Serebral kortikal gelişim malformasyonları ile ilgili olabilecek aday gen ve bölgelerin belirlenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2014

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SİNEM AĞILKAYA

Danışman: SULTAN CİNGÖZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Serebral kortikal (SK) gelişim malformasyonları, serebral korteksin proliferasyon, diferansiyasyon, migrasyon ve organizasyonunu içeren oluşum basamaklarında meydana gelen abnormaliteler sonucu oluşan malformasyonlardır. Genetik alanındaki gelişmeler ile birlikte SK malformasyonları ile ilişkili yeni gen bölgeleri tanımlanmış olsada birçok SK malformasyonunun genetik temelleri hala bilinmemektedir. Bir kilobaz ve birkaç megabaz arasında değişebilen uzunluktaki DNA segmentinin kaybı ya da kazanılması ile oluşan kopya sayısı değişikliklerinin (CNV) önemlerinin anlaşılması ile hızlanan çalışmalarla CNV'lerin birçok nörogelişimsel bozuklukla ilişkileri ortaya konmuştur. Bizim çalışmamızda yüksek çözünürlüklü SNP dizin kullanılarak SK gelişim malformasyonlu 18 çocuk hastada hastalık fenotipi ile ilişkili olabilecek aday gen ve gen bölgelerini belirlemek için tüm genomda CNV'ler belirlendi. Belirlenen CNV değişikliklerinin biyoinformatik analizlerinin ardından; 1q42.2, 2q13, 3q13.13q13.33, 9q22.2q22.31 delesyon ve 15q11.2, 16p13.11 duplikasyon bölgeleri olası aday olarak belirlenerek, konfirmasyonları ve kalıtımlarının anlaşılması için hasta, anne, baba üçlüsünde qPCR ile araştırıldı. 1q42.2 delesyonu literatürde benzer fenotipli hastalarda elde edilen delesyon bölgeleri ile haritalanarak DISC1 genini içeren en küçük çakışan bölge elde edildi ve hasta fenotipi ile ilişkili olabilecek aday gen olarak önerildi. De nova olan 3q13.13q13.33 delesyonu büyüklüğünden ve içerdiği genlerin önem ve fazlalığı açısından hastanın fenotipi ile ilişkili olabilecek gen bölgesi olarak önerildi. 9q22.2q22.31 delesyonu hastamızın fenotipi yanı sıra immün sistemle ilişkili klinik sonuçlarla, 16p13.11 duplikasyon bölgeleri hastanın fenotipik özelikleri yanı sıra hipoplazik parmak fenotipi ile ilişkili olmaya aday gösterildi. Çalışmamız sonucunda belirlenen aday CNV bölgeleri ile SK gelişimsel malformasyonlu bireylerde yapılan genomik ilişkilendirme çalışmalarına katkı sağlanarak, elde ettiğimiz yeni verilerin bu malformasyonların gruplandırılmasında kullanılacağını, kişiye özel tanı ve tedavideki gelişmelere destek olunacağı öngörülmektedir.