Metrikler
Yayın
34
Açık Erişim
5
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Duyurular & Dokümanlar
Dosya İndir
Eğitim Bilgileri
2011 - 2016
2011 - 2016Doktora
Georgia Institute of Technology, Kimya ve Biyokimya, Amerika Birleşik Devletleri
2008 - 2010
2008 - 2010Yüksek Lisans
Koç Üniversitesi, Kimya ve Biyoloji Mühendisliği, Türkiye
2005 - 2008
2005 - 2008Lisans Çift Anadal
Boğaziçi Üniversitesi, Kimya, Türkiye
2005 - 2008
2005 - 2008Lisans
Boğaziçi Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Türkiye
Yaptığı Tezler
2016
2016Doktora
Structural and functional characterization of an intramembrane peptidase and a non-peptidase homolog
Georgia Institute of Technology
2010
2010Yüksek Lisans
PDZ domains: Interaction prediction, classification and peptide library construction
Koç Üniversitesi
Yabancı Diller
C2 Ustalık
C2 Ustalıkİngilizce
Araştırma Alanları
Yaşam Bilimleri
Biyokimya
Biyoteknoloji
Moleküler Biyoloji ve Genetik
Yönetilen Tezler
2021
2021Yüksek Lisans
Recombinant production and characterization of matrix metalloproteinases- 1 and -13 for treatment of macular corneal dystrophy
KARAKÜLAH G. (Danışman), KALYONCU UZUNLAR S. (Eş Danışman)
S.GÜL(Öğrenci)
Makaleler
Tümü (25)
SCI-E, SSCI, AHCI (23)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (23)
Scopus (25)
TRDizin (3)
2025
20251. Novel anti-VEGF scFv antibodies with superior in vitro and in vivo activities
ÇAKAN AKDOĞAN G., Erez O., Ozer C., Onal E., Mert O., Gullu S., et al.
Scientific Reports
, cilt.15, sa.1, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20252. Deglycosylation of VEGF Produced in Pichia pastoris Reduces its in Vitro Binding and Angiogenic Effect
KALYONCU UZUNLAR S., Ozer-Cokgezme C., Arslan M., Kurden-Pekmezci A., Erez O., ÇAKAN AKDOĞAN G., et al.
Biotechnology Journal
, cilt.20, sa.11, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. Cell line development and bioreactor process optimization for an atezolizumab biosimilar
Kuyucu A. Z., Sayili D., Orkut R., Mert O., Tarman İ. O., Lulaci B., et al.
Biotechnology and Applied Biochemistry
, cilt.72, sa.4, ss.897-910, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20254. Development of a Recombinant Omicron BA.1 Subunit Vaccine Candidate in Pichia pastoris
Kalyoncu S., Sayili D., Kuyucu A. Z., Soyturk H., Gullu S., Ersayan B., et al.
MICROBIAL BIOTECHNOLOGY
, cilt.18, sa.1, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20245. Biomarkers of NRF2 signalling: Current status and future challenges
Morgenstern C., Lastres-Becker I., Demirdöğen B. C., Costa V. M., Daiber A., Foresti R., et al.
Redox Biology
, cilt.72, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20236. Process development for an effective COVID-19 vaccine candidate harboring recombinant SARS-CoV-2 delta plus receptor binding domain produced by Pichia pastoris
Kalyoncu S., Yilmaz S., Kuyucu A. Z., Sayili D., Mert O., Soyturk H., et al.
SCIENTIFIC REPORTS
, cilt.13, sa.1, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20237. Engineering of conserved residues near antibody heavy chain complementary determining region 3 (HCDR3) improves both affinity and stability
Arslan M., Uluçay T., Kale S., Kalyoncu S.
Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics
, cilt.1871, sa.4, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20238. Physicochemical differences between camelid single-domain antibodies and mammalian antibodies
Eskier N. E., Eskier D., FİRUZAN E., KALYONCU UZUNLAR S.
Turkish Journal of Biology
, cilt.47, sa.6, ss.423-436, 2023 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)
2023
20239. Omicron variants bind to human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) much stronger due to higher number of charged-charged interactions
KALYONCU UZUNLAR S.
Biotech Studies
, cilt.32, sa.2, ss.75-82, 2023 (Scopus)
2022
202210. Effect of non-repetitive linker on in vitro and in vivo properties of an anti-VEGF scFv
Arslan M., Karadag M., Onal E., Gelinci E., ÇAKAN AKDOĞAN G., Kalyoncu S.
SCIENTIFIC REPORTS
, cilt.12, sa.1, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202111. Roles of matrix metalloproteinases in the cornea: A special focus on macular corneal dystrophy
Kaya S. G., Inanc-Surer S., ÇAKAN AKDOĞAN G., OKTAY G., Utine C. A., Kalyoncu S.
Medicine in Drug Discovery
, cilt.11, 2021 (Scopus)
2021
202112. CENP-A Nucleosome is a Sensitive Allosteric Scaffold for DNA and Chromatin Factors
Dogan D., Arslan M., Ulucay T., Kalyoncu S., Dimitrov S., Kale S.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
, cilt.433, sa.6, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202113. Directed evolution of conformation-specific antibodies for sensitive detection of polypeptide aggregates in therapeutic drug formulations
Lou W., Stimple S. D., Desai A. A., Makowski E. K., KALYONCU UZUNLAR S., Mogensen J. E., et al.
BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING
, cilt.118, sa.2, ss.797-808, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202014. Conformational changes in a Vernier zone region: Implications for antibody dual specificity
Arslan M., Karadag D., Kalyoncu S.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.88, sa.11, ss.1447-1457, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202015. Physicochemical determinants of antibody-protein interactions
Karadag M., Arslan M., Kaleli N. E., Kalyoncu S.
ADVANCES IN PROTEIN CHEMISTRY AND STRUCTURAL BIOLOGY, VOL 121
, cilt.121, ss.85-114, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201916. Sensitive detection of glucagon aggregation using amyloid fibril-specific antibodies
Stimple S. D., KALYONCU UZUNLAR S., Desai A. A., Mogensen J. E., Spang L. T., Asgreen D. J., et al.
BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING
, cilt.116, sa.8, ss.1868-1877, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201917. Phage display derived therapeutic antibodies have enriched aliphatic content: Insights for developability issues
Kaleli N. E., Karadag M., Kalyoncu S.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.87, sa.7, ss.607-618, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201918. Protein engineering approaches for antibody fragments: directed evolution and rational design approaches
Arslan M., Karadag D., Kalyoncu S.
TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY
, cilt.43, sa.1, ss.1-12, 2019 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)
2018
201819. Both positional and chemical variables control in vitro proteolytic cleavage of a presenilin ortholog
Naing S., KALYONCU UZUNLAR S., Smalley D. M., Kim H., Tao X., George J. B., et al.
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
, cilt.293, sa.13, ss.4653-4663, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201620. Enzymatic hydrolysis by transition-metal-dependent nucleophilic aromatic substitution
KALYONCU UZUNLAR S., Heaner D. P., Kurt Z., Bethel C. M., Ukachukwu C. U., Chakravarthy S., et al.
NATURE CHEMICAL BIOLOGY
, cilt.12, sa.12, ss.1031-1039, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201621. Lessons from an α-Helical Membrane Enzyme: Expression, Purification, and Detergent Optimization for Biophysical and Structural Characterization
Johnson J. L., KALYONCU UZUNLAR S., Lieberman R. L.
HETEROLOGOUS EXPRESSION OF MEMBRANE PROTEINS: METHODS AND PROTOCOLS, 2ND EDITION
, cilt.1432, ss.281-301, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201522. Catalytic Properties of lntramembrane Aspartyl Protease Substrate Hydrolysis Evaluated Using a FRET Peptide Cleavage Assay
Naing S., Vukoti K. M., Drury J. E., Johnson J. L., KALYONCU UZUNLAR S., Hill S. E., et al.
ACS CHEMICAL BIOLOGY
, cilt.10, sa.9, ss.2166-2174, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201523. Structural and biophysical characterization of an epitope-specific engineered Fab fragment and complexation with membrane proteins: implications for co-crystallization
Johnson J. L., Entzminger K. C., Hyun J., KALYONCU UZUNLAR S., Heaner D. P., Morales I. A., et al.
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY
, cilt.71, ss.896-906, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2014
201424. Effects of protein engineering and rational mutagenesis on crystal lattice of single chain antibody fragments
KALYONCU UZUNLAR S., Hyun J., Pai J. C., Johnson J. L., Entzminger K., Jain A., et al.
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
, cilt.82, sa.9, ss.1884-1895, 2014 (SCI-Expanded, Scopus)
2010
201025. Interaction prediction and classification of PDZ domains
KALYONCU UZUNLAR S., Keskin O., Gursoy A.
BMC BIOINFORMATICS
, cilt.11, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2024
20241. Leveraging single B cell technologies in the development of anti-PD-L1 antibodies
Sencer A. M., GÜNGÖR B., Kurden-Pekmezci A., Sayili D., Kuyucu A. Z., Ozgenc S., et al.
7th European Conference of Immunology, Dublin, İrlanda, 1 - 04 Eylül 2024, cilt.54, ss.766, (Özet Bildiri)
2023
20232. A zebrafish model of macular cornea dystrophy provides the first preclinical test model
Esra E. G., BAŞOL M., Gelinci E., KALYONCU UZUNLAR S., YILDIRIM C. A., ÇAKAN AKDOĞAN G.
ESGCT 30th Annual Congress, Brüksel, Belçika, 24 Ekim 2023, (Özet Bildiri)
2020
20203. MAKÜLER KORNEA DİSTROFİSİNİN TEDAVİSİNDE KULLANILMAK ÜZERE MMP-1 VE MMP-13’xxÜN REKOMBİNANT ÜRETİMİ
kaya s. g., ÇOBAN H. B., YILDIRIM C. A., kalyoncu S.
V. Türkiye in Vitro Diyagnostik Sempozyumu: Sağlık Biyoteknolojisi, Türkiye, 19 - 21 Şubat 2020, (Özet Bildiri)
2019
20194. Directed evolution of antibodies with high conformational specificity for glucagon amyloid fibrils
Stimple S., Kalyoncu S., Desai A., Mogensen J., Spang L., Asgreen D., et al.
257th National Meeting of the American-Chemical-Society (ACS), Florida, Amerika Birleşik Devletleri, 31 Mart - 04 Nisan 2019, cilt.257, (Özet Bildiri)
2014
20145. The Use of Engineered Antibody Fragments to Promote Crystallization of Membrane Proteins
KALYONCU UZUNLAR S., Johnson J. L., Heaner D. P., Morales I. A., Hyun J., Pai J. C., et al.
58th Annual Meeting of the Biophysical-Society, San-Francisco, Kostarika, 15 - 19 Şubat 2014, cilt.106, (Özet Bildiri)
2010
20106. Interaction prediction of PDZ domains using a machine learning approach
KALYONCU UZUNLAR S., Keskin O., Gursoy A.
2010 5th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, HIBIT 2010, Antalya, Türkiye, 20 - 22 Nisan 2010, ss.121-124, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar
2021
20211. KODON OPTİMİZASYONU VE REKOMBİNANT PROTEİN ÜRETİMİNDEKİ YERİ
Arslan M., Kaleli N. E., Karadağ M., Yarımçam M. C., KALYONCU UZUNLAR S., ALOTAİBİ H.
PROTEİN: YAPISI, MÜHENDİSLİĞİ, ETKİLEŞİMLERİ, DİNAMİĞİ VE İLAÇ TASARIMINDAKİ YERİ, SALİHA ECE ACUNER, Editör, Ankara Nobel Tıp Kitabevleri, Ankara, ss.115-134, 2021
2016
20162. Lessons from an α-Helical Membrane Enzyme: Expression, Purification, and Detergent Optimization for Biophysical and Structural Characterization
Johnson J., KALYONCU UZUNLAR S., Lieberman R.
Heterologous Expression of Membrane Proteins: Methods and Protocols, , Editör, Springer New York, ss.281-301, 2016
Desteklenen Projeler
2023 - 2025
2023 - 2025Bir anti-mikrobiyal peptit olan epinecidin-1’in rasyonel dizayn ile etkinliğinin arttırılması ve maya yüzey gösterimi ile uygulanması
TÜSEB A Grubu Acil AR-GE Projesi
Kalyoncu Uzunlar S. (Yürütücü), Aktaş H., Yalçın H. T.
2023 - 2025
2023 - 2025Nrf2 Düzeyi Ve Aktivitesini Belirlemek Için Simoa Temelli Kit Geliştirilmesi
TÜBİTAK - AB COST Projesi
Genç Ş., Kalyoncu S.(Yürütücü), KALYONCU UZUNLAR S. (Yürütücü)
2021 - 2025
2021 - 2025
Hedefe Özgü Pan-Kanser Terapiler (PAN-TER)
TÜBİTAK Projesi , 1004 - Mükemmeliyet Merkezi Destek Programı FAZ I
Sağ D., Erdal Bağriyanik Ş. E., Inan M.(Yürütücü), KALYONCU UZUNLAR S.
2020 - 2023
2020 - 2023Ülkemizde ve Dünyada Halk Sağlığını En Fazla Tehdit Eden HIV, HPV ve Influenza Kaynaklı Enfeksiyonlara Karşı Tanı Kitleri, İlaç Formülasyonları ve Aşı Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1004 - Mükemmeliyet Merkezi Destek Programı FAZ I
Kalyoncu Uzunlar S., İnan M.(Yürütücü)
2019 - 2023
2019 - 2023Tıbbi Patoloji Alanında Sıklıkla Kullanılan Akciğer Karsinomu Monoklonal Antikorlarının Geliştirilmesi Ve Üretilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1003 - Öncelikli Alanlar Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı
Kalyoncu Uzunlar S., Öztürk M.(Yürütücü)
2021 - 2022
2021 - 2022Rekombinant İnsan Serum Albümin Varyantlarının Bilirubin Taşıma Potansiyelinin Belirlenmesi ve Hiperbilirubinemide Terapötik Potansiyelinin in vivo Zebrabalığı Modelinde Araştırılması
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Çakan Akdoğan G. (Yürütücü), İnan M., Kalyoncu Uzunlar S., Kumral A.
2019 - 2022
2019 - 2022Maküler Kornea Distrofisi için yeni bir topikal tedavi yönteminin geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1003 - Öncelikli Alanlar Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı
Çoban H. B., Yıldırım C. A. (Yürütücü), BAĞRIYANIK H. A., GÜVEN S., KALYONCU UZUNLAR S.
2019 - 2022
2019 - 2022Kanser Tedavisi İçin VEGF'e Bağlanan Yeni Nesil Rekombinant Antikor Parçacıklarının Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 3501 - Ulusal Genç Araştırmacı Kariyer Geliştirme Programı
Çakan Akdoğan G., KALYONCU UZUNLAR S. (Yürütücü)