Mycobacterium tuberculosis suşlarının moleküler tiplendirmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2005
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: CAN BİÇMEN
Danışman: NURAN ESEN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:1.0ZET Mycobacterium tuberculosis Suşlarının Moleküler Tiplendirmesi Dünyada çeşitli coğrafık bölgelerde, Mycobacterium tuberculosis suşlarının epidemiyolojisi ile ilgili araştırmalar yapılmasına karşın, ülkemizde bu konuda yeterli veri bulunmamaktadır. Son yıllarda, moleküler tiplendirme yöntemleri M. tuberculosis suşlarının epidemiyolojik çalışmalarında önemli yer tutmaktadır. Bu tez çalışmasında, İzmir'de iki merkezde soyutlanan 56 (31 duyarlı, 25 dirençli) M. tuberculosis izolatının üç farklı moleküler yöntem ile tiplendirilmesi amaçlandı. Çalışmaya alınan tüm M. tuberculosis izolatları üç yöntem ile tiplendirildi. İlk olarak, uluslararası, standardize edilmiş protokoller ile \S6110 RFLP yöntemi uygulandı. İkinci yöntem olan spoligotiplendirmede, ticari olarak sağlanan spoligotiplendirme kiti (Isogen Bioscience BV, Maarssen, Hollanda) ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda gerçekleştirildi. Son olarak, farklı primerler kullanılarak iki ayrı RAPD PZT ile suşların tiplendirmesi yapıldı. \S6110 RFLP, spoligotiplendirme ve RAPD PZT'nin ayırım güçleri Hunter Gaston İndeksi (HGI) ile analiz edildi. \S6110 RFLP yöntemiyle yapılan tiplendirmede, 56 izolattan 10'u (%17.9) her küme içinde aynı patern gözlenen iki izolat olmak üzere beş ayrı kümede toplandı. Geri kalan 46 (%82.1) izolatta ise farklı özgül \S6110 RFLP paternleri gözlendi. Toplam 56 izolatta 51 RFLP paterni belirlendi. Ondört (%25) izolat, düşük kopya sayılı (£ 5) olarak bulundu. RFLP paternleri aynı olan izolatların \S6110 kopya sayısı her grupta 2, 4, 5, 7 ve 7 olarak bulundu. Spoligotiplendirme sonuçlarına göre toplam 35 spoligopatem belirlendi. Yirmibeş (%44.6) izolatta özgül spoligotiplendirme paternleri gözlenirken aynı patentlere sahip 31 (%55.4) izolat 10 küme içerisinde toplandı. Spoligopaternleri aynı saptanan 10 izolatın IS6110 RFLP paternleri de aynı bulunmasına karşın, diğer 21 izolatın \S6110 RFLP paternleri farklı idi. İstatistiksel olarak, RFLP ile özgül bulunan izolatların %54.3'ü spoligotiplendirme ile de özgül bulundu. 16S-23S RAPD ile tüm izolatlarda yaklaşık 600 ve 300-400bp büyüklüğünde iki belirgin bant ve bazı izolatlarda ise belirgin olmamakla birlikte 250-300 ve yaklaşık 400bp büyüklüklerindebantlar elde edileli. P-5 primeri ile uygulanan ikinci RAPD analizinde izolatların tümünde 200-250 ve 100-150 bp büyüklüğünde iki belirgin bant elde edilirken, bazı izolatlarda belirgin olmayan yaklaşık 400bp büyüklüğünde bantlar elde edildi. Belirgin bantlar değerlendirildiğinde RAPD analizinin kullanılan primerler ile ayırım gücünün olmadığı ve belirgin olmayan bantlar dışındaki bantların değerlendirilmesinin sübjektif sonuçlara neden olabileceği düşünüldü. RFLP, spoligotiplendirme ve RAPD için HGI indeksi sırasıyla 0.997, 0.964 ve 0 olarak bulundu. RFLP ve spoligotiplendirme yöntemlerinin birlikte değerlendirilmesiyle HGI, 0.997 olarak bulundu. Bu verilerle epidemiyolojik araştırmalarda \S6110 RFLP ve spoligotiplendirme yeterli yöntemler olarak kabul edilirken, RAPD PZT'nin yeterli bir yöntem olmadığı saptandı. Anahtar sözcükler: Mycobacterium tuberculosis, moleküler tiplendirme, epidemiyoloji, IS6110 RFLP, spoligotiplendirme, RAPD PZT