Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DENİZ KURŞUN
Danışman: Can Küçük
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Mantle hücreli lenfoma (MCL), sürekli nüks paterni ve sadece 3-5 yıl ortanca sağkalım ile tedavi edilemeyen bir lenfoid neoplazmı olarak kabul edilen B hücreli Hodgkin olmayan lenfoma alt türüdür (NHL). Bu nedenle, MCL hastalarının tedavisinin optimize edilmesi ve prognozlarının iyileştirilebilmesi için MCL patolojisinin aydınlatılarak yeni biyobelirteçlerin keşfedilmesi ve tedavi hedeflerinin belirlenmesi gerekmektedir.Uzun kodlayıcı olmayan RNA'ların (lncRNA'lar) birçok kanserin gelişimine katkı koyduğu ve bazılarının yeni biyobelirteçler olarak kullanıldığı gösterilmiştir. Bununla birlikte, MCL patogenezi ve prognozu ile ilgili çok az sayıda lncRNA literatürde rapor edilmiştir. Bu çalışmada, tüm transkriptom dizilime yoluyla MCL'de yeni tanısal, prognostik biyobelirteçler veya terapötik hedefler olma potansiyeli olan lncRNA'ları belirlemeyi amaçladık. 18 MCL numunesinin lncRNA'sını ve ayrıca mRNA ekspresyon profilini inceledik ve 3 kontrol numunesi ile karşılaştırıldık. Toplamda 1149 anlamlı şekilde farklı şekilde eksprese edilen lncRNA'lar belirledik. Belirlenen bu lncRNA'lardan 322 tanesi upregüle, 827 tanesi ise kontrol örneklere göre downregüle olmuştu. MCL hasta tümor numunelerindeki bazı seçili lncRNA'ları –WTS sonuçlarının çapraz validasyonu amacıyla- qRT-PCR ile analiz ettik. Farklı şekilde ekprese edilen genleri yorumlamak için yolak analizi gerçekleştirdik ve upregüle edilmiş mRNA'ların çoğunlukla anjiyogenez ve kanserdeki yolaklarla ilişkili olduğunu gözlemledik. AC210983.1, LINC01268, PWRN2, MAGI1-IT1 lncRNA'ların ve SOX11, EZH2 ve IL33 mRNA'ların MCL prognozunu belirleyebilecek transkript seviyelerini ROC eğrisi analizi ile inceledik. Kaplan Meier eğrileri, P değeri anlamlı değildi (P > 0.05). Bununla birlikte, bu çalışmamız, MCL hasta prognozunda anlamlı şekilde farklı şekilde eksprese edilen lncRNA'ların ve mRNA'ların, artan numune sayısı ve fonksiyonel analizlerle daha fazla araştırılması gereken potansiyel değerini göstermiştir.