö., Atılgan C., Çelik C., Gülbetekin E., et al.
2023 - 2025
2023 - 2025
Potansiyel Bir Ilaç Hedefi Olarak Mekanosensitif Iyon Kanalları Yoluyla Akış Basıncının Kolorektal Kanser Metastazına Etkisinin Sönümlenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
(Proje Özeti)
Başbınar Y. (Yürütücü), Ellidokuz H., Ellidokuz E. B., Işik Z., Çalıbaşı Koçal G.
2022 - 2025
2022 - 2025
TLR4 ve MSX1 İfade Artışına Bağlı Kolorektal Bölge Tümör Gelişimine Karşı Kemoinformatik Stratejiler Kullanılarak Aday İlaç Tasarımı ve İn vitro Doğrulanması
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
(Proje Özeti)
Başbınar Y. (Yürütücü), Ellidokuz H., Ellidokuz E. B., Işık Z.
2023 - 2024
2023 - 2024
Kolorektal Kanserde Oksaliplatin Direnci ve Siyanidin-3-O- Glukozid’in Oksaliplatin Direncini Tersine Çevirmesiyle İlişkili Mekanizmaların Aydınlatılması
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Çalıbaşı Koçal G. (Yürütücü), Işık Z.
2020 - 2023
2020 - 2023
Kanserde İmmunoterapi Etkinliğinin İyileştirilmesine Yönelik Makine Öğrenmesine Dayalı Yeni Gen Keşfi ve İlaç Yeniden Konumlandırma Platformunun Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1003 - Öncelikli Alanlar Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı
Işık Z. (Yürütücü), Başbınar Y., Çalıbaşı Koçal G., Duman M.
2020 - 2022
2020 - 2022
Ağ tabanlı bir sistem biyolojisi yaklaşımı ile kolorektal kanseri gelişiminde ve karaciğer metastazında etkili olan yolakların ve biyobelirteçlerin tespiti
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Işık Z. (Yürütücü), Başbinar Y., Ellidokuz E. B., Ellidokuz H.
2017 - 2018
2017 - 2018İlaç hedeflerinin dokuya özel etkileşim ağlarında keşfedilmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
IŞIK Z. (Yürütücü)
2015 - 2017
2015 - 2017
Kanser hastalarının yaşam süresi ve kanser alt kategorisinin akıllı biyomarkerlar ile tahmin edilmesi
TÜBİTAK Projesi , 2232 - Yurda Dönüş Araştırma Burs Programı
Kut R. A., Işık Z. (Yürütücü)
2011 - 2014
2011 - 2014Küçük ve Orta Ölçekli İşletmeler için İlaç Geliştirmede Bulut Bilişim
Diğer Ülkelerdeki Kamu Kurumları Tarafından Desteklenmiş Proje
Işık Z., Schroeder M.(Yürütücü)
Patent
2024
2024Kanser tedavisinde immun kaçış düzenleyici bileşikler
Patent
Başvuru Yapıldı, Buluşun Başvuru Numarası: 2024/019905 , Standart Tescil
2024
2024Sınırlı Eğitim Veri Kümeleri Kullanılarak Protein Fonksiyonlarını Tahmin Etme Yöntemi
Patent
Tescil Edildi, Buluşun Tescil No: P21/1449 , Standart Tescil
Bilimsel Dergilerdeki Faaliyetler
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam Ediyor
FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY
Editör
2023 - 2024
2023 - 2024FRONTIERS IN GENETICS
Özel Sayı Editörü
2023 - 2024
2023 - 2024SUSTAINABILITY
Özel Sayı Editörü
Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler
Ekim 2024
Ekim 2024JOURNAL OF BASIC AND CLINICAL HEALTH SCIENCES
ESCI Kapsamındaki Dergi
Eylül 2024
Eylül 2024BMC CANCER
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Temmuz 2024
Temmuz 2024SCIENTIFIC REPORTS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Şubat 2024
Şubat 2024SCIENTIFIC REPORTS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Şubat 2024
Şubat 2024HELIYON
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Şubat 2024
Şubat 2024PEERJ
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ocak 2024
Ocak 2024BMC BIOINFORMATICS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ekim 2023
Ekim 2023TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Eylül 2023
Eylül 2023SCIENTIFIC REPORTS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ağustos 2023
Ağustos 2023ENGINEERING APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Temmuz 2023
Temmuz 2023SCIENTIFIC REPORTS
SCI Kapsamındaki Dergi
Haziran 2023
Haziran 2023FRONTIERS IN ONCOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Mayıs 2023
Mayıs 2023Bioinformatics
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Nisan 2023
Nisan 2023SCIENTIFIC REPORTS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Nisan 2023
Nisan 2023CANCER BIOMARKERS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Mart 2023
Mart 2023Hittite Journal of Science and Engineering
Diğer İndekslerce Taranan Dergi
Mart 2023
Mart 2023TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ocak 2023
Ocak 2023SCIENTIFIC REPORTS
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Kasım 2022
Kasım 2022PEERJ
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Eylül 2022
Eylül 2022International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
Bildiri (Özet)
Ağustos 2022
Ağustos 2022PEERJ
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Temmuz 2022
Temmuz 2022IEEE Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU)
Bildiri (Tam Metin)
