Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ELİF YILDIZ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Gökhan Karakülah
Eş Danışman: Hani Alotaibi
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Epitelyal-Mezenkimal Geçiş (EMT) ve Mezenkimal-Epitelyal Geçiş (MET), gelişim, yara iyileşmesi ve kanser metastazında yer alan temel biyolojik süreçlerdir ve uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) dahil olmak üzere karmaşık moleküler ağlar tarafından düzenlenir. Önemli ilerlemelere rağmen, lncRNA'ların EMT ve MET'deki düzenleyici rolleri ve türler arasındaki korunumu hâlâ tam olarak anlaşılmamıştır. Bu çalışma, MCF7 ve MCF10A hücre hatlarından elde edilen EMT ve MET süreçlerine dahil olan insan lncRNA'larını tanımlamayı ve karakterize etmeyi, ayrıca NMuMG hücre hatları üzerinde yapılan önceki 219Z034 TÜBİTAK projesinde tanımlanan fare lncRNA'ları ile korunumlarını karşılaştırmayı amaçlamaktadır. EMT/MET süreçlerine dair RNA dizileme verilerini kullanarak, daha önce tanımlanmamış lncRNA'ları analiz ettik ve anotasyonlarını yaptık. Çalışmamız, 719 daha önce tanımlanmamış insan lncRNA'sını belirledi. Önceki bir çalışmadan elde edilen 6.806 daha önce tanımlanmamış fare lncRNA'sını kullanarak, hem bilinen hem de daha önce tanımlanmamış lncRNA'ları içeren toplam 30.024 ortolog lncRNA keşfettik. Bunlar arasında, 116 ortolog lncRNA daha önce tanımlanmamış insan lncRNA'larıyla örtüşmektedir; bunlardan 115'i EMT süreçlerinde rol oynarken, 12'si MET süreçlerinde rol oynamaktadır. Bu kapsamlı lncRNA analizi, lncRNA'ların EMT ve MET süreçlerine katkılarını anlamamızı artırmakta ve türler arası korumanın önemini vurgulamaktadır. Bu bulgular, lncRNA'ların kanser ve diğer EMT ve MET süreçlerini içeren hastalıklarda terapötik hedeflenmesi konusunda gelecekteki araştırmalara zemin hazırlamaktadır.