Molecular phylogenetic analysis of actinomycetes isolated from sediments of Aegean Sea
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: İLKNUR TUNÇER
Danışman: NİHAYET BİZSEL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Aktinomisetler yüksek çeşitlilik ve sekonder metabolit üretimi bakımından önemli bakterilerdir. Karasal aktinomiset keşifleri son yıllarda azaldığından denizsel alanlar araştırmalara açılmıştır. Türkiye denizsel alanlardaki filogenetik araştırmalara ihtiyaca dayalı bu çalışmada, aktinomisetlerin Ege Denizi sedimanlarından izolasyonu yedi farklı sediman işleme metodu ve altı antibiyotikli veya antibiyotiksiz iki izolasyon ortamı kullanılarak başarılmıştır. Morfolojik özellikler ve fizyolojik testler onüç suşun birbirinden farklı olduğunu göstermiştir. Bunların 16S rRNA gen sekansları GenBank'a deposit edilmiş olup erişim numaraları elde edilmiştir. Filogenetik analizlere göre, bunlardan birinin Nocardiopsis ve diğerlerinin Streptomyces cinslerine ait olduğu ve ayrıca bir Streptomyces suşunun yeni tür olmaya aday olduğu gösterilmiştir. Ayrıca, çalışma alanının su kolonu sıcaklık, tuzluluk, yoğunluk, pH, çözünmüş oksijen, toplam askıda katı madde, klorofil a, reaktif silikon, nitrit, nitrat, fosfat ve sediman örneklerinin toplam ve organik karbon, azot, fosfor içeriği ile dane boyunu kapsayan fizikokimyasal verileri de analiz edilmiş ve Ege Denizi'nin karakteristik özelliklerini gösterdiği saptanmıştır. Bütün bu biyojeokimyasal data birleştirilip kendi yeni çalışmalarımız ve Doğu Akdeniz'de yapılmış olan önceki araştırmalarla karşılaştırıldığında bu çalışma alanının yüksek bakteri çeşitliliği için Ege Denizi'nin kıyısal ve dip sedimanlarına nazaran optimum çevresel koşullar taşıdığı gösterilmiş ve ayrıca bakteri karakteristiği üzerinde jeografik ve çevresel etkilerin olduğu aktinomisetlerin enzimatik aktiviteleri ile desteklenmiştir.