BIOID2 tabanlı yakınlık etiketleme yöntemiyle potansiyel mitokondriyal hastalık geni olan PYROXD2'nin protein etkileşimlerinin araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Genomik ve Moleküler Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ŞİMAL KAYIKCI
Danışman: YAVUZ OKTAY
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Mitokondriyal hastalıklar, mitokondriyal ve nükleer genlerdeki bozukluklardan kaynaklanarak geniş bir klinik yelpazede ortaya çıkan ve tanı süreçlerini zorlaştıran heterojen bir hastalık grubudur. Bu heterojenite, özellikle fonksiyonu tam olarak aydınlatılmamış mitokondriyal proteinlerin araştırılmasını klinik açıdan önemli hâle getirmektedir. Piridin nükleotid-disülfür oksidoredüktaz ailesinin bir üyesi olan PYROXD2, son yıllarda bildirilen bialelik varyantlar ile ağır nörogelişimsel ve metabolik fenotiplerle ilişkilendirilmiş olsa da, proteinin hücresel işlevi ve patojenik varyantların etkileri büyük ölçüde belirsizdir. Bu tez çalışmasında, PYROXD2'nin mitokondriyal homeostazdaki olası rolü ve c.257G>A ile c.1276G>A varyantlarının hücresel düzeyde oluşturabileceği etkiler, HEK293T hücre modelinde incelenmiştir. PYROXD2'nin komşu proteomunu tanımlamak amacıyla BioID2 tabanlı bir yakınlık etiketleme yaklaşımı uygulanmış; potansiyel etkileşim adayları Western blot, streptavidin-HRP analizi ve immünofloresan boyama kullanılarak değerlendirilmiştir. Ek olarak, hasta ve sağlıklı bireylere ait dermal fibroblastlarda Seahorse XF Hücre Mito Stres Testi analizi yapılmış ve mitokondriyal morfolojiyi değerlendirmek amacıyla immünofloresan boyamalar incelenmiştir. Elde edilen bulgular, PYROXD2'nin mitokondriyal süreçlerle ilişkili olabileceğini ve varyantların hücresel enerji metabolizması ile mitokondriyal yapı üzerinde etkiler oluşturabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışma, PYROXD2'nin fonksiyonel özelliklerinin anlaşılmasına ve patojenik varyantların hücresel etkilerinin değerlendirilmesine yönelik önemli veriler sunmakta; mitokondriyal hastalıkların moleküler mekanizmalarının araştırılmasına katkı sağlamaktadır.