Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ALİ YÜKSEL
Danışman: OĞUZ ALTUNGÖZ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Memeli genlerinin transkript ürünleri öncü bir mRNA (pre-mRNA) olarak sentezlenir ve genelde alternatif kesip ekleme mekanizması ile tek pre-mRNA biriminden çok sayıda mRNA oluşturulur. Doğru mRNA işlemlenmesi klasik kesip ekleme sinyal motiflerine ilave olarak; kesip eklemeyi güçlendiren, 'exonic-intronic splicing enhancers' (ESEs-ISEs) ve engelleyen 'exonic-intronic splicing silencers' (ESSs-ISSs) düzenleyici elementlere ihtiyaç duyar. ESE ve ESS dizilerini bozan mutasyonlar hatalı mRNA ürünlerinin oluşumuna yol açabilirler. mRNA işlemlenmesini bozan mutasyonlar genelde güdük ve işlevsel olmayan ürünler oluştururlar ve tümör süpresör genlerde (TSG) işlev kaybına yol açan bu tarz mutasyonlar kanser gelişimine katkı sunan sürücü mutasyonlar olarak işlev görebilir. TSG'lerde gözlenen mutasyonların sürücü veya yolcu mutasyonlar olduklarını belirlemek bu genlerin karsinogenez'e etkisini anlamak bakımından önem taşımaktadır. Bu çalışmada TSG'lerde ESE ve ESS dizilerinde gözlenen sessiz mutasyonların hatalı mRNA ürünlerinin oluşmasına yol açarak kanser gelişiminde rol oynayabilecekleri öngördük. COSMIC veri tabanında kayıtlı kültürü yapılmış kanser hücrelerinde belirlenmiş sessiz TSG mutasyonlarını taradık ve pre-mRNA işlemlenmesi üzerine olası etkilerini test etmek amacı ile HSF biyoinformatik analiz sistemini kullandık. Analiz sonucu beş faklı TSG ve bu genlerde gözlenen sekiz farklı sessiz ekzonik mutasyon seçtik. Beş gene ait normal DNA dizileri kontrol gurubunu oluşturmak üzere pET01 plazmid'i içerisine paketlendi. Elde edilen kontrol örnekleri kalıp olarak kullanıldı ve SDM protkolü ile mutasyon oluşturuldu. Kontrol ve mutant plazmid örnekleri HeLa hücreleri içerisine transfekte edildi. Transfekte hücrelerden total-RNA izole edildi ve cDNA sentezlendi. Mutasyon içeren cDNA bölgeleri PCR ile çoğaltıldı ve ürünlerinin dizi analizleri yapıldı. Yapılan DNA dizi analizleri sonucunda CDKN2A (2. Ekzon), TP53 (8. Ekzon), BAI3 (8. Ekzon), CABLES2 (8. Ekzon) ve PTCH2 (2. Ekzon) genlerine ait kontrol örneklerinde mRNA'nın doğru şekilde işlendiği görüldü. Çalışmada, CDKN2A (2. Ekzon; c.273G>A, c.339G>T, c.342C>G), TP53 (8. Ekzon; c.793C>T ve c.801G>T), BAI3 (8. Ekzon; c.1419C>T), CABLES2 (8. Ekzon; c.1002C>T) ve PTCH2 (2. Ekzon; c.249A>G) genlerine ait sessiz mutasyonların DNA analiz sonuçları hiçbir örneğin hatalı mRNA ürünü oluşumuna neden olmadığını göstermiştir. Bu çalışmada, mutasyonların mRNA işlemlenmesi üzerine olan etkisinin araştırılmasında minigene splicing assay sistemi kullanımının primer olarak temini zor olan dokular için faydalı bir model olabileceği görülmektedir. Seçtiğimiz sekiz TSG mutasyonun minigene splicing assay sonuçları, hiçbir mutasyonun mRNA işlemlenmesini bozmadığını göstermektedir. Dolayısıyla seçilen sekiz mutasyonunda kanser gelişiminde etkisi olmayan yolcu (passenger) mutasyon gibi davranabileceği yönünde sonuçlar elde edilmiştir.