Akademik Veri Yönetim Sistemi
48. Ulusal Hematoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 1 - 05 Kasım 2022
Giriş: Pediatrik Burkitt lenfoma (pBL) çocuklarda en sık gözlemlenen
non-Hodgkin lenfoma türüdür. Oldukça hızlı büyüyen ve agresif karakteristiğe
sahip pBL’nin tanısının hızlı biçimde konulup tedaviye kısa sürede
başlanması gerekmektedir. pBL tanısının konulabilmesi için uygulanan
ve tümör biyopsi temini içeren invazif yöntemlerin yerini alabilecek noninvazif
tanı yöntemlerine ihtiyaç vardır. miRNA’ların kanser hastalarının
plazma örneklerinde yüksek ifade edilmesi durumunda non-invazif tanıyı
geliştirme potansiyelleri bulunmaktadır. pBL hasta plazmalarındaki miRNA’ların
ifade profilleri ve pBL tanısını geliştirme potansiyelleri önceden
incelenmemiştir. Bu çalışmada pBL hasta plazmalarında ifadesi artan dolaşımsal
serbest ve ekzozomal miRNA’lar miRNA-seq ile belirlenerek miRNA
seviyelerinin non-invazif (invazif olmayan) tanı biyobelirteç potansiyelleri
değerlendirilmiştir.
Yöntem: Tanı esnasında 17 pBL olgusuna ait tümör doku ve çevresel
kan örnekleri yanı sıra kontrol grubu olarak 15 obstrüktif uyku apnesi
(OSA) olgusuna ait tonsil doku ve çevresel kan örnekleri temin edildi.
FFPE tümör, dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA izolasyonları uygun
Qiagen kitleriyle gerçekleştirildi. OSA tonsil dokularında IgD−/CD38+/
CD77+ fenotipli sentroblast hücreleri FACS ile ayrıştırıldıktan sonra total
miRNA örnekleri miRNeasy Micro Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak izole
edildi. Agilent 2100 BioAnalyzer cihazıyla miRNA örneklerinin boyut
ve konsantrasyonları değerlendirilerek NUGEN Ovation® SoLo RNA-Seq
System ile miRNA-seq kütüphaneleri hazırlandı. NovaSeq 6000 yeni nesil
dizileme sistemi aracılığıyla tek uçlu, 50 bç uzunluğunda ve her bir miRNA
örneği için ~10 milyon adet NGS okuması (İng. reads) elde edildi. Kontrol
grubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farkla ifade edilen miRNA’lar
miRDeep2 programını içeren biyoinformatik iş akışı ile belirlendi. İfadesi
artan miRNA’ların tanısal potansiyelleri easyROC (sürüm: 1.3.1) programıyla
alıcı işletim karakteristiği (İng. receiver operating characteristic
[ROC]) eğrisi altındaki alan (AUC) belirlenerek değerlendirildi. miRNA-seq
sonuçlarının çapraz teyidi seçili miRNA