Nöroblastom hücre hatlarındaki miRNA ekspresyon profilleriyle genetik parametreler arasındaki ilişkilerin araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2013

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ÖZKAN BAĞCI

Danışman: OĞUZ ALTUNGÖZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Nöroblastomda delesyona uğrayan bölgelerde, çift vuruş (double hit) hipoteziyle uyumlu bir genin tanımlanamaması ve nöroblastom genetiğinde sıklıkla yapısal ve sayısal kromozomal aberasyonların gözlenmesine rağmen, gen mutasyonlarının çok nadir olarak görülmesi; son zamanlarda epigenetik değişimlerin araştırılmasına neden olmuştur. Nöroblastom örneklerinde şimdiye kadar yapılan çalışmalarda nöral krest hücrelerinin farklılaşma sürecinde rol oynayan genlerde herhangi bir mutasyonun (Phox2B hariç) ve Transkripsiyonel epigenetik bir değişimin saptanmaması, bu genlerin, post-transkripsiyonel epigenetik mekanizmalarla susturulabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamızın temel amacı; Nöroblastomda sıklıkla delesyon gözlenen 11q veya 1p delesyonuna sahip olan hücre hatları ile delesyonun gözlenmediği hücre hatları arasındaki miRNA ekspresyon profillerini belirlemek ve nöral krest farklılaşma yolağında rol alan genlerin, ekspresyon değişikliği gözlenen miRNA?ların hedefi olup olmadıklarını belirlemektir. Çalışmamızda altı nöroblastom hücre hattının kromozomal aberasyonlarını MLPA yöntemiyle saptadık. Hücre hatlarının miRNA ekspresyon profillerini ise miRNA dizin çalışması ile gerçekleştirdik. Çalışmamızın sonucunda 1p delesyonu olan hücre hatlarında, 1p delesyonu olmayan hücre hatlarına göre istatistiksel olarak anlamlı artış gösteren 33 miRNA saptadık. Bu miRNA?lar arasından miR-410, miR-543, miR-495 ve miR-494?ün en az üç geni hedef aldığını gösterdik. Seçilen miRNA?lardan miR-543, miR-495 ve miR-494?ün ekspresyon artışlarını ise gerçek zamanlı PCR çalışması ile doğruladık. Sonuç olarak; nöroblastomda sıklıkla gözlenen 1p delesyonunun, karsinogenez süreci bilinmeyen nöroblastomun ortaya çıkış nedenine ışık tutacağını düşünmekteyiz.