An application of information theory for DNA structure

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, İstatistik Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2009

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: ÖMER DURSUN

Danışman: ÖZLEM EGE ORUÇ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, öncelikle olasılıksal bir sistemde var olan belirsizliğin ölçümünü ifade eden entropi kavramı ve bilgi kavramı tanımlarına yer verilmiştir. Bu iki kavramın özellikleri ve çeşitleri ayrıntılarıyla gösterilmiş, aralarındaki ilişki ve farklılıklara değinilmiştir. Her iki kavram için, NCBI (National Center for Biotechnology Information) internet sitesinden alınan insan genomuna ait DNA yapılarında uygulamalar yapılmıştır.Ökaryot hücrelerin DNA yapılarında bulunan protein kodlayan bölüm (exon) ve kodlamayan bölümlerin (intron) bazları temel alınarak oluşturulan olasılık dağılımlarından hesaplanan Relative Entropy (Kullback-Leibler uzaklığı) ve Bhattacharyya uzaklığı değerleri ile bu iki yapının olasılılık dağılımlarının benzerliği hakkında sonuçlar karşılaştırılarak sunulmuştur. Exon ve intronların ayrıldığı yer olan Splice site bölgesi içinde benzer bir uygulama yapılmış ve bu bölgenin önceden belirlenebilmesi için alternatif bir yol önerilmiştir. Ayrıca, aminoasitlerin bazlarının olasılık dağılımları ile de Entropi, Kullback-Leibler uzaklığı ve Karşılıklı Bilgi (Mutual Information) değerleri hesaplanmış ve yorumlanmıştır.