Metrikler
Yayın
38
Açık Erişim
14
Duyurular & Dokümanlar
Duyuru
GENEL BAKIŞ
İBG Gen Hedefleme ve Transgenik Modeller Platformu, araştırma laboratuvarlarını ve modern teknolojik altyapısını yakın bir zaman önce tamamlamıştır. Platformumuz, temel ve translasyonel biyotıp alanlarında çalışan ve projeleri gereği genetiği değiştirilmiş transgenik fare modellerine ihtiyaç duyan bilim insanlarına iş birliği yolu ile destek ve uzun vadede ise hizmet verecektir.
Aşağıdaki sunduğumuz ve yakın zaman sunacağımız hizmetlere ek olarak, iş birliğine açık olduğumuz diğer bir ilgi alanımız, nadir genetik hastalıkların transgenik fare modellerinin oluşturulmasıdır.
İŞBİRLİĞİ DESTEĞİ VE HİZMETLER
Knockout ve knockin transgenik fare modellerinin üretilmesi:
Araştırma platformumuz knockout ve knockin transgenik fare modellerinine ihtiyaç duyan araştırma gruplarıyla iş birliğine açıktır. Proje planlaması ve vektör tasarımı aşamasından başlayarak, bir transgenik fare kolonisinin oluşturulmasıyla sonuçlanacak süreçte destek veriyoruz.
Yakın geçmişte, yeni tanımladığımız bir nadir genetik hastalık için ilk defa bir knockin fare modeli ürettik (bkz. Haberler sekmesi). Çeşitli nadir genetik hastalıklar için transgenik modellerini geliştirmeye yönelik çalışmalarımız aktif olarak devam ediyor. Genetiği değiştirilmiş yeni fare modellerinin üretimine ihtiyaç duyan araştırmacılar ile işbirliğine açığız.
Fare embriyolarının kriyoprezervasyonu ve rederivasyonu:
Embriyo kriyoprezervasyonu ve rederivasyonu çalışmaları için teknolojik alt yapımız tamamlanmıştır. Uygun protokollerin denenmesi ve sorunsuz çalıştıklarının doğrulanmasının ardından, transgenik fare hatlarını uzun dönem saklamak isteyen kullanıcılara hizmet sunulacaktır.
HİZMETLER - Güncel olarak verdiğimiz
Güncel olarak verdiğimiz hizmetler aşağıdaki gibidir. Detaylar ve koşullar için lütfen e-mail ile iletişime geçiniz.
1. Knockout (indel): Ekson bölgesinde tek bir sgRNA'nın kullanımıyla kodon kayması (frameshift) mutasyonunun oluşturulması yöntemiyle gen fonksiyonunun yok edilmesi
2. Knockout (delesyon): İki farklı sgRNA'nın kullanımıyla gen lokusunda yüzlerce baz uzunluğunda bir nükleotid dizininin (bir veya birkaç ekson) çıkarılması yöntemiyle gen fonksinunun yok edilmesi
3. Knockin (nokta mutasyonu): Hedeflenen gen bölgesinde (örneğin bir eksonda) 10 nükleotide kadar sekansın değişimi ve/veya yerleştirilmesi
4. Knockin (epitop etiketleri): HA, FLAG vb. kısa epitop sekanslarının yerleştirilmesi
5. EKH gen hedefleme: Fare embriyonik kök hücrelerinde gen hedeflenmesi
6. Sperm kriyoprezervasyonu
7. Embriyo transferi ve fare hattı rederivasyonu
HİZMETLER - Geliştirme aşamasında
Aşağıda listelenen hizmetler teknik kapasitemiz dahilinde olmasına rağmen rutin olarak uygulamadığımız protokollerdir.
1. Embriyo kriyoprezervasyonu
2. IVF (in vitro fertilizasyon)
3. EKH mikroenjeksiyonu
4. PNI (pronükleer enjeksiyon)
Tez Dosyaları
Dosya İndir
Eğitim Bilgileri
2000 - 2005
2000 - 2005Doktora
Georg-August-Universitaet Göttingen, Mathematics and Natural Sciences Faculties, International Max Planck Research School, Almanya
1996 - 2000
1996 - 2000Lisans
Boğaziçi Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji Ve Genetik Bölümü, Türkiye
Yaptığı Tezler
2005
2005Doktora
Genetic analysis of stoned B/stonin 2 function in vivo
Georg August Universitat Göttingen, Moleküler Biyoloji
Yabancı Diller
C2 Ustalık
C2 Ustalıkİngilizce
C1 İleri
C1 İleriAlmanca
Araştırma Alanları
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Genetik Bozuklukların Moleküler Biyolojisi
Genetik Mühendisliği
Hayvan Moleküler Genetiği
Akademik Ünvanlar / Görevler
2017 - Devam Ediyor
2017 - Devam EdiyorDoç. Dr.
Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Department Of Genomics And Molecular Biotechnology
2014 - Devam Ediyor
2014 - Devam EdiyorDoç. Dr.
Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü
Yönetilen Tezler
2024
2024Doktora
Hepatoselüler Karsinoma'da tedavi yanıtını düzenleyen mikroRNA'ların araştırılması
DİRİL M. K. (Eş Danışman), ATABEY S. N. (Eş Danışman)
E.BAĞIRSAKÇI(Öğrenci)
2023
2023Doktora
Nörogelişimsel hastalıklarla ilişkilendirilen aday genlerin işlevsel validasyonu
DİRİL M. K. (Danışman)
S.KILIÇ(Öğrenci)
2022
2022Yüksek Lisans
In vivo Investigation of the Epigenetic Functions of the CENP-A Amino Terminal
Diril M. K. (Danışman)
T.ŞEHİTOĞULLARI(Öğrenci)
2022
2022Yüksek Lisans
Generation of genetically modified mouse models to study rare genetic diseases
Diril M. K. (Danışman)
G.ÖZTÜRK(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Analysis of the mitotic kinase functions by chemical genetics approaches
DİRİL M. K. (Danışman)
M.ERGÜVEN(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Molecular cloning and production of recombinant hODF extracellular domain
DİRİL M. K. (Danışman)
M.MEMON(Öğrenci)
Makaleler
2025
20251. Cost-Effective Production of Biologically Active Leukemia Inhibitory Factor for Mouse Embryonic Stem Cell Culture.
Lone I. N., Sekeroglu E. O., Kafaz G. I., Al Haija A. A. H. A., Turker E., Batur T., et al.
Molecular biotechnology
, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20252. Current trends and advances in nanozyme-enabled miRNA (bio)sensing: Classification, activity and application
Babaei E., Azeez H. J., Smail S. W., Mirza Abdalla J. K., Diril M. K., Mahmoudpour M., et al.
MICROCHEMICAL JOURNAL
, cilt.211, ss.1-17, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. Generation of albino C57BL/6J mice by CRISPR embryo editing of the mouse tyrosinase locus
Diril M. K., Esmen K., Sehitogullari T., Öztürk G.
JOURNAL OF GENETICS
, cilt.104, ss.1-10, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20244. Development of a mouse embryonic stem cell model for investigating the functions of the linker histone H1-4
Abu Alhaija A. A., Lone I. N., Ozkuru Sekeroglu E., Batur T., Angelov D., Dimitrov S., et al.
FEBS Open Bio
, cilt.14, sa.2, ss.309-321, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20235. Genetic complementation screening and molecular docking give new insight on phosphorylation-dependent Mastl kinase activation.
Erguven M., Kilic S., Karaca E., Diril M. K.
Journal of biomolecular structure & dynamics
, cilt.41, ss.1-13, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20236. Genetic dissection of the Mastl-Arpp19/Ensa-PP2A-B55δ pathway in mammalian cells
Diril M. K., Erguven M.
TURKISH JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
, cilt.48, sa.2, ss.1-13, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
20217. How Far Are We from the Rapid Prediction of Drug Resistance Arising Due to Kinase Mutations?
Erguven M., Karakulak T., Diril M. K., KARACA EREK E.
ACS OMEGA
, cilt.6, sa.2, ss.1254-1265, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
20198. Premature activation of Cdk1 leads to mitotic events in S phase and embryonic lethality
Szmyd R., Niska-Blakie J., DİRİL M. K., Nunes P. R., Tzelepis K., Lacroix A., et al.
ONCOGENE
, cilt.38, sa.7, ss.998-1018, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
20179. Emi2 Is Essential for Mouse Spermatogenesis
Gopinathan L., Szmyd R., Low D., DİRİL M. K., Chang H., Coppola V., et al.
CELL REPORTS
, cilt.20, sa.3, ss.697-708, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201610. Inhibitory phosphorylation of Cdk1 mediates prolonged prophase I arrest in female germ cells and is essential for female reproductive lifespan
Adhikari D., Busayavalasa K., Zhang J., Hu M., Risal S., Bayazit M. B., et al.
CELL RESEARCH
, cilt.26, sa.11, ss.1212-1225, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201611. Loss of the Greatwall Kinase Weakens the Spindle Assembly Checkpoint
Diril M. K., Bisteau X., Kitagawa M., Caldez M. J., Wee S., Gunaratne J., et al.
PLOS GENETICS
, cilt.12, sa.9, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201612. Cdk2 catalytic activity is essential for meiotic cell division in vivo
Chauhan S., DİRİL M. K., Lee J. H. S., Bisteau X., Manoharan V., Adhikari D., et al.
BIOCHEMICAL JOURNAL
, cilt.473, ss.2783-2798, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201613. Molecular Mechanisms of Hepatocellular Carcinoma
ALOTAİBİ H., Atabey N., DİRİL M. K., ERDAL BAĞRIYANIK Ş. E., Ozturk M.
HEPATOCELLULAR CARCINOMA: DIAGNOSIS AND TREATMENT, 3RD EDITION
, ss.43-63, 2016 (SCI-Expanded)
2014
201414. Mastl is required for timely activation of APC/C in meiosis I and Cdk1 reactivation in meiosis II
Adhikari D., DİRİL M. K., Busayavalasa K., Risal S., Nakagawa S., Lindkvist R., et al.
JOURNAL OF CELL BIOLOGY
, cilt.206, sa.7, ss.843-853, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)
2014
201415. Identification of Transcriptional and Metabolic Programs Related to Mammalian Cell Size
Mlettinen T. P., Pessa H. K. J., Caldez M. J., Fuhrer T., DİRİL M. K., Sauer U., et al.
CURRENT BIOLOGY
, cilt.24, sa.6, ss.598-608, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)
2013
201316. Compromised fidelity of endocytic synaptic vesicle protein sorting in the absence of stonin 2
Kononenko N. L., DİRİL M. K., Puchkov D., Kintscher M., Koo S. J., Pfuhl G., et al.
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
, cilt.110, sa.6, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)
2012
201217. Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is essential for cell division and suppression of DNA re-replication but not for liver regeneration
DİRİL M. K., Ratnacaram C. K., Padmakumar V. C., Du T., Wasser M., Coppola V., et al.
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
, cilt.109, sa.10, ss.3826-3831, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)
2009
200918. Lysosomal localization of GLUT8 in the testis - the EXXXLL motif of GLUT8 is sufficient for its intracellular sorting via AP1-and AP2-mediated interaction
DİRİL M. K., Schmidt S., Krauss M., Gawlik V., Joost H., Schuermann A., et al.
FEBS JOURNAL
, cilt.276, sa.14, ss.4153-4167, 2009 (SCI-Expanded, Scopus)
2006
200619. Stonin 2 is an AP-2-dependent endocytic sorting adaptor for synaptotagmin internalization and recycling
DİRİL M. K., Wienisch M., Jung N., Klingauf J., Haucke V.
DEVELOPMENTAL CELL
, cilt.10, sa.2, ss.233-244, 2006 (SCI-Expanded, Scopus)
2004
200420. Functional dissection of the interactions of stonin 2 with the adaptor complex AP-2 and synaptotagmin
Walther K., DİRİL M. K., Jung N., Haucke V.
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
, cilt.101, sa.4, ss.964-969, 2004 (SCI-Expanded, Scopus)
2001
200121. Human stoned B interacts with AP-2 and synaptotagmin and facilitates clathrin-coated vesicle uncoating
Walther K., Krauss M., DİRİL M. K., Lemke S., Ricotta D., Honing S., et al.
EMBO REPORTS
, cilt.2, sa.7, ss.634-640, 2001 (SCI-Expanded, Scopus)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2023
20231. Transgenik hayvan modelleri
Diril M. K.
VIII. Türkiye in vitro diyagnostik sempozyumu, İzmir, Türkiye, 29 Kasım - 01 Aralık 2023, (Yayınlanmadı)
2023
20232. Development of genetically engineered mice for modeling rare neurodevelopmental disorders
Diril M. K.
GEMSTONE Project's 1st Dissemination Event: Regional Symposium Neurodevelopmental aspects of brain disorders & genetically engineered models, İstanbul, Türkiye, 3 - 04 Ekim 2023, (Yayınlanmadı)
2023
20233. Genetiği değiştirilmiş fare modelleri
Diril M. K.
BIO Türkiye Uluslararası Biyoteknoloji Kongresi 2023, İstanbul, Türkiye, 28 - 30 Eylül 2023, (Yayınlanmadı)
2023
20234. Generation and Phenotypic Characterization of a Transgenic Mouse Model for a Neurodevelopmental Rare Genetic Disorder
Kılıç S., Hız A. S., Esmen K., Karakülah G., Öztürk M., Diril M. K.
47th FEBS Congress, Tours, Fransa, 8 - 12 Temmuz 2023, cilt.13, ss.246, (Özet Bildiri)
2022
20225. Generation of a mouse model for a novel neurodevelopmental rare genetic disorder
Diril M. K.
8th International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey, İstanbul, Türkiye, 9 - 12 Haziran 2022, (Yayınlanmadı)
2019
20196. Assessment of webservers in the prediction of point mutations’ impact on kinase:ligand interactions
Ergüven M., Karakulak T., Diril M. K., Karaca Erek E.
HIBIT 2019, İzmir, Türkiye, 17 - 19 Ekim 2019, ss.233-234, (Tam Metin Bildiri)
2018
20187. Analysis of Mitotic Functions of Mastl Kinase
erguven m., Karakulak T., KARACA EREK E., Diril M. K.
6thInternational Congress of theMolecular Biology Associationof Turkey, İzmir, Türkiye, 5 - 08 Eylül 2018, (Özet Bildiri)
2016
20168. Loss of the Mastl kinase weakens the spindle assembly checkpoint
DİRİL M. K.
Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Seminerleri, Ankara, Türkiye, 14 Aralık 2016, (Tam Metin Bildiri)
2015
20159. Targeting cell cycle in liver tumors
Diril M. K.
Second world conference on targeting liver disease, Valletta, Malta, 25 - 26 Haziran 2015, ss.1, (Özet Bildiri)
2012
201210. PLASTIC MODULATION OF NEUROTRANSMISSION BY ENDOCYTIC SORTING OF SYNAPTIC VESICLE PROTEINS
Haucke V., Kononenko N., Sakaba T., DİRİL M. K., Kintscher M., Schmoranzer J., et al.
SCHIZOPHRENIA RESEARCH, Amerika Birleşik Devletleri, 01 Nisan 2012, cilt.136, ss.15, (Özet Bildiri)
Kitaplar
2016
20161. Molecular Mechanisms of Hepatocellular Carcinoma
Alotaibi H., Atabey S. N., Diril M. K., Erdal Bağrıyanık Ş. E., Öztürk M.
Hepatocellular Carcinoma Diagnosis and Treatment, Brian I Carr, Editör, Springer International Publishing, Zürich, ss.43-63, 2016
Diğer Yayınlar
Desteklenen Projeler
2025 - 2028
2025 - 2028In vivo investigation of the role of CENPA phosphorylation in mitosis
Diğer Uluslararası Fon Programları
(Proje Özeti)
Diril M. K. (Yürütücü), Dimitrov S., Esmen K.
2023 - 2027
2023 - 2027
Korunma ve Tedavi Ulusal Platformu
TÜBİTAK Projesi , 1004 – Mükemmeliyet Merkezi Destek Programı FAZ II
Koçer Z. A., Diril M. K., Alotaibi H.
2024 - 2025
2024 - 2025Rahman Sendromunun Tanısına Yönelik Antikor Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Diril M. K. (Yürütücü), Esmen K.
2024 - 2025
2024 - 2025
Türk toplumunda görülen nadir bir nörogenetik hastalık için knockin fare modeli geliştirilmesi ve temel fenotipik karakterizasyonu: TRAPPC4 mutasyonu
TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi
(Proje Özeti)
Esmen K., Diril M. K. (Yürütücü)
2023 - 2025
2023 - 2025
İnsanlaştırılmış karaciğer modeli FRG knockout farelerin üretimi
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
(Proje Özeti)
Diril M. K., Esmen K., Erdal Bağriyanik Ş. E., Arslan N.
2022 - 2024
2022 - 2024
Sağlıkta ve Rahman Sendromunda Bağlayıcı Histon H1E
TÜBİTAK Uluslararası İkili İşbirliği Projesi , 2502 - Bulgaristan Bilimler Akademisi (BAS) İkili İşbirliği Programı
Diril M. K., Alotaibi H., Lone I. N., Anguelov D., Dimitrov S. I.
2022 - 2024
2022 - 2024
Nörogelişimsel Bir Nadir Genetik Hastalık Için Transgenik Fare Modeli Geliştirilmesi Ve Fenotipik Karakterizasyonu: Atg9B Mutasyonu
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Diril M. K., Esmen K., Yalçin A., Eren Koçak E., Bağriyanik H. A., Sever Bahçekapili M., et al.
2022 - 2024
2022 - 2024Pankreatik Duktal Adenokarsinom Hücrelerinde 6-Fosfofrukto-2-Kinaz/Fruktoz-2,6-Bisfosfataz-2 Ile Sentetik Letal Etkileşim Gösteren Metabolik Genlerin Belirlenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Diril M. K., Yalçin A., Güler S.
2019 - 2023
2019 - 2023
Pankreas Kanserinin Glutaminaz İnhibisyonuna Duyarlılığında 6-Fosfofrukto-2-Kinaz/Fruktoz-2,6-Bisfosfataz-2'nin Etkisinin Araştırılması
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Diril M. K., Güzel S., Çeçener G., Güler S., Yalçın A.(Yürütücü)
2021 - 2022
2021 - 2022ATG9B Çerçeve Kayması Mutasyonunun İşlevsel Karakterizasyonu
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
(Proje Özeti)
Diril M. K., Kılıç S.(Yürütücü)
2020 - 2022
2020 - 2022Transgenik fare modellerinin yerel üretimi için yöntem geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1005 - Ulusal Yeni Fikirler ve Ürünler Araştırma Destek Programı
Diril M. K. (Yürütücü), Esmen K.
2016 - 2022
2016 - 2022
Kanser ve Osteoporoz Tedavisi İçin Monoklonal Antikor Etkin Maddeli Biyobenzer İlaç Geliştirilmesi ve Üretilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1007 - Kamu Kurumları Araştırma ve Geliştirme Projelerini D.P.
Ayar Kayalı H. (Yürütücü), Tunçok Y., Bağrıyanık H. A., Alotaibi H., Güneli M. E., Diril M. K., et al.
2017 - 2020
2017 - 2020Mitoz bölünmenin uzay-zamansal regülasyonunun analog-duyarlı kinazlar aracılığıyla incelenmesi
TÜBA Projesi
Diril M. K. (Yürütücü)
2018 - 2019
2018 - 2019Mastl kinaz fonksiyonlarının kimyasal genetik metodlarla incelenmesi
TÜBİTAK Projesi , 2209-A - Üniversite Öğrencileri Araştırma Projeleri Destekleme Programı
Diril M. K., Karaman S.
2018 - 2019
2018 - 2019ENSA ve Arpp19 proteinlerinin mitotik fonksiyonlarının incelenmesi
Diğer Resmi Kurumlarca Desteklenen Proje
DİRİL M. K. (Yürütücü)
2016 - 2019
2016 - 2019Mastl kinazın mitotik fonksiyonlarının kimyasal genetik yöntemlerle analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
DİRİL M. K. (Yürütücü)
2015 - 2017
2015 - 2017
Farelerde kuyruk toplardamarından DNA enjeksiyonu ve CRISPR CAS9 genom mühendisliği yöntemleriyle karaciğer kanserinin modellenmesi
TÜBİTAK Projesi , 2232 - Yurda Dönüş Araştırma Burs Programı
(Proje Özeti)
Diril M. K. (Yürütücü)
Bilimsel Dergilerdeki Faaliyetler
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam Ediyor
FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY
Editör
Bilimsel Kuruluşlardaki Üyelikler / Görevler
2021 - Devam Ediyor
2021 - Devam Ediyor
Türk Biyokimya Derneği
Üye
2015 - Devam Ediyor
2015 - Devam Ediyor
Moleküler Biyoloji Derneği
Üye
Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler
Aralık 2022
Aralık 2022TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Mayıs 2019
Mayıs 2019TURKISH JOURNAL OF ZOOLOGY
SCI-E Kapsamındaki Dergi
Ödüller
Mayıs 2024
Mayıs 2024ATG9B Geninde Yeni Tanımlanan Nadir Genetik Hastalığın Hücre ve Transgenik Fare Modelleriyle Karakterizasyonu
Türkiye Nöroloji Derneği
Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri
26 Ekim 2022 - 30 Ekim 2022
26 Ekim 2022 - 30 Ekim 2022International Biochemistry Congress 2022
Katılımcı
İzmir-Türkiye
Burslar
2002 - 2005
2002 - 2005