Haziran 2022
Haziran 2022International Conference on INnovations in Intelligent SysTems and Applications (INISTA)
Bildiri (Tam Metin)
Bilimsel Projelerde Hakemlikler
Kasım 2024
Kasım 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Kasım 2024
Kasım 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2024
Ekim 2024TÜBİTAK Projesi
1509 - TÜBİTAK Uluslararası Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Eylül 2024
Eylül 2024TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Eylül 2024
Eylül 2024TÜBİTAK Projesi
1512 - Girişimcilik Aşamalı Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2024
Temmuz 2024TÜSEB B Grubu AR-GE Projesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2024
Temmuz 2024Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
BAP Araştırma Projesi, Ege Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2024
Temmuz 2024TÜSEB B Grubu AR-GE Projesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mayıs 2024
Mayıs 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mayıs 2024
Mayıs 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mayıs 2024
Mayıs 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2024
Nisan 2024TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2024
Nisan 2024TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mart 2024
Mart 2024TÜBİTAK Projesi
1509 - TÜBİTAK Uluslararası Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Şubat 2024
Şubat 2024TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Aralık 2023
Aralık 2023TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Aralık 2023
Aralık 2023TÜBİTAK Projesi
1512 - Girişimcilik Aşamalı Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Kasım 2023
Kasım 2023TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2023
Ekim 2023TÜBİTAK Projesi
1509 - TÜBİTAK Uluslararası Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2023
Ekim 2023TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ağustos 2023
Ağustos 2023TÜBİTAK Projesi
2209-A - Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı, İstanbul Medeniyet Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2023
Temmuz 2023TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2023
Temmuz 2023TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Temmuz 2023
Temmuz 2023TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Haziran 2023
Haziran 2023TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mayıs 2023
Mayıs 2023TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Mayıs 2023
Mayıs 2023TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2023
Nisan 2023TÜBİTAK Projesi
1512 - Girişimcilik Aşamalı Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2022
Ekim 2022TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2022
Ekim 2022TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Eylül 2022
Eylül 2022Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Eylül 2022
Eylül 2022TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Haziran 2022
Haziran 2022Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Haziran 2022
Haziran 2022TÜBİTAK Projesi
1509 - TÜBİTAK Uluslararası Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2022
Nisan 2022TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2022
Nisan 2022TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2022
Nisan 2022TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2021
Ekim 2021TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2021
Ekim 2021TÜBİTAK Projesi
1512 - Girişimcilik Aşamalı Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Ekim 2021
Ekim 2021TÜBİTAK Projesi
1507 - TÜBİTAK KOBİ Ar-Ge Başlangıç Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2021
Nisan 2021TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2021
Nisan 2021TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Nisan 2021
Nisan 2021TÜBİTAK Projesi
1501 - Sanayi Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Şubat 2021
Şubat 2021TÜBİTAK Projesi
1512 - Girişimcilik Aşamalı Destek Programı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Türkiye
Etkinlik Organizasyonlarındaki Görevler
Mayıs 2024
Mayıs 202432. IEEE Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları Kurultayı
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Işık Z.
Mersin, Türkiye
Ekim 2022
Ekim 2022
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT)
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Işık Z.
Mersin, Türkiye
Eylül 2022
Eylül 2022Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU)
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Işık Z.
Antalya, Türkiye
Ağustos 2022
Ağustos 2022International Conference on Innovations in Intelligent Systems and Applications (INISTA)
Bilimsel Kongre / Sempozyum Organizasyonu
Işık Z.
Anglet, Fransa
Ödüller
Mayıs 2024
Mayıs 2024
Toplum ve Sağlık Projeleri Yarışması, Birincilik Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Haziran 2023
Haziran 2023Eğitim, Eğlence ve Oyun Yarışması, İkincilik Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Haziran 2022
Haziran 2022
Toplum ve Sağlık Projeleri Yarışması, Birincilik Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Haziran 2021
Haziran 2021
Toplum ve Sağlık Projeleri Yarışması, İkincilik Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Haziran 2020
Haziran 2020
Bilgisayar Mühendisleri Odası, Özgür Yazılım Kategorisi Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Mayıs 2019
Mayıs 2019
Akademik Bilişim Projeleri Yarışması, İkincilik Ödülü
Genç Beyinler Yeni Fikirler Proje Yarışması
Kasım 2013
Kasım 2013
Conference Best Paper Award
International Symposium On Computational Models For Life Sciences
Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri
30 Mayıs 2024 - 31 Mayıs 2024
30 Mayıs 2024 - 31 Mayıs 202415. Tıp Bilişimi Kongresi
Panelist
Trabzon-Türkiye
26 Şubat 2020 - 26 Şubat 2020
26 Şubat 2020 - 26 Şubat 202022. Ege Onkoloji Günleri
Davetli Konuşmacı
İzmir-Türkiye
31 Ekim 2019 - 02 Kasım 2019
31 Ekim 2019 - 02 Kasım 2019Conference on Innovations in Intelligent Systems and Applications
Oturum Başkanı
İzmir-Türkiye
22 Eylül 2019 - 24 Eylül 2019
22 Eylül 2019 - 24 Eylül 2019
2nd International Cancer and Ion Channels Congress
Çalışma Grubu
İzmir-Türkiye
20 Eylül 2018 - 23 Eylül 2018
20 Eylül 2018 - 23 Eylül 2018International Conference on Computer Science and Engineering
Oturum Başkanı
Sarajevo-Bosna-Hersek
12 Ekim 2017 - 15 Ekim 2017
12 Ekim 2017 - 15 Ekim 2017X. Tıp Bilişimi Kongresi
Katılımcı
Antalya-Türkiye
08 Temmuz 2016 - 12 Temmuz 2016
08 Temmuz 2016 - 12 Temmuz 201624th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB)
Katılımcı
Florida-Amerika Birleşik Devletleri
16 Ekim 2015 - 17 Ekim 2015
16 Ekim 2015 - 17 Ekim 2015
International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics
Katılımcı
Muğla-Türkiye
19 Ekim 2014 - 22 Ekim 2014
19 Ekim 2014 - 22 Ekim 2014
International Conference on Applied Informatics for Health and Life Sciences
Katılımcı
Aydın-Türkiye
21 Temmuz 2013 - 23 Temmuz 2013
21 Temmuz 2013 - 23 Temmuz 2013ISMB - ECCB 2013
Katılımcı
Berlin-Almanya
05 Eylül 2009 - 06 Eylül 2009
05 Eylül 2009 - 06 Eylül 2009Third International Workshop on Machine Learning in Systems Biology
Katılımcı
Ljubljana-Slovenya
21 Temmuz 2007 - 25 Temmuz 2007
21 Temmuz 2007 - 25 Temmuz 2007ISMB - ECCB 2007
Katılımcı
Vienna-Avusturya
Davetli Konuşmalar
Kasım 2024
Kasım 2024Machine Learning Approaches for Cancer Treatment Using Genomic Data
Konferans
IV. International Congress on Artificial Intelligence in Health-Türkiye
Ocak 2024
Ocak 2024Yapay Zeka Teknolojilerinin Gelecekteki Mesleklere Etkileri
Seminer
Özel Bilfen Okulları-Türkiye
Ocak 2024
Ocak 2024Üretken Yapay Zeka ve İstem Mühendisliği
Seminer
Dokuz Eylul University-Türkiye
Eylül 2021
Eylül 2021Sistem Biyolojisi ve Yapay Zeka Yaklaşımlarının Kişiselleştirilmiş Tıp Alanındaki Uygulamaları
Seminer
İzmir Bakırçay Üniversitesi-Türkiye
Ekim 2019
Ekim 2019Network Based Approaches for Compound Target Identification
Konferans
INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON HEALTH INFORMATICS AND BIOINFORMATICS-Türkiye
Burslar
2007 - 2011
2007 - 2011Doktora Eğitim Bursu
TÜBİTAK
2009 - 2009
2009 - 2009Yurtdışı Konferans Katılım Bursu
TÜBİTAK
2001 - 2003
2001 - 2003Yüksek Lisans Eğitim Bursu
Üniversite
Atıflar
Toplam Atıf Sayısı (WOS): 307
h-indeksi (WOS): 10
Jüri Üyelikleri
Ocak-2025
Ocak 2025Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Ozan Alptekin, TIK Üyeliği - Dokuz Eylül Üniversitesi
Aralık-2024
Aralık 2024Tez Savunma (Doktora)
Burcu Özden Yücel - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylül Üniversitesi
Kasım-2024
Kasım 2024Tez Savunma (Doktora)
Ayşe Berçin Barlas - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylül Üniversitesi
Eylül-2024
Eylül 2024Tez Savunma (Doktora)
Araz Alpay - Doktora Tez Savunması - Ege Üniversitesi
Temmuz-2024
Temmuz 2024Tez Savunma (Doktora)
Ersin Çine - Doktora Tez Savunması - İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Haziran-2024
Haziran 2024Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Ozan Alptekin, TIK Üyeliği - Dokuz Eylül Üniversitesi
Haziran-2024
Haziran 2024Tez Savunma (Yüksek Lisans)
Muharremcan Gülye - YL Tez Savunması - Dokuz Eylül Üniversitesi
Nisan-2024
Nisan 2024Tez Savunma (Doktora)
Asım Leblebici - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylul University
Ocak-2024
Ocak 2024Tez Savunma (Doktora)
Hüseyin Uyar - Doktora Tez Savunması - Ege University
Kasım-2023
Kasım 2023Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Ozan Alptekin, Phd Thesis Proposal - Dokuz Eylul University
Eylül-2023
Eylül 2023Tez Savunma (Doktora)
Ezgi Demir Karaman - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylul University
Temmuz-2023
Temmuz 2023Doktora Yeterlik Sınavı
Ozan Alptekin - Yeterlik Sınavı - Dokuz Eylul University
Temmuz-2023
Temmuz 2023Tez Savunma (Doktora)
Yağız Nalçakan - Doktora Tez Savunması - Izmir Institute Of Technology
Temmuz-2023
Temmuz 2023Doktora Yeterlik Sınavı
Bita Ghasemkhani - Yeterlik Sınavı - Dokuz Eylul University
Haziran-2023
Haziran 2023Tez Savunma (Doktora)
Ali Cüvitoğlu - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylul University
Mart-2023
Mart 2023Tez Savunma (Doktora)
Altuğ Yiğit - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylul University
Aralık-2022
Aralık 2022Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Asım Leblebici - TIK Üyeliği - Dokuz Eylül Üniversitesi
Aralık-2022
Aralık 2022Tez Savunma (Doktora)
Ayşegül Çifçi - Doktora Tez Savunması - Ege Üniversitesi
Kasım-2022
Kasım 2022Doktora Yeterlik Sınavı
Dilek Öztürk - Yeterlik Sınavı - İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Ekim-2022
Ekim 2022Tez Savunma (Doktora)
Semih Orhan - Doktora Tez Savunması - İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Ekim-2022
Ekim 2022Tez Savunma (Doktora)
Nizar Ahmed - Doktora Tez Savunması - Dokuz Eylül Üniversitesi
Ekim-2022
Ekim 2022Doktora Yeterlik Sınavı
Burcu Özden Yücel - Yeterlik Sınavı - Dokuz Eylül Üniversitesi
Ağustos-2022
Ağustos 2022Tez Savunma (Doktora)
Engin Aybey - Doktora Tez Savunması - Ege Üniversitesi
Mart-2022
Mart 2022Tez Savunma (Yüksek Lisans)
Caner Karagüler - YL Tez Savunması - İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Şubat-2022
Şubat 2022Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Nizar Ahmed - TİK Üyeliği - Dokuz Eylül Üniversitesi
Şubat-2022
Şubat 2022Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Ayşegül Çifçi - TIK Üyeliği - Ege Üniversitesi
Şubat-2022
Şubat 2022Doktora Tez İzleme Komitesi (TİK) Üyeliği
Araz Alpay - TIK Üyeliği - Ege Üniversitesi
Ocak-2021
Ocak 2021Tez Savunma (Doktora)
- İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Ocak-2021
Ocak 2021Tez Savunma (Doktora)
- Dokuz Eylül Üniversitesi
Eylül-2020
Eylül 2020Tez Savunma (Yüksek Lisans)
- Dokuz Eylül Üniversitesi
Temmuz-2020
Temmuz 2020Tez Savunma (Doktora)
- İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Temmuz-2020
Temmuz 2020Tez Savunma (Yüksek Lisans)
- İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Nisan-2019
Nisan 2019Tez Savunma (Yüksek Lisans)
- Dokuz Eylül Üniversitesi
Temmuz-2018
Temmuz 2018Tez Savunma (Yüksek Lisans)
- İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
Temmuz-2018
Temmuz 2018