Pediatrik Nadir Tümörlerde Yeni Nesil Dizileme ile Pankanser Panelin Rolü


Aktaş T. Ç., Kızmazoğlu D., Aktaş S., Olgun H. N.

EurasianBioChem 2022 5th international eurasian conference on biological and chemical sciences, Ankara, Turkey, 23 - 25 November 2022, pp.1262

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Ankara
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.1262
  • Dokuz Eylül University Affiliated: Yes

Abstract

Giriş : Moleküler yöntemler kanser tanı ve tedavisinde artan ivme ile önem kazanmaktadır. Yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi kısa sürede çok genin durumunu inceleme olanağı sağlamıştır. Solid tümör dokusunda somatik olarak çalışılmaktadır. Ayrıca gereklilik durumunda periferik kan mononükleer hücrelerinde germline çalışma yapılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı nadir görülen , ayırıcı tanı sorunu yaşanan ve agresif gidişli pediatrik tümörlerde NGS ile araştırılan pankanser panelin önemini araştırmaktır.

Gereç Yöntem: 2019-2022 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Temel Onkoloji Anabilim Dalında Tanı zorluğu yaşanan pediatrik kanserlerde uygulanan NGS pankanser panel olguları çalışmaya alınmıştır. Yeni nesil sekanslama için Illumina MiniSeq cihazı kullanıldı. Pan Kanser Panel, 405 gen celemics kiti kullanıldı. Parafin tümör dokusu örnekleri gerekli olgularda periferik kan MN hücreleri çalışıldı. Örnekler üretici talimatları doğrultusunda  çalışıldı. DNA izolasyonu sonrası kalite ve kantite değerlendirildi. İstenen miktarda DNA elde edildikten sonra NGS cihazı için kütüphane hazırlama aşamasına geçildi. Bu amaçla Hedef Yakalama (Target Capture) temelli NGS kiti kullanıldı. Biyoinformatik analiz için Genomize şirketi ile çalışıldı Raw reads (FASTQ), Alignment/Gene mapping (BAM), Variant calling (VCF) Tek nükleotid değişiklikleri, Delesyonlar, İnsersiyonlar araştırıldı. Mikrosatellit instabilite düzeyleri değerlendirildi. Tümor mutation burden değerlendirildi.

Bulgular: Moleküler incelemeye alınan 180 olgudan 9 nadir pediatrik kanser olgusunda pankanser panel çalışıldı.  Böbrek tümörü Anaplastik sarkom olgusunda DICER-1 mutasyonu varlığı tanıya katkı sağlamıştır. Böbreğin malign tümör olmayan kistik alanları ile karşılaştırıldığında eklenen DNA onarım gen ilişkili mutasyonların ve DİCER1 deki ek mutasyonların karsinogeneze katkısı açıklanmıştır. Overde juvenil granülosa hücreli tümör olgusunda DICER1 mutasyon saptanması genetik yatkınlık açısından klinik katkı sağlamıştır. Anevrizmal kemik kisti ve telenjiektatik osteosarkom ayırıcı tanısında mutasyonları önemi sorgulanmıştır.

Sonuç: Yeni nesil dizileme ile pankanser panel analizi (SNV,CNV, MSI ve TMB içeren) çalışılması pediatrik kanserlerdeyararlı bulunmuştur. Tanıya ulaşmada, yeni tedavi hedefi belirlemede moleküler patogenezi anlamada, ailesel kanser yatkınlık  ve genetik ilişkili sendromları ön görmede belirgin katkı sağlamıştır. İmmunoterapi kararında tümör mutasyon yükünün önemi henüz kanıtlanmamıştır.

Anahtar Kelimeler: Pediatrik Nadir Tümörler, yeni nesil Dizileme, Pan Kanser Panel