PROT-ON: Structure-based detection of critical mutations in redesigning protein-protein interfaces

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: MEHDİ KOŞACA

Danışman: EZGİ KARACA EREK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Vücudumuzdaki çoğu biyokimyasal olay protein-protein etkileşimleri (PPE) aracılığıyla gerçekleşir. PPE'leri anlamak ilaç ve aşı geliştirme çalışmaları için son derece önemlidir. Bu yüzden arayüz mutasyonlarının protein-protein etkileşimlerinin doğasını nasıl değiştirdiğini bilmek gerekmektedir. EvoEF ve FoldX gibi çeşitli hesaplamalı yaklaşımlar farklı matematiksel algoritmalar kullanarak etkileşim enerjisindeki değişimleri tahmin etmektedirler. Bu tezde, PPE'deki tüm mutasyonları tarayıp etkileşim enerjilerini bu programlarla hesaplayacak PROT-ON yaklaşımını geliştirdik. PROT-ON, arayüz mutasyonlarındaki etkileşim enerjileri değişimlerini çeşitli metrikler kullanarak bağlanmayı en iyileştiren ve en kötüleştiren mutasyonlar olarak sınıflandırmaktadır. PROT-ON'un performansını MDM2-P53 ve AXL-GAS6 kompleksleri üzerinde test ettik ve kompleks için kritik mutasyonları geliştirdiğimiz yaklaşım ile başarılı bir şekilde tahmin edebildik. PROT-ON'un kendi başına çalışan sürümünü GitHub'dan (https://github.com/CSB-KaracaLab/prot-on) Linux ve MacOS sistemleri için indirebilir ya da kullanıcı dostu bir web portalı (http://proton.tools.ibg.edu.tr:8001) üzerinden erişilebilirsiniz.