Determination and verification of new targets in liver cancer
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Genomik ve Moleküler Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: UMUT EKİN
Eş Danışman: MEHMET ÖZTÜRK, YAVUZ OKTAY
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hepatosellüler karsinom (HSK), kötü prognoz ve yüksek ölüm oranları ile dünya çapında en yaygın kanserlerden biridir. HSK'nın erken evrelerde teşhisi ve etkili tedavisi zor olup cerrahi rezeksiyon veya karaciğer transplantasyonu dahil olmak üzere birkaç tedavi seçeneği ile sınırlıdır. İleri seviyelerde, sınırlı kemoterapi seçenekleri, hastanın sağkalımını sadece birkaç ay artırabilmesine rağmen, ilerlemiş hepatoselüler karsinom için en önemli tedavi yöntemlerinden biri haline gelmektedir. Bu nedenle, hastalığın ilerlemesindeki mekanizmaları anlamak, HSK'da hasta sağ kalımını artırmak için acilen ihtiyaç duyulan yeni terapötik yaklaşımlara ışık tutacaktır. Çalışmalarımızda karaciğer kanserinde yeni hedefleri belirleyerek potansiyel terapötik hedefler olarak değerlendirmeyi amaçladık.. İlk olarak senesensten kaçışta artış gösteren hepatoselüler imza genlerinden ATAD2 geni terapötik bir hedef olarak değerlendirildi. Topladığımız klinik data ile yaptığımız biyoinformatik analiz, hastaların tümör dokularında, tümör olmayanlara göre daha çok ATAD2 ekspresyonu olduğunu ve aynı artış korelasyonunun iyi bilinen proliferasyon belirteci Ki-67 için de geçerli olduğunu gördük. Bu anlamlı korelasyon sadece HSK hasta örneklerinde olmayıp, zamana bağlı sıçan karaciğeri yenilenmesi sürecinde de olduğunu gözlemledik. Ek olarak, ATAD2, ilaç ile muameleye, özellikle Tunikamisin kaynaklı apoptoza yanıt olarak inhibisyon göstermiştir. Yaptığımız ATAD2 silinmesine bağlı in vitro çalışmalar, ATAD2'nin inactive edilmesinin HSK hücrelerinde hetorejen yanıtlara yol açtığını göstermiştir. İkincisi, senesens öncesi ve ölümsüz fenotip gösteren HSK hücre klonlarından daha önce elde ettiğimiz bilgileri kullanarak yeni ilaç adayı genler aradık. Ölümsüz fenotipte artış gösteren genlerle hasta sağkalım datalarını entegre ederek aday genler ortaya koyduk ve bu genlerden GPR133/ADGRD1 genini sonraki fonksiyonel analizlerde kullanmak üzere belirledik. Kötü prognozla ilişkili olarak, HSK hücre hatlarında ve hasta numunelerinde transkripsiyonel seviyede GPR133 seviyesinin yükseldiğini gösterdik. HepG2 hücre hatlarında GPR133ün ektopik ifadesiyle yaptığımız öncül çalışmalar neticesinde hücrelerin küresel yapı oluşturarak büyümesinde azalma ve oluşan kürelerin morfolojisinde değişiklikler gösterilmiştir. Son olarak, p53 ailesinin bir üyesi olan p73 transkripsiyon faktörüne odaklandık. Bu genin sahip olduğu karmaşık yapı nedeniyle alternatif promotör kullanımı ve alternatif C-ucu birleştirmesi birçok farklı izoform oluşturmasını sağlamaktadır. Bu alternatif izoformların HSK'daki ekspresyonları ve özgün hedefleri tam olarak aydınlatılmamıştır. Çalışmamızın bu bölümünde, HSK'nın farklı hücre hatlarında, alternatif izoformların değişken ekspresyonlarını transkript ve protein seviyesinde inceledik. Özellikle bazı HSK hücre hatlarında TAp73beta izoformuyla yaptığımız çalışmalar, hücre hattına bağlı olarak hücre döngüsünde durma ve koloni oluşturabilme yeteneklerinde azalma olduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizlerle TAp73beta'nın Hep3B hücrelerindeki ektopik ekspresyonundan elde ettiğimiz bulgular, TAp73beta ekspresyonunun hücre döngüsü, gelişim, büyüme sinyali, metabolizma, bağışıklık yanıtı ve stres yanıtı yolaklarıyla ilişki içinde olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, HSK tedavi sürecinde kullanılabilecek yeni aday genler belirlemeye çalıştık. Yapılacak ek çalışmalarla, bu aday genlerin HSK gelişiminde aldıkları roller belirlenebilir ve tedavi uygulamalarındaki potansiyelleri ortaya çıkartılabilir.