Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2008
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYLİN ŞENGÖNÜL
Danışman: AYÇA ARZU SAYINER
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:HBV, dünya nüfusunun üçte birinin karşılaştığı ve 350 milyondan fazla taşıyıcısı olan önemli bir sağlık sorunu etkenidir. Kronik B hepatiti, siroz ve hepatosellüler karsinomaya ilerleme potansiyeli nedeniyle tedavi edilmesi gereken ciddi bir hastalıktır. Tedavide interferon ve nükleozit analogları kullanılmaktadır. Nükleozit analogları arasında, etkinliği yüksek, iyi tolere edilen, ciddi yan etkisi olmayan ve diğer ilaçlara göre daha ucuz olan lamivudin (LAM), sık tercih edilen bir ilaçtır. LAM tedavisi sırasında ortaya çıkan ve dirence yol açan mutasyonlar, genellikle tedavinin 6-8. ayından sonra görülmeye başlanmakta ve ilacın kullanıldığı süreyle orantılı olarak yıllar içerisinde artış göstermektedir. Tedavi başarısını izlemek ve başarısızlık halinde alternatif ilaçlarla tedaviye devam edebilmek için lamivudine karşı direnç gelişiminin saptanması önemlidir.Tedavi sırasında HBV pol geninde saptanan değişikliklerin izlenmesi ve bildirilmesi, yeni ilaç direnç paternlerinin ve klinik sonuçlarının tanımlanmasını sağlayacaktır. Bu bilgilerden yola çıkarak planladığımız çalışmamızda,1) LAM direnç mutasyonlarının gelişme sıklığının ve zamanının belirlenmesi,2) HBV polimeraz geninde oluşan YMDD motif mutasyonlarının saptanması için dizi analizi (DA), restriksiyon enzim analizi (REA) ve strip hibridizasyon (LiPA) yöntemlerinin karşılaştırılması,3) LAM direnç mutasyonu saptanan olgularda, mutasyonun saptanma zamanı ile viral yük / ALT değerlerindeki artış arasındaki ilişkinin belirlenmesi,4) LAM direnç mutasyonları ile çakışan bölgedeki S mutasyonlarının incelenmesi,5) HBV-DNA polimeraz geninde oluşan diğer sekans değişikliklerinin belirlenmesi6) Olguların viral genotip ve subtiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma grubumuz, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalı'nın izlediği kronik B hepatiti nedeniyle lamivudin tedavisi başlanan olgulardan oluşturulmuş ve iki alt grupta değerlendirilmiştir.·Grup A: En az bir yıl izlenen, tedavi öncesi ve tedavinin 3, 6, 9, 12. ayına ait seri serum örneği bulunan 30 olgu ve·Grup B: Seri örnekleri olmayan ancak tedavinin farklı zamanlarına ait serumları bulunan 16 olgu. Bu gruptaki 11 olgunun 12. ay, 14 olgunun 24. ay ve 9 olgunun 36. ay serum örneği vardı.Grup A'da yıllar içinde dizi analizi yöntemi ile YMDD mutantı gelişme oranları değerlendirildi. YMDD mutantı saptanan olgu sayısı, tedavinin birinci yılında 6/30 (%20), ikinci yılında 8/20 (%40), üçüncü yılında 4/10 (%40) idi. Grup A ve Grup B olgularının tümü için dizi analizi ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD mutantlı olguların oranı lamivudin tedavisinin birinci yılı sonunda %23.1 (9/39 olgu), 2. yılı sonunda %36.4 (12/33 olgu), 3. yılı sonunda %35.0 (7/20 olgu) idi.Lamivudin tedavisi alan olguların izlemi ile elde edilen ve tedavinin farklı basamaklarına ait (tedavi öncesinde, sırasında ve sonrasında) toplam 123 serum örneğinin dizi analizi sonuçları, LiPA ve REA yöntemlerinin sonuçları ile karşılaştırıldı. Varyantları saptamada LiPA testinin, DA ve REA'dan daha başarılı olduğu gözlendi. LiPA testi kodon 204 için minör viral populasyonları saptamada, DA'ne göre 4/123 örnekte (%3,25) daha duyarlıydı. LiPA testi, REA'ya göre, kodon 180 için 64/123 örnekte (%52), kodon 204 için 63/123 örnekte (%51,2) daha duyarlı bulundu. DA ve LiPA sonuçları, kodon 180 için %99,9 (122/123 örnek), kodon 204 için %94,3 (116/123 örnek) oranında birbiriyle uyumlu saptandı. LiPA testi, genellikle minor popülasyonları yakalamada daha başarılı olmakla birlikte, kodon 180 için bir, kodon 204 için bir olmak üzere toplam iki örnekte, karışık viral populasyonlardan birini saptayamadı. Bir hastanın iki örneğinde ise DA ile rtM204I mutasyonu belirlenirken, LiPA ile 204. kodona ait yabanıl ve mutant diziye özgü problardan hiçbirinde hibridizasyon bandı oluşmamıştı.REA yönteminin 103 kopya/ml'nin altındaki HBV DNA düzeylerinde sonuç veremediği saptandı ve 62 örneğin (%50.4) sonucu elde edilemedi. DA yönteminin karışık viral populasyona sahip örnekleri saptamada, REA ile karşılaştırıldığında, kodon 180 için %52.0 (64/123 örnek), kodon 204 için %52.8 (65/123 örnek) oranında daha duyarlı olduğu saptandı. Bu örneklerde REA yöntemi ile ya viral yüke bağlı olarak hiç sonuç alınamamış veya karışık viral populasyonlu örneklerdeki minör tipler saptanamamıştı. Çalışmamızda REA yönteminin, DA'ne göre kodon 204 için sadece bir örnekte, LiPA'ya göre kodon 180 için 1, kodon 204 için 1 örnekte karışık viral populasyonları tanımlamada daha başarılı olduğu saptandı.Çalışmamızda, hasta grubunun %50'sinde YMDD mutantı saptanırken, YMDD mutantına sahip olguların %80'inde (12/15 olgu) viral direnç geliştiği gözlendi. YMDD mutantı gelişen olgularda, mutasyonlar ortalama 18,8. ayda belirlendi. Mutasyonlar en erken (bir olguda) tedavinin 3. ayında saptandı. YMDD mutantlarının saptanmasından ortalama 5 ay sonra viral yükte anlamlı artış olduğu görüldü. ALT yükselmesi, genellikle (11 olgu) viral yük artışından sonra gelişti ve tedavinin ortalama 26. ayından sonra saptandı.Lamivudin tedavisinden önce Grup A' ya ait 30 olgudan sadece 1'inde (%3.3) dizi analizi (DA) ve LiPA yöntemleri ile YMDD mutantı saptandı. Örnekte, rtM204I mutasyonu, minör populasyonu oluşturmaktaydı ve baskın yabanıl tip ile birlikteydi. Tedaviden önce saptanan YIDD mutantının, tedavinin başlamasıyla kaybolduğu, tedavinin 30. ayında DA ve LiPA yöntemleri ile tekrar saptandığı görüldü. Tedavi öncesi örnekte, DA ve LiPA yöntemleri ile saptanmış olan YMDD ve YIDD dizili viral populasyonların varlığı, klonal analiz ile doğrulandı. Tedavinin 9. ayındaki serum örneğinden yapılan klonal analizde ise elde edilen yedi klonun tümünün YMDD dizisi taşıdığı saptandı.Çalışmamızda, A grubu olgularda lamivudin tedavisi sırasında ilk gözlenen YMDD mutasyonları sıklık sırasıyla, YIDD (6 olgu), YMDD+YIDD (4 olgu), YMDD+YIDD+YVDD (3 olgu), YIDD+YVDD (1 olgu), YVDD (1 olgu) olarak belirlendi. Mutasyon saptanan beş olgunun izleminde, mutasyonlardaki ardışık değişiklikler benzer bir patern gösteriyordu. Bu olgularda yabanıl tip viruslar yerini öncelikle YIDD mutantlarına bırakıyor, bir süre sonra YIDD mutantlarından YVDD mutantlarına geçiş gözleniyordu. Olgularımızda, kompansatuar rt L180M mutasyonu, YVDD/YIDD mutasyonu ile aynı zamanda veya daha sonra saptandı. On iki olguya ait 16 örnekte saptanan rtL80I/V mutasyonlarının 13'ünde YIDD, üçünde YIDD + YVDD bulunuyordu.Lamivudin tedavisine direnç geliştiren olgularımızda rtM204I, rtM204V, rtV173L polimeraz mutasyonlarının, S bölgesinde sırasıyla W196L/S, I195M, E164D mutasyonlarına yol açtığı saptandı.Lamivudin direnç mutasyonu saptanan olgularda; HBV DNA pol/rt geninde dizi analizi yöntemi ile N76D (3 olgu), R110G (2 olgu), L115Y, S117Y, N123D, G127R, T128N (2 olgu), T128I, N139K, L144C, L145M, T184I, V214E, S219A, F221Y, T225N L229W, L231V, P237H, N238H, Y245H, K270R değişiklikleri gözlendi.30 olgunun serum örneğinde, dizi analizi yöntemi kullanılarak HBV genotipleri değerlendirildi. Filogenetik analiz sonucu; tüm olgulara ait dizilerin, Genotip D dizileriyle birlikte kümelendiği görüldü. Olgulardan 7'sinin (%23,3) ayw3, 23'ünün (%76,7) ayw2 subtipi ile infekte olduğu belirlendi.