Tüberküloz dışı mikobakteri türlerinin matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile sıvı besiyerinden tanımlanmasında üç farklı protokolün karşılaştırılması

---

Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: NEZİHAT DESEN BÜYÜKSOY

Danışman: NURAN ESEN, ÖZGÜR APPAK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), çevresel ve fırsatçı mikroorganizmalardır. Uzun süre kontaminant olarak değerlendirilmiş ve klinik açıdan önemsiz oldukları düşünülmüştür. Ancak günümüzde dünya çapında TDM enfeksiyonları hem sağlıklı hem de immunsuprese popülasyonda artış göstermektedir. Tür düzeyinde tanımlanmaları, epidemiyolojinin belirlenmesi, enfeksiyon etkeni-kontaminasyon ayrımının yapılması ve tedavinin belirlenmesi açısından önemlidir. MALDI-TOF MS tür düzeyinde tanımlamada, düşük maliyetli, kolay uygulanabilir, hızlı ve rutin laboratuvar iş akışına entegre edilebilir bir yöntemdir. Bu amaçla, 2018-2024 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikobakteriyoloji Birimi'ne gönderilen balgam, bronş lavaj, bronkoalveolar lavaj (BAL), beyin omurilik sıvısı (BOS), lenf nodu ve doku biyopsi örneklerinden üretilen ve GenoType Mycobacterium CM/AS (Hain Lifescience/Almanya) kiti ile MGIT besiyerinden tür düzeyinde tanımlanarak stoklanan 51 TDM izolatı çalışmaya dahil edildi. MycoEx protokolü, Mesureur ve arkadaşlarının tanımladığı 'matriks çözücü solüsyon yöntemi' protokolü ve Temporal ve arkadaşlarının tanımladığı 'dondurma temelli ekstraksiyon protokolü' ile dört M. intracellulare, altı M. avium spp. intracellulare, bir M. avium, beş M. chelonae, sekiz M. abscessus, üç M. kansasii, beş M. lentiflavum, beş M. simiae, dört M. gordonae, on M. fortuitum MALDI-TOF MS yöntemi ile çalışıldı. Yöntemlerin inaktivasyon basamağının etkinliği LJ besiyerindeki üremelere bakarak değerlendirildi. 51 izolatın MycoEx protokolü ile 40'ı (%78,43), matriks çözücü solüsyon protokolü ile 18'i (%35,29), dondurma çözme protokolü ile 12'si (%23,52) GenoType Mycobacterium CM/AS testiyle uyumlu tanımlandı. MycoEx protokolü ile inaktive edilen altı, dondurma-çözme yöntemi ile inaktive edilen beş izolatın üremeyi kontrol amacıyla ekim yapılan Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerlerinde üreme oldu ve inaktivasyonun başarısızlığı olarak değerlendirildi. MycoEx protokolü üç yöntem içerisinde tanımlama başarısı en yüksek yöntem oldu. MALDI-TOF MS ile tanımlama kolay, maliyet etkin ve hızlı bir yöntemdir. Ancak yöntemin inaktivasyon basamağının laboratuvara göre standardize edilmesi ve aralıklı kontrolü gerekmektedir. Rutin iş akışında MALDI-TOF MS yönteminin kullanımının avantaj sağlayacağı düşünülmektedir.