Akademik Veri Yönetim Sistemi
40. Uluslararası Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 16 - 20 Kasım 2022, ss.213
SS-021 - RSV, Influenza ve SARS-CoV-2 İçin Multipleks RT-PCRTesti Validasyonu
Alihan BULGURCU1, Özgür APPAK2, Ayça Arzu SAYINER2
1Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji AD.; İzmir Ekonomi Üniversitesi, Sağlık
Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri Programı, İzmir
2Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji AD, İzmir
Giriş ve Amaç: Sonbahar - kış döneminde viral solunum yolu enfeksiyonları önem kazanır. COVID-19 pandemi döneminde SARSCoV-
2 ile diğer virüsların ayrımının yapılması, hastanın tedavisi, izlemi ve izolasyonunda alınacak kararlar açısından önem
taşımaktadır. Bu etkenleri, klinik bulgular ile ayırmak mümkün değildir, ayırıcı tanı için mikrobiyolojik inceleme gereklidir. Sık görülen
ve hızlı tanının önemli olduğu üç etkenin (SARS-CoV-2, RSV, influenza virus) birlikte incelenmesi, negatif çıkan örneklerde daha geniş
bir panelin çalışılması maliyet etkin olacaktır. Bu tür tanı kitlerininbağımsız laboratuvarlar tarafından yöntem onayının (validasyon /
verifikasyon) yapılması, gerçek dünyadaki performanslarının belirlenmesi açısından önemlidir. Çalışmada, influenza virus A/B, RSV
ve SARS-CoV-2 yi eş zamalı test edebilen, yeni bir ticari multipleks real-time RT-PCR kitinin validasyonu amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Araştırmada Dokuz Eylül Üniversitesi (DEÜ) merkez laboratuvarında viral etkenler için test edilmiş (FastTrack
Respiratory pathogens 21, Siemens, Almanya, FTD) ve – 80C’de saklanmakta olan solunum yolu örnekleri kullanılmıştır. MOTAKK
dış kalite kontrol örnekleri kullanılarak SARS-CoV-2 için analitik duyarlılık belirlenmiştir. Korelasyon çalışmasında RSV (n= 39),
influenza A/B (n= 71), SARS-CoV-2 (n= 64) pozitif bulunan 174 hasta örneği çalışılmıştır. FTD ile negatif olan 120 hasta örneği ve
test edilen üç etkenden farklı viruslar açısından pozitif saptanan 32 örnek ile analitik özgüllük çalışması yapılmıştır. Değerlendirilen
kitin (Influenza A/B Sars-CoV-2 RSV Multiplex Real Time PCR Kit, Diagnovital® RTA Laboratuvarları A.Ş, İstanbul, Türkiye) multipleks
etkinliğini ölçmek için 3 farklı virusun düşük ve yüksek Ct’li örnekleri farklı kombinasyonlarla karıştırılarak test edilmiştir.
Bulgular ve Sonuç: SARS-CoV-2 için analitik duyarlılık SPSS (IBM, 2022) programı ile PROBIT analizi yapılarak 912.78 kopya/ml,
PCR verimliliği %82,8 ve 4,255log kopya için %CV değeri %2,84 olarak belirlenmiştir. Analitik özgüllük %100 olarak bulunmuştur.
Coronavirus 229E (n= 6), coronavirus HKU-1 (n= 7), coronavirus OC43 (n= 9), bocavirus (n= 3), parechovirus (n= 3) ve rhinovirus
(n= 5) pozitif örneklerin tümü yeni test ile negatif sonuç vermiştir. RSV RNA pozitif 39 örnekte iki, influenza A RNA pozitif 31 örnekte
iki, influenza B RNA pozitif 40 örnekte bir adet yalancı negatif sonuç alınmıştır. Negatif bulunan örneklerin hepsinin Ct’leri 33 ve
üzeridir. SARS-CoV-2 RNA pozitif 64 örnekte yalancı negatiflik saptanmamıştır. Farklı Ct’lerde karıştırılan 3 virusun kombinasyon
çalışmasında ise tüm viruslar kendi Ct’lerinde pozitif sonuç vermiştir.
Anahtar Kelimeler: Multipleks RT-PCR, validasyon, SARS-CoV-2
Kaynakça
Martinez, M. E. (2018). The calendar of epidemics: Seasonal cycles of infectious diseases. In PLoS Pathogens (Vol. 14, Issue 11). Public Library of
Science. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007327
Moriyama, M., Hugentobler, W. J., & Iwasaki, A. (2020). Annual Review of Virology Seasonality of Respiratory Viral Infections. https://doi.org/10.1146/
annurev-virology-012420