Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DİLAN KARADAĞ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Mahmut Cem Ergon
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Kan kültürü, sepsis tanısında altın standart olup mikroorganizmaları hızlı ve doğru tanımlama mortaliteyi düşürmekte ve uygun antibiyotik kullanımı ile sağaltım sağlanabilmektedir. Bu çalışmada, kan kültüründe üreyen mikroorganizmaları doğrudan kan kültür şişesinden MALDI-TOF MS ile kısa sürede tanımlamada kullanılan hızlı tanımlama yöntemlerini iki farklı okuma modülünde karşılaştırarak laboratuvar için en uygulanabilir ve maliyet etkin olan yöntemi belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Araştırmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Laboratuvarına Aralık 2022-Mart 2023 tarihleri arasında dolaşım sistemi enfeksiyonu şüphesiyle gönderilen ve BACTEC FX (Becton Dickinson, ABD) kan kültürü cihazında inkübe edildikten sonra pozitif sinyal veren BD BACTEC FX Plus Aerobic, Plus Anaerobic, Lytic/10 Anaerob/F ve Peds Plus/F kan kültür şişelerinden oluşan 245 adet kan kültürü örneği yer aldı. Polimikrobiyal üreme tespit edilen beş örnek ve aynı hastaya ait bir hafta içinde tekrar eden üremeler çalışma dışı bırakıldı. MBT Sepsityper IVD kiti (Bruker Daltonik, Almanya), Sodyum dodesil sülfat (SDS) ile lizis ve diferansiyel santrifüj ve protein ekstraksiyonu (PE) yöntemleri ile elde edilen sonuçlar, Bruker Biotyper MBT smart MALDI-TOF MS cihazının standart ve Sepsityper modülünde okutularak rutin koloniden MALDI-TOF MS tanımlama sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Bulgular: Sepsityper kiti ile standart modülde, ≥1.7 tanımlama skoru ile %57.9 oranında örnek doğru tanımlanmışken Sepsityper modülünde ise ≥1.6 tanımlama skoru ile bu oran %74.2'ye yükseldi. Standart modülden Sepsityper modülüne geçiş ile doğru tanımlama oranları SDS ile lizis metoduyla %81.3'ten %90.4'a, Santrifüj + PE metoduyla %75.4'ten %84.2'ye yükseldi. Standart modülde, SDS ile lizis ile Sepsityper kiti ve Santrifüj + PE yöntemi ile Sepsityper kiti arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (p<0.001). Sepsityper modülünde ise üç yöntem arasında da istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı. Standart modül ve Sepsityper modülünde, Gram negatif bakterilerin sırasıyla Sepsityper kitiyle %63.7'si ve %75.8'i, SDS ile lizis metoduyla %86.3'ü ve %91.9'u, Santrifüj + PE metoduyla %87.9'u ve %89.5'i tür düzeyinde doğru tanımlandı. Gram negatif bakterilerin tür düzeyinde doğru tanımlanmasında, SDS ile lizis metodu ve Sepsityper kitinde modüller arasındaki fark, istatistiksel olarak anlamlı bulundu (sırasıyla p=0.039 ve p<0.001). Standart modül ve Sepsityper modülünde, Gram pozitif bakterilerin sırasıyla Sepsityper kitiyle %51.7'si ve %70.7'si, SDS ile lizis metoduyla %75.9'u ve %87.1'i, Santrifüj + PE metoduyla %62.1'i ve %78.4'ü tür düzeyinde doğru tanımlandı. Gram pozitif bakterilerin tür düzeyinde doğru tanımlanmasında, karşılaştırılan üç yöntemde de modüller arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0.001). Sadece Sepsityper modülünde, sekiz adet cins düzeyinde ve dört adet tür düzeyinde yanlış tanımlama Sepsityper kiti ve SDS ile lizis yöntemiyle yapılan çalışmalarda saptandı. Sonuç: Karşılaştırılan üç yöntem arasında en iyi performans SDS ile lizis metodunda elde edildi. Karşılaştırılan iki okuma modülünden Sepsityper yazılım modülüyle daha iyi performans gerçekleşmiş olsa da bu modüldeki yanlış tanımlama riski göz ardı edilmemelidir. Anahtar kelimeler: MALDI-TOF MS, doğrudan tanımlama, kan kültürü, Sepsityper, SDS, santrifüj yöntemi