Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: KAAN OKAY
Eş Danışman: GÖKHAN KARAKÜLAH, YAVUZ OKTAY
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Otizm spektrum bozukluğu (OSB) sosyal becerilerdeki eksiklikler, tekrarlayan davranışlar, konuşma anormalliği ve sözsüz iletişim ile karakterize edilen nörogelişimsel bir bozukluktur. OSB yüksek kalıtıma sahiptir, ancak altta yatan genetik temelin karmaşıklığını anlamak zor bir iştir. Alternatif uçbirleştirme (AU) 'deki anormalliklerin ve onların eş-ifade gen ağları üzerindeki etkilerinin bir bakış açısı sağlayabileceğini ve bu tür değişikliklerin bazılarının kanda tespit edilebileceğini varsaydık. Bu nedenle, Periferik Kan Mononükleer Hücrelerin (PKMH)' den izole edilen toplam RNA'nın hem AU hem de eş-ifade analizini gerçekleştirerek birleştirici transkriptom analizi gerçekleştirdik. Genetik arka planın etkilerini en aza indirgemek için, iki çift sendromik olmayan otistik dizygotik ikiz ve ebeveynlerinin analiz edildiği ikiz tabanlı bir aile tasarımı kullandık. 146 gende 183 tane AU olayı tanımladık ve bu genlerden yedisi (CUL3, APH1A, PPFIA1, PTPRC, ARID2, PTK7 ve DMXL2) Simons Foundation Autism Research Initiative (SFARI) kategori 1-3 genleriydi. CUL3, APH1A ve PPFIA1 genleri ölüm sonrası beyinlerde AU olaylarına sahipti. Üstelik 513 eş-ifadeli gene sahip yedi tane eş- ifade modulü tanımladık. Bu genlerden 21 tanesi SFARI ve 5 tanesi ayrımsal AU genleriydi. 21 SFARI geninden 5 tanesi kategori 1 (ADNP ve NR4A2) ve kategori 2 (DIP2A, PYHIN1 ve RAB43) genleriydi. Modullerdeki 5 adet ayrımsal AU geni arasında olan ZNF322 ve NR4A1 genleri ileriki araştırmalar için potansiyel ilginç hedefler olabilirler çünkü; bu genler AU olayları sergiledikleri için kendi ağlarında merkezi bir role sahip olabilirler, ayrıca önceden OSB veya beyin gelişimi ile de ilişkilendirilmişlerdir. Kısaca, sonuçlarımız kan transkriptomunun birleştirilmiş analizinin, pratik faydaları olan mevcut omik tabanlı yaklaşımlara tamamlayıcı bir yaklaşım olabileceğini göstermektedir.