Akademik Veri Yönetim Sistemi
Diril M. K., Kılıç S.(Yürütücü)
TÜBİTAK Projesi, 2021 - 2022
• ATG9B’nin ATG9A gibi otofajide erken evrelerde etkili olduğu ve proteinde belirlenen C-terminal delesyonunun otofaji yolağını negatif etkileyebileceği düşünülmektedir. ATG9B yeterince çalışılmamış olup literatür bu konuda henüz yetersizdir.
• Projenin Hipotezi: ATG9B geninde nörolojik bulguları olan pediatrik hastalarda tüm ekzom dizileme yöntemi ile proteinin C-terminal bölgesinde bir çerçeve kayması mutasyonu tespit edilmiştir. Buna bağlı olarak erken stop kodonu oluşturduğu tespit edilmiştir. ATG9A’nın C-terminal bölgesinin başka proteinlerle fiziksel interaksiyona girdiği bilinmektedir. Ayrıca bu bölgedeki fosforlanmanın ATG9A vesiküllerinin trafiği ve otofajinin düzgün çalışması üzerindeki etkisi olduğu bilinmektedir. ATG9A ile ilgili literatürdeki bu bilgiler göz önüne alındığında, ATG9B’in C-terminal bölgesinin delesyona uğraması otofaji yolağında anormalliklere sebep olabileceği düşünülmüştür.
• Projenin amacı: Literatürdeki ATG9B etkileri ile ilgili boşluğa olumlu katkı sağlayabilmek ve insanda tespit edilen bir mutasyonun hücresel düzeyde yaratmış olabileceği otofaji bozulmaları, bundan doğan nöropatolojik etkileri daha iyi anlamaktır. Temel olarak edinilen bilgilere göre daha kapsamlı bir 1001 projesi ve/veya otofaji alanına yön veren laboratuvarlar ile uluslararası iş birliği projelerinin yazımı amaçlanmaktadır.
• Projenin hedefi: ATG9B geninin insan ve fare dokularındaki ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi, özellikle literatürde ekspresyonun yüksek olarak belirtildiği plasenta ve yeni doğmuş farelerde mRNA ve protein düzeyinde ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi. ATG9B’nin otofajideki yeri, önemi ve interaksiyon partnerlerinin hücresel düzeyde western blot, immünofloresan mikroskopisi, immünopresipitasyon yöntemleri ile belirlenmesi. Ayrıca, insanda tespit edilen mutasyonun knockout ve knockdown yöntemleri ile taklit edildiği hücre çalışmalarında otofajideki potansiyel bozuklukların, interaksiyon bozukluklarının tanımlanması hedeflenmektedir.