Discriminant analysis using kernel and fuzzy approaches
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, İstatistik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SELEN YILDIRIM
Danışman: ÇAĞIN KANDEMİR ÇAVAŞ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Proteinler çeşitli şekillerde, boyutlarda ve kimyasal özelliklerde amino asit zincirlerinden oluşan moleküler yapılardır. Protein fonksiyonları proteinlerin yapılarına göre belirlenir. Farklı çeşitlerdeki protein sekanslarının kendilerine özgü biyokimyasal fonksiyonları vardır. Bu nedenle, protein sekanslarını sınıflamak biyolojik döngüde onların görevlerini tanımlamak ve proteinlerin fonksiyonlarını anlamak açısından büyük önem taşır. Bu tezde düzenli ve düzensiz proteinlerin sınıflandırılması amaçlanmıştır. Kendiliğinden düzensiz proteinler, bir proteinin tersiyer yapısında meydana gelen bozulma sonucu oluşurlar. Düzensiz proteinler elektron mikroskobu, nükleer manyetik rezonans spekstroskopisi ve protein kristalleştirme yöntemleri kullanılarak deneysel olarak tanımlanabilir. Ancak deneysel sınıflama ham sekansların büyük miktarda olmasından dolayı yüksek maaliyetlidir ve zaman alır. Bu nedenle bilgisayar tabanlı çözümler analiz için kullanışlı bir araç olmaktadır. Bu amaç doğrultusunda Fisher'ın doğrusal diskriminant analizi, bulanık diskriminant analizi ve kernel diskriminant analizi yöntemleri düzenli ve düzensiz proteinlere uygunlanmıştır. Fisher'ın doğrusal diskriminant analizi, bulanık diskriminant analizi ve kernel diskriminant analizi için yeniden yerine koyma geçerlilik yönteminden elde edilen tüm doğru sınıflama yüzdeleri sırasıyla yüzde 77.1930, yüzde 87.7193 ve yüzde 100 olarak bulunmuştur. Sonuçlara dayanılarak, kernel diskriminant analizi yönteminin bir proteinin düzenli ve ya düzensiz yapıya sahip olup olmadığını tanımlamakta çok güçlü bir method olduğu yargısına varılır.