Eritropoetin'in SHSY-5Y hücrelerinde sinyalleme mekanizmasının proteomik yöntemi ile incelenmesi

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sinirbilimler Ana Bilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2014

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ZÜBEYDE ERBAYRAKTAR

Danışman: ŞERMİN GENÇ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Eritropoetin (EPO), eritropoezi uyaran hematopoetik büyüme faktörü ve sitokindir. Son 20 yılda EPO'nun hematopoetik etkileri dışında farklı organ ve sistemler üzerine etkileri olduğu ortaya konmuştur. Örneğin beyindeki nöronal ve glial hücrelerde kendisinin ve reseptörünün varlığı ortaya konmuş, sinir sisteminin gelişiminde, nöronal canlılığın devamında nöronal hasarın tamirinde kritik roller üstlendiği gösterilmiştir. EPO'nun nöroprotektif etkisinin olası bir mekanizması hücre içi pek çok proteinin ekspresyonunu etkilemesidir. Bu çalışmanın amacı, EPO'nun SHSY-5Y nöroblastoma hücre hattında protein ekspresyonuna etkisinin incelenmesidir. Bu sayede EPO'nun etkilediği hücre içi yolakların bulunmasıdır. Projemizde proteomik yaklaşım ile EPO'in protein düzeyinde yaptığı degişiklikler incelenmiştir. Bu amaçla nöronal bir hücre hattı olan SHSY-5Y hücre hattına EPO indüksiyonu uygulanıp bunun sonucunda ekspresyonu değişen proteinler 2D jel elektroforez ile ayrımlamış, ardından ekspresyon farkı bulunan proteinlerin analizi kütle spektroskopi yöntemi ile yapılmıştır. Araştırmanın sonuçlarına göre toplam 74 proteinin ekspresyonu EPO uygulaması ile değiştiği saptanmıştır. Ekspresyon değişimi 40 protein ekspresyonunda artış, 34 protein için azalma şeklindedir. Ekspresyon değişimi gösteren proteinlerin 35'i sadece 24 saat EPO uygulaması ile değişim gösterirken, 17'si sadece 48 saat EPO uygulaması ile ekspresyon değişimi göstermiştir. 22 proteinin ekspresyonu ise hem 24 saat hem 48 saat EPO uygulaması ile değişim göstermiştir. Ekspresyon değişimi gösteren proteinler için "reactome programı" kullanılarak yolak analizi yapılmıştır. Bu analiz sonrası EPO'nun hücre metabolizmasını, protein metabolizmasını, gen ekspresyonunu, RNA metabolizmasını ve mRNA işlenmesi ile ilgili yolakları etkilediği gösterilmiştir.