Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SELİN İŞİDOĞRU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Kolorektal kanserde metastatik süreçleri yönlendiren hücre matriks adezyonu ifade değişimleri
Kanserin oluşumu genetik, epigenetik ve çevresel etkenlerden kaynaklanan çok mekanizmalı bir süreçtir. Kolorektal kanserin tanı ve tedavisi adına anlamlı sonuçlar elde edilmesine karşın, rutinde kullanılan yöntemlerin sınırlılıkları hâlâ mevcuttur. Bu sınırlılıklar ve kanserin metastatik karakteri nedeniyle, hastalığın süreci ölümle sonuçlanabilmektedir. Bu yüzden, kanserde erken tanı ve uygun tedavi için, metastaz biyolojisinin daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Biyomarker temelli yöntemlerin uygulanabilirlik, maliyet ve hız bakımından daha avantajlı olabileceğinin anlaşılmasıyla birlikte, kolorektal kanserli dokuya spesifik gen ve gen ürünlerinin keşif araştırmaları süregelmektedir. Gelişen teknolojiyle birlikte artan araştırmalar doğrultusunda gen ürünlerinin, metastaz biyolojisindeki önemi şiddetle vurgulanmaktadır. Metastaz oluşumu temelde EMT mekanizmaları ile ilgilidir. Hücre-matriks adezyon proteinlerini kodlayan genlerin fonksiyonlarında meydana gelen bozukluklar, adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerinde değişime yol açmaktadır. Bu değişimlerin saptanması, biyoinformatik teknolojilerle, daha hızlı ve verimli sonuçlar elde edilmesini sağlamaktadır. Bu araştırmanın amacı, metastatik süreci yönlendiren hücre-matriks adezyon moleküllerinin ekspresyon seviyelerini, in silico yöntemlerle saptamak ve kolorektal kansere özgü biyomarker seti tanımlamaktır. Bu çalışmada, TCGA ve Gene Ontoloji veri tabanlarında yer alan tüm kolorektal tümörlü hastaların mRNA sekansları, primer tümörlü ve metastatik karakterli hastalarda karşılaştırılma yapılarak hücre adezyon moleküllerinin ekspresyon değişimleri analiz edildi. Bu araştırma kapsamında yapılan analizler doğrultusunda L1CAM, MSLN, CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3 ve HPSE hücre-matriks adezyon moleküllerinin, KRK için potansiyel biyomarker niteliği taşıdığı literatürde de önerilmektedir. Ancak çalışmamızda anlamlı bulunan PARVG ve VTN genlerinin KRK progresyonu ve metastazına olan etkileri henüz aydınlatılmamıştır. Bu nedenle in vitro ve in vivo araştırmaların yapılması, bu genlerin KRK üzerindeki fonksiyonu ve biyomarker niteliği konusunda bilgi sağlayacaktır.
Alterations in expression of the cell-matrix adhesion molecules which drive metastatic processes in colorectal cancer
Carcinogenesis is a multistep process that arises from genetic, epigenetic, and environmental factors. Despite obtaining beneficial outcomes for colorectal cancer diagnosis and prognosis, there are challenges to current methods simultaneously. On the other hand, the disease can lead to fatality because of its specific feature called metastasis and its limitations. Thus, a better understanding of the biological process underlying metastasis is an urgent need for early diagnosis and favorable treatment. According to research, biomarker-based methods have more advantages concerning practicability, rapidity, and cost. Therefore, ongoing investigations for which genes and gene products that are CRC-specific as a biomarker. Acutely emphasis on the crucial functions of gene products involved in the biology of metastasis by advancing technology that enhanced increasing research. Metastasis cascades are mainly related to the EMT process. Expression levels of cellmatrix adhesion proteins are altered by a deficiency in the function of genes that encodes these proteins. Then, bioinformatics technologies allow the detection of these changes with more productivity and fast. The aim of this, determine alterations in the expression of the cell-matrix adhesion molecules at the mRNA level, drive metastatic processes in colorectal cancer in silico and identify a biomarker set that CRC specifity. In this study, alterations of cell-matrix adhesion molecules have analyzed by comparison with all CRC samples in TCGA and Gene Oncology database in primary and metastatic tissue. n conclusion, L1CAM, MSLN, CD96, ITGAL, ITGB2, FERMT3, and HPSE cellmatrix adhesion molecules have potential biomarkers for CRC, in the light of performed comparative analysis within the current thesis as well as literature data. However, PARVG and VTN genes are statistically significant, but our understanding of their roles is insufficient in CRC progression and metastasis. We can have a high opinion of their functions and biomarker potentials for CRC, in the direction of more in vitro and in vivo investigations.