Mycobacterium tuberculosis kompleks ve rifampisin direncinin saptanmasında hızlı moleküler yöntemle konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılması
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EMRE ÖZKARATAŞ
Danışman: NURAN ESEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'nda kullanılan GeneXpert MTB/RIF (GX) testinin Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) tanısı ve rifampisin (RIF) direncinin saptanmasındaki performansının mikroskobi ve kültür yöntemleri ile karşılaştırılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikobakteriyoloji Birimine, Haziran 2012 ile Kasım 2016 tarihleri arasında, tüberküloz (TB) ön tanısı ile 12086 klinik örnek gönderilmiştir. Bunlardan 1361'i solunum yolu, 2838'i solunum yolu dışı olmak üzere toplam 4199 örneğe klinik istem doğrultusunda Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme ve kültür yöntemleri ile birlikte GX testi de çalışılmış ve elde edilen sonuçlar retrospektif olarak değerlendirilmiştir. GX testi ve Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme sonuçları, kültür sonuçları (BACTEC MGIT 960 sistemi ve Löwenstein-Jensen besiyeri) ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. GX testi ile elde edilen RIF direncini belirleyen mutasyon sonuçları ile kültürde MTK üremesi saptanan izolatların RIF duyarlılığı MGIT 960 yöntemi ile karşılaştırılmıştır. MTK saptanmasında kültür yöntemleri referans alındığında; GX testinin duyarlılığı %74.5, özgüllüğü %99.1, pozitif öngörü değeri (PÖD) %68.9 ve negatif öngörü değeri (NÖD) %99.3 olarak bulunmuştur. GX testinin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla; solunum yolu örnekleri için %82.7 ve %98.7; solunum yolu dışı örnekler için ise %67.2 ve %99.3 olarak hesaplanmıştır. GX testinin mikroskobik incelemede ARB pozitif örneklerde duyarlılığı %100 ve özgüllüğü %64.3; ARB negatif örneklerde ise duyarlılığı %69.6 ve özgüllüğü %99.2 olarak belirlenmiştir. Mikroskobik incelemenin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla; tüm örnekler için %16.4 ve %99.7; solunum yolu örnekleri için %28.8 ve %99.2; solunum yolu dışı örnekler için %5.2 ve %99.9 olarak hesaplanmıştır. Tüm örneklerde ve solunum yolu ile solunum yolu dışı örneklerde GX testi ile mikroskobik incelemenin duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.001). MGIT yöntemi ile elde edilen RIF duyarlılık sonuçları referans alındığında, GX testinin RIF direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgüllüğü %95.8, PÖD %25 ve NÖD %100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, GX testinin özellikle mikroskobik incelemede ARB görülen örneklerde güvenilirliği yüksek olup, kolay uygulanabilirliği, iki saat içinde doğrudan klinik örnekten MTK DNA'sı ve RİF direncini birlikte saptayabilmesi, mikroskobik incelemeye göre duyarlılığının daha yüksek olması göz önünde bulundurulduğunda TB hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Ancak, test sonuçlarının daima kültür ve fenotipik ilaç duyarlılık testi sonuçlarıyla doğrulanması önerilmektedir.