Melanomda CDKN2A homozigot delesyonunun klinikopatolojik ve immünolojik parametrelerle ilişkisi

CAKIR Y., LEBE B.

Developments and experiments in health and medicine, cilt.40, sa.3, ss.367-377, 2026 (TRDizin)

Özet

AMAÇ Çalışmamızda, TCGA (Kanser Genom Atlası) verilerini kullanarak, melanomlarda CDKN2A homozigot delesyonu varlığı ile klinikopatolojik özellikler, immun hücre infiltrasyonları ve sağkalım arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. GEREÇ YÖNTEM Klinikopatolojik parametreler ve sağkalım süreleri, cBioPortal web sitesindeki “TCGA, Firehose Legacy” veri seti (www.cbioportal.org) kullanılarak CDKN2A homozigot delesyonu olan ve olmayan hastalar arasında karşılaştırıldı. Ayrıca, delesyon durumu ile BRAF ve NRAS genlerindeki mutasyon varlığı arasındaki ilişki değerlendirildi. İmmun hücresi infiltrasyonu analizleri TIMER veritabanı (http://timer.comp-genomics.org/timer/) kullanılarak gerçekleştirildi. P ve q < 0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. BULGULAR CDKN2A homozigot delesyonu olan ve olmayan hastalar arasında yaş, Breslow kalınlığı, T evresi, ülserasyon varlığı, tümör mutasyon yükü gibi klinikopatolojik parametreler ve BRAF/NRAS mutasyon durumu açısından anlamlı fark yoktu (p > 0,05). CDKN2A delesyonu olan hastalarda hastalıksız sağkalım daha uzun (medyan: 56, 33 ve 50,13 ay, sırasıyla) (p = 0,0235, q = 0,0469), iken iki grup arasında genel sağkalımda anlamlı bir fark yoktu (p> 0,05). TIMER veritabanı analizi, CDKN2A homozigot delesyonun varlığı ile CD4 pozitif T lenfosit, B lenfosit ve dendritik hücre infiltrasyonu arasında negatif bir korelasyon olduğunu orta ya koyarken, makrofaj infiltrasyonu ile pozitif bir korelasyon mevcuttu (p < 0,05). SONUÇ CDKN2A homozigot delesyonu, klinikopatolojik parametreler veya BRAF/NRAS mutasyonlarıyla anlamlı bir ilişki göstermemiştir. Bununla birlikte, CDKN2A delesyonunun hastalıksız sağkalımla ilişkili olabileceği, ancak genel sağkalımı etkilemediği görülmüş olup, bu bulgunun tümör mikroçevresi ve immün yanıt bağlamında daha geniş bir çerçevede de ğerlendirilmesi gerekmektedir.
BACKGROUND We aimed to investigate associations between the presence of CDKN2A homozygous deletion and clinicopathological features and survival in melanoma by using data from The Cancer Genome Atlas (TCGA). We also examined correlations with immune cell infiltrations. METHODS Clinicopathological parameters and survival times were compared between melanoma cases with and without CDKN2A homozygous deletion using the TCGA Firehose Legacy dataset on the cBioPortal website (www.cbioportal.org). We also assessed the association between deletion status and BRAF and NRAS mutational status. Immune cell infiltration analyses were performed using the TIMER database (http://timer.comp-genomics.org/timer/). Values of p < 0.05 and q < 0.05 were considered statistically significant. RESULTS There were no statistical significant differences in the presence of CDKN2A homozygous deletion according to the clinicopathological features of age, Breslow thickness, T stage, metastatic rate, presence of ulceration, tumor mutation burden, and BRAF/NRAS mutation status (p > 0.05). Disease-free survival was longer in patients with CDKN2A homozygous deletion compared to cases without deletion (median: 56.33 and 50.13 months, respectively; p = 0.0235, q = 0.0469), whereas there were no signi ficant differences in overall survival between the two groups (p > 0.05). Analysis of the TIMER database revealed a negative correlation between the presence of CDKN2A homozygous deletion and CD4+ T lymphocyte, B lymphocyte, and dendritic cell infiltrations, while there was a positive correlation with macrophage infiltration (p < 0.05). CONCLUSION CDKN2A homozygous deletion showed no significant association with clinicopathological parameters or BRAF/NRAS mutation status. While CDKN2A deletion was associated with disease-free survival, it did not influence overall survival, suggesting that its prognostic impact should be interpreted within the broader context of tumor microenvironment and immune interactions.