Mezenkimal epitelyal dönüşüm sürecinde ELF3 ve DNA metil transferazların etkileşimleri

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SERAY YETKİN

Danışman: HANİ ALOTAİBİ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mezenkimal-epitelyal geçiş (MET) ve Epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) süreçleri, embriyonik gelişim, yara iyileşmesi ve tümör oluşumu gibi birçok kritik fizyolojik ve patolojik süreç için önemli olan iki biyolojik olaydır. MET yakın zamana kadar yalnızca EMT'nin ters süreci olarak görülüyordu. Ancak son araştırmalar MET'in sadece EMT'nin tersi olmadığını göstermektedir. Elf3, E-kadherin'in plazma zarı üzerindeki beklenen lokalizasyonunu değiştir ve Grhl3 promotörü içindeki korunmuş dizilere bağlanır. Böylelikle Grhl3 ekspresyonunu değiştirerek MET'in düzenlenmesinde rol oynar. Hücrede Elf3 ekspresyonunun kaybı MET başlatılmasını bozarak hücrelerin mezenkimal kalmasına neden olur; Elf3'ü içeren pozitif bir geri bildirim ağı çok muhtemel görünmektedir. DNA metilasyonu, DNA metil transferazlar (DNMT) tarafından katalize edilen MET sürecinde hücresel kimliği belirleyen en önemli epigenetik modifikasyonlardan biridir. DNA metilasyonu ve hidroksimetilasyonu, hücresel sistemlerde farklılaşma, gelişme ve pluripotens dahil olmak üzere biyolojik ve epigenetik rolleri nedeniyle ilgi odağı olmuş ve aktif DNA demetilasyon reaksiyonunda bir ara adım olarak gösterilmiştir. Bu bağlamda bu tez, DNA metilasyon enzimleri ile MET sırasında önemli bir rol oynayan Elf3 arasındaki olası etkileşimin araştırılmasını amaçlamıştır. Gen modülasyonu, DNA-protein etkileşimi ve biyoinformatiği içeren entegre bir yaklaşım uyguladık. Sonuçlar, Elf3'ün, DNA metiltransferazların transkripsiyonel düzenlemesinde yer aldığını, Elf3'ün MET düzenlemesindeki rollerini genişlettiğini ve Elf3'ün yeni fonksiyonlarını aydınlattığını gösterdi. Bulgular aynı zamanda MET'in düzenlenmesine ilişkin epigenetik bakış açımızı da arttırdı.