Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ÇAĞRI BULDU
Danışman: HANİ ALOTAİBİ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Karşılaştırmalı genomik, çeşitli uygulama yöntemlerini barındıran iyi bilinen bir metottur. Farklı türler arasındaki intergenik DNA sekans dizilerini karşılaştırarak, korunmuş fonksiyonun korunmuş gen ifadesine götüreceği ve bunun da korunmuş regülasyonu göstereceği varsayılarak, bir genin enhancer ve benzeri potansiyel regüle edici sekanslarını tanımlayabilmek mümkündür. EMT ve MET, hücrelerin ifade edilen genlerini değiştirmelerinde ve düzenli olarak epitelyal ve mezenkimal fenotipler arasında geçiş yapabilmeleri için önemli biyolojik olaylardır. Epitelyal hücrelerin tanınmasında rol oynayan bir markör olan E-kaderin gen ifadesi, cevaplanması istenilen soruların merkezinde durmaktadır. E-kaderin ifadesine etki ettiği bilinen her türlü faktör MET'nin mekanizmalarını aydınlatmada önemlidir. Bir önceki projemizde, Cebpa ifadesinin MET prosesinde E-kaderin ile korelasyon içinde olduğu görülmüştür. Cebpa epitelyal fenotip ile yüksek korelasyon göstermiş ve MET'de E-kaderin ifadesi yükselirken, Cebpa gen ifade düzeyi de artımıştır, EMT'de ise düşmüştür. Bu bilgilerin ışığında, Cebpa geninin EMT-MET olaylarında önemli bir role sahip olabileceği ve MET'de Cebpa'nın regülasyon ve fonksiyonunun kritik öneme sahip olabileceği hipotezi kurulmuştur. Cebpa'nın susturulduğu in-vitro deneyler kurulan hipoteze destek veren sonuçlar göstermiştir. Mezenkimal durumdaki hücrelerde Cebpa susturulduğunda, MET prosesinin bloke olduğu ve hücrelerin epitelyal duruma geri dönemedikleri görülmüştür. Bu sebeple Cebpa'nın regülasyonunun ortaya çıkarılması ihtiyacı doğmuştur. Cebpa'nın potansiyel regülatörlerini tanımlayabilmek için, Cebpa'nın 23kb uzunluğundaki gen bölgesindeki korunmuş sekans dizilerinde cis-acting elementler ve trans-acting faktörler analiz edilmiş ve ortak transkripsiyon faktörleri tanımlanmıştır. Gen ifade profillerinin halka açık olarak paylaşıldığı GEO veri tabanından Cebpa'nın yüksek düzeyde ifade edildiği aynı dokuya ait veri setleri biyoinformatik yöntemler ile analiz edilmiş ve ortak transkripsiyon faktörleri tanımlanmıştır. Korunmuş bölgelerden elde edilen sonuçlar ile veri setleri karşılaştırılmış ve Cebpa'nın olası regülatörleri seçilmiştir. Araştırmanın bulguları doğrultusunda, hem lokasyon hem de sekans dizisi olarak korunmuş transkripsiyon faktörlerinden biri olan Jarid2, Cebpa'nın potansiyel bir regülatörü olarak tanımlanmıştır. Bu iki faktör de, farklılaşma, transkripsiyonel baskılama ve erken gelişimde rol oynamaktadır. Jarid2 ile yüksek etkileşimi olan Prc2 genindeki mutasyon ise, Cebpa'nın mutasyonuna yol açarak Akut Miyeloid Lösemi'ye (AML) sebep olmaktadır.