CENP-A içeren nükleozomun iç kinetokor yapısındaki rolü
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ONUR ÖNDER
Danışman: ATHANASIA PAVLOPOULOU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu kapsamlı araştırma, histon varyantının kromozomal etkileşimler üzerindeki etkilerini ve kanserde moleküler dinamik simülasyonlarının potansiyel terapötik etkilerini göstermiştir. Bu çalışmanın ilk bölümünde CENP-A nükleozomlarının davranışını, kanonik H3 nükleozomlara kıyasla esnekliklerine odaklanarak araştırdık. İki değerlikli katyonların, özellikle magnezyumun bu nükleozomları nasıl etkilediğini gösterdik. Özellikle bulgularımız, magnezyum konsantrasyonlarını değiştirmenin nükleozom stabilitesini etkileme potansiyelini vurguladı ve hücre bölünmesi sırasında kromozom ayrışma süreçlerine ışık tuttu. Bundan motive olarak, daha sonra CENP-A nükleozomları ve diğer kinetekor proteinleri arasındaki etkileşimleri CENP-C'ye odaklanarak araştırdık. Moleküler dinamik simülasyonları aracılığıyla histon varyantlarının bu etkileşimlerdeki kritik rolünü belirledik. Yeni bir bulgu, H2A.Z'nin CENP-A ve CENP-C arasındaki afiniteyi modüle ederek potansiyel olarak ektopik kinetekor düzeneğini inhibe edebilmesiydi. Son olarak DNA metilasyonunda önemli bir enzim olan DNMT3A ile prokain arasındaki etkileşimi anlamak için bir çalışma gerçekleştirdik. Prokain umut verici bir DNA metilasyon inhibitörü olarak kullanılıyor. DNMT3A'nın çeşitli kanser türlerindeki rolü göz önüne alındığında, prokainle olan etki mekanizmasının anlaşılması önemliydi. Moleküler dinamik simülasyonlarımız, prokainin DNMT3A'yı nasıl engelleyebileceğine dair dinamik bir görünüm sunarak potansiyel terapötik yollar sundu. Toplu olarak, bu birbirine bağlı çalışmalar, kromozomal etkileşimlerin, bu süreçlerde moleküler dinamiğin rolünün ve bunların gen düzenlemesi ve kanser tedavilerinin daha geniş bağlamındaki etkilerinin bütünsel bir anlayışını sunmaktadır.