Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Alihan Bulgurcu
Danışman: Ayça Arzu Sayıner
Özet:
Kış aylarında influenza, RSV ve diğer solunum yolu
virüsları kuzey yarımkürede pik yapar (1, 2). RSV
salgınları sıklıkla influenza salgınları ile birlikte seyreder ve önemli
morbidite ve mortalite nedenleri arasındadır (3).
Aralık 2019’da Çin’ in Wuhan eyaletinde ortaya çıkan yeni tip koronavirus ise
SARS-CoV-2 olarak isimlendirilmiş ve pandemi yaratarak tüm dünyayı etkilemiştir
(4). Üç etkenin de solunum yolu ile bulaşması,
benzer semptomlar sergilemeleri, farklı enfeksiyon yönetimi ve tedavi
yaklaşımları gerektirmeleri ve hastada aynı anda SARS-CoV-2 ve Influenza A’nın
ko-infeksiyonlarının rapor edilmesi sebebiyle (5)
bu etkenlerin hasta örneklerinde beraber taranması önemlidir. Ayrıca COVID-19
pandemisinden dolayı, hastalığın filyasyonu açısından SARS-CoV-2’nin diğer
etkenlerden ayırt edilebilmesi gerekmektedir. Son zamanlarda bu 3 önemli virüsü
birlikte tarayan testler kullanıma girmeye başlamıştır. Örneğin Xpert Xpress
SARS-CoV-2/Flu/RSV (Cepheid, ABD) testi, üst solunum yolu örneklerinde
SARS-CoV-2, influenza A, influenza B ve RSV'nin multipleks gerçek zamanlı ters
transkriptaz polimeraz zincir tepkimesi (rRT-PCR) esasıyla saptanmasını ve
ayırt edilmesini sağlamaktadır. Bu test, ABD Gıda ve İlaç Dairesi'nden (FDA)
acil kullanım izni (EUA) almış tek bir panelde dört virüsü tespit edebilen ilk
ticari testtir (6). Çalışmamızda kullanılacak
kit ise yerli bir firma olan A1-RTA firması da bezer bir şekilde, geliştirdiği
multipleks polimeraz zincir tepkimesi test kiti ile bu dört virüsü tek örnekte
aynı anda tespit edebilmektedir.
Aktif viral enfeksiyonlarda mikrobiyolojik tanıda en
hızlı ve güvenilir yöntem, nükleik asidi saptamaya yönelik testlerdir.
Özellikle etkene spesifik primer ve problarla etkenin belirlendiği polimeraz
zincir tepkimesi (PCR) sıklıkla kullanılır. SARS-CoV-2, RSV ve influenza
virusları RNA genomuna sahiptir ve PCR için öncelikle genomlarının komplementer
DNA’ya çevrilmesi gerekmektedir. Bunu sağlayan yöntem ise test transkripsiyon
işlemidir. DNA’nın çoğalma sırasında eş zamanlı takip edilebildiği gerçek zamanlı
polimeraz zincir tepkimesi ise rutin klinik laboratuvarlarda daha hızlı sonuç
vermesi açısından tercih edilir (7). A1-RTA
firmasının kiti tüm bu özelliklere sahiptir.
Rutin tanı laboratuvarında yeni bir test veya test
sistemi kullanılacak ise, öncelikle verifikasyon veya validasyon çalışması
yapılmalıdır. Verifikasyon çalışmalarında doğruluk, kesinlik ve kantitatif
testler için linearite test edilirken, validasyonda bunlara duyarlılık ve
özgüllük de eklenir (8).
Çalışmada kullanacağımız
kit, yerli bir firmaya ait olması, yabancı kitlere göre daha ucuz bir
alternatif oluşturması açısından değerlidir. Bu proje ile uluslararası
kriterlere uygun bir validasyon yapılacaktır. Yapılan değerlendirmelerde kitin
analitik performans özellikleri bağımsız ve ISO 15189 akreditasyonuna sahip bir
laboratuvar tarafından belirlenmiş olacaktır.
Araştırmanın amacı: İzlenebilir multipleks RT-PCR
esaslı bir kit ile solunum yolu örneklerinde eş zamanlı olarak SARS-CoV-2,
influenza A/B ve RSV viruslarının nükleik asidlerinin varlığını saptayabilen
bir testin validasyonu amaçlanmaktadır.
Araştırmanın hipotezi: İncelenecek yöntem ile
solunum yolu örneklerinde RSV, influenza A/B ve SARS CoV 2 viruslarının
RNA’ları tek örnek kullanılarak rutin tanıda kullanılabilecek bir duyarlılık ve
özgüllük ile tanımlanabilir.