İnflamasyon ilişkili kodlama yapmayan uzun rna (lncRNA) ekspresyon profilinin, kronik viral hepatit ve bu zeminde gelişmiş hepatosellüler karsinomlardaki patogenetik ve prognostik önemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Patoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BURÇİN PEHLİVANOĞLU
Danışman: ÖZGÜL SAĞOL
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, kronik viral hepatit (KVH) zemininde gelişmiş siroz ve hepatosellüler karsinomda (KVH-HSK) inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon profili ve bu profilin klinikopatolojik faktörlerle ve inflamatuar hücrelerin immunohistokimyasal fenotipi ile ilişkisinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Analizler için formalinde tespitlenmiş parafine gömülü doku kullanılmıştır. İlk aşamada, sirotik KVH, KVH-HSK, peritümöral parankim ve normal karaciğer doku örneklerinde (n=48) 84 inflamasyon ilişkili lncRNA içeren hazır bir panel kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) array çalışması yapılmıştır. Ardından, RT-PCR array testinde ekspresyon düzeyleri en az üç grupta >2 ya da <-2 kat değişimi gösteren 7 adet lncRNA (DLEU2, HOTAIR, LINC00635, LINC00662, RP11-549J18. 1, SNHG16, XIST) belirlenerek 24 KVH-HSK, 24 peritümöral sirotik parankim ve 24 sirotik KVH örneğinde assay şeklinde RT-PCR ile ekspresyon analizi yapılmıştır. Ayrıca, 39 KVH-HSK, 39 peritümöral sirotik parankim ve 40 sirotik KVH örneğinde immunohistokimyasal olarak CD3, CD4, CD8, CD20, CD25, CD163, CTLA-4 ve PD-1 ekspresyonu araştırılmıştır. Bulgular istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Kronik inflamasyon sirotik karaciğer parankiminde inflamasyon ilişkili lncRNA ekspresyon düzeylerinde değişikliğe neden olmaktadır. Bulgularımız bu lncRNA'ların hepatokarsinogenezde rolü olabileceğini göstermektedir. DLEU2, SNHG16, XIST ve HOTAIR ekspresyonları ile intratümöral/peritümöral inflamatuvar hücrelerin alt tipleri arasında ve intratümöral/peritümöral inflamatuar hücre immunprofili ile çeşitli klinikopatolojik özellikler arasında anlamlı ilişkiler bulunmuştur. CD3, CD8, CD25, CTLA-4 ve PD-1 eksprese eden intratümöral ve peritümöral inflamatuar hücreler KVH-HSK biyolojik davranışına etki ediyor görünmektedir.