Akademik Veri Yönetim Sistemi
EurasianBioChem 2022 5th international eurasian conference on biological and chemical sciences, Ankara, Türkiye, 23 - 25 Kasım 2022, ss.1262
Giriş : Moleküler yöntemler kanser tanı ve tedavisinde artan
ivme ile önem kazanmaktadır. Yeni nesil dizileme (NGS) yöntemi kısa sürede çok
genin durumunu inceleme olanağı sağlamıştır. Solid tümör dokusunda somatik
olarak çalışılmaktadır. Ayrıca gereklilik durumunda periferik kan mononükleer
hücrelerinde germline çalışma yapılabilmektedir. Bu çalışmanın amacı nadir
görülen , ayırıcı tanı sorunu yaşanan ve agresif gidişli pediatrik tümörlerde
NGS ile araştırılan pankanser panelin önemini araştırmaktır.
Gereç Yöntem: 2019-2022 yılları arasında Dokuz Eylül
Üniversitesi Temel Onkoloji Anabilim Dalında Tanı zorluğu yaşanan pediatrik
kanserlerde uygulanan NGS pankanser panel olguları çalışmaya alınmıştır. Yeni
nesil sekanslama için Illumina MiniSeq cihazı kullanıldı. Pan Kanser Panel, 405
gen celemics kiti kullanıldı. Parafin tümör dokusu örnekleri gerekli olgularda
periferik kan MN hücreleri çalışıldı. Örnekler üretici talimatları
doğrultusunda çalışıldı. DNA izolasyonu
sonrası kalite ve kantite değerlendirildi. İstenen miktarda DNA elde edildikten
sonra NGS cihazı için kütüphane hazırlama aşamasına geçildi. Bu amaçla Hedef
Yakalama (Target Capture) temelli NGS kiti kullanıldı. Biyoinformatik
analiz için Genomize şirketi ile çalışıldı Raw reads (FASTQ), Alignment/Gene mapping (BAM), Variant calling (VCF)
Tek nükleotid değişiklikleri, Delesyonlar, İnsersiyonlar araştırıldı.
Mikrosatellit instabilite düzeyleri değerlendirildi. Tümor mutation burden
değerlendirildi.
Bulgular: Moleküler incelemeye alınan 180 olgudan 9 nadir pediatrik
kanser olgusunda pankanser panel çalışıldı.
Böbrek tümörü Anaplastik sarkom olgusunda DICER-1 mutasyonu varlığı
tanıya katkı sağlamıştır. Böbreğin malign tümör olmayan kistik alanları ile
karşılaştırıldığında eklenen DNA onarım gen ilişkili mutasyonların ve DİCER1
deki ek mutasyonların karsinogeneze katkısı açıklanmıştır. Overde juvenil
granülosa hücreli tümör olgusunda DICER1 mutasyon saptanması genetik yatkınlık
açısından klinik katkı sağlamıştır. Anevrizmal kemik kisti ve telenjiektatik
osteosarkom ayırıcı tanısında mutasyonları önemi sorgulanmıştır.
Sonuç: Yeni nesil dizileme ile pankanser panel analizi
(SNV,CNV, MSI ve TMB içeren) çalışılması pediatrik kanserlerdeyararlı
bulunmuştur. Tanıya ulaşmada, yeni tedavi hedefi belirlemede moleküler patogenezi
anlamada, ailesel kanser yatkınlık ve
genetik ilişkili sendromları ön görmede belirgin katkı sağlamıştır.
İmmunoterapi kararında tümör mutasyon yükünün önemi henüz kanıtlanmamıştır.
Anahtar Kelimeler: Pediatrik Nadir Tümörler, yeni
nesil Dizileme, Pan Kanser Panel