Karbon, azot ve bor atomlarından oluşan 5 üyeli heterosiklik halkaların elektronik yapılarının incelenmesi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Çağdaş Bozgun

Danışman: Resul Sevinçek

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Hetero siklik moleküller, organik kimyanın önemli bir bileşenini oluşturur ve biyolojik ile kimyasal sistemlerde çeşitli roller üstlenir. Bu moleküllerin kimyasal reaktiviteleri ve polarite özellikleri, uygulama alanlarını belirlemede kritik öneme sahiptir. Özellikle, karbon, azot ve bor atomlarından oluşan beş üyeli hetero siklik moleküller, ilaç endüstrisi, tarım kimyasalları ve malzeme bilimi gibi alanlarda yaygın olarak kullanılan önemli bileşiklerdir. Bu çalışmada, bor, azot ve karbon atomlarından oluşan beş üyeli hetero siklik bileşiklerin olası tüm halkalı kombinasyonlarının geometri optimizasyonları yapılmıştır. Geometri optimizasyonu sonucunda bozulan, halka açılması olan ve frekans hesabında negatif frekans gözlenen geometriler ele alınmamış, negatif frekansa rastlanmayan moleküller ile hesaplamalara devam edilmiştir. Optimize geometriler üzerinden elektronik yapıları ve dipol momentleri belirlenmiştir. Ayrıca, öncül moleküler orbitalleri (HOMO-LUMO) ve bu moleküler orbitallere bağlı elektronik özellikler incelenmiştir. Sonrasında, biyolojik aktivite çalışmalarında sıklıkla kullanılan in silico testi Way2Drugs'un maddeler için aktivite spektrumu tahmini (PASS) yapılmıştır. Bu sonuçlar ile ele alınan moleküllerin dipol momentleri arasındaki ilişki incelenmiştir. Dipol moment kıyaslanması yapılabilmesi için birim yük başına dipol moment kavramı tanımlanmış ve biyolojik aktivite ile arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmadaki tüm hesaplamalar Gaussian09 paket programı ile Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi kullanılarak Becke'nin üç parametreli B3LYP fonksiyoneli ve optimizasyon için 6-311G; diğer hesaplamalar için 6-311++G(d,p) baz setleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. In silico hesaplar için de Way2drug PASS uygulaması kullanılmıştır.