Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Genomik ve Moleküler Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ESİN ŞEKEROĞLU
Danışman: Hani Alotaibi
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Epitelden mezenkimale geçiş (EMT), epitel hücrelerin polaritelerini ve hücre-hücre yapışma özelliklerini kaybederek artmış hareketlilik ve invazivlik gibi mezenkimal özellikler kazandığı temel bir biyolojik süreçtir. EMT, embriyonik gelişim, yara iyileşmesi, embriyonik kök hücre farklılaşması ve proliferasyonu gibi çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedir. Ayrıca, tümör progresyonu, metastaz, apoptoz direnci, kemoterapiye direnç gibi patolojik süreçlerle de ilişkilidir. EMT'nin transkripsiyonel düzeydeki düzenlenmesi iyi tanımlanmış olmasına rağmen, epigenetik kontrol mekanizmaları ve özellikle histon varyantlarının katkısı konusunda mevcut bilgiler oldukça sınırlıdır. Son çalışmalar, histon varyantı H2A.Z'nin yokluğunun epitel belirteçlerini baskılarken mezenkimalleri artırdığını ve bunun sonucunda EMT-benzeri bir fenotip ortaya çıktığını göstermiştir. Histon varyantı H3.3, hücre korunumu, kromatin yeniden düzenlenmesi, gen ekspresyonu ve genom bütünlüğü gibi süreçlerde kilit rol oynayan önemli bir epigenetik düzenleyicidir. H3.3'ün mutasyonları ve yanlış düzenlenmesi, kanserle ilişkili olarak tanımlanmıştır. H2A.Z'nin nükleer homeostaz, gen ekspresyonu ve mitoz üzerindeki H3.3 histon varyantı ile örtüşen işlevleri göz önünde bulundurulduğunda, H3.3 histon varyantının EMT üzerinde önemli etkileri olabileceği hipotezi öne sürülmüştür. Bu doğrultuda, epitelden mezenkimal geçişin H3.3 histon varyantı tarafından epigenetik olarak nasıl düzenlendiğinin anlaşılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, üç farklı hücre modelinde; MCF10A ve NMuMG hücrelerinde TGFβ ile indüklenen EMT süreci ve B6Blu fare embriyonik kök hücrelerinde nöronal farklılaşma, karşılaştırmalı analizler gerçekleştirilmiştir. EMT'nin düzenlenmesindeki doğrudan rolünü ortaya koymak için H3.3A genine karşı siRNA aracılı susturma uygulanmış ve model sistemlerde EMT ve H3.3A yokluğu süreçleri detaylı bir şekilde analiz edilmiştir. Sonuç olarak, bulgularımız histon varyantı H3.3A'nın EMT'nin düzenlenmesinde rol oynadığına dair yeni bir bakış açısı sunmaktadır. H3.3A'nın baskılanması bağlama bağlı şekilde EMT-benzeri bir fenotipin oluşmasına ve temel epitel ile mezenkimal belirteçlerin ifadesinin değişmesine yol açmıştır. Anahtar Kelimeler: EMT, Histone Variantları, H3.3, Transkripsiyonel Ağlar, Heterojenite