Derin öğrenme yöntemleri kullanılarak öncü ve olgun miRNA'ların tespiti: DeepMirFinder

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2023

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: SEYEDEHSADAF ASFA

Danışman: ATHANASIA PAVLOPOULOU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Derin öğrenme, çeşitli makine öğrenme yaklaşımlarını geride bırakan bir tekniktir ve birçok biyolojik görevde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, aday prekürsör mikroRNA'ların (pre-miRNA'ların) hassas ve doğru bir şekilde tespiti için derin öğrenme yöntemi geliştirilmiştir. Ayrıca, çeşitli genomlardaki homolog pre-miRNA dizilerinin belirlenmesi için bir sinir ağı temelli yaklaşım da uygulanmıştır. Bu amaçla aşağıdaki adımlar gerçekleştirilmiştir: (1) veri toplama, hazırlama ve bölümleme, (2) insan prekürsör ve olgun miRNA'ları tahmin etmek için algoritma tasarımı (evrişimli sinir ağları ve tekrarlayan sinir ağları), (3) olası miRNA'ları etiketli pre-miRNA'lar ve miRNA olmayan yapılarla test ederek metodoloji değerlendirmesi, (4) taksonlar arasında (örneğin, ortologlar) ortolog miRNA'ların belirlenmesine yönelik bir kelime gömme tekniği geliştirme. Bu araştırma tezi bağlamında, hızlı ve doğru prekürsör ve olgun miRNA tahmini için bağımsız ve kullanıcı dostu bir uygulama geliştirilmiştir. Ayrıca, bu çalışmada geliştirilen derin öğrenme yöntemi, filogenetik olarak korunmuş prekürsör miRNA'ların keşfedilmesine olanak sağlar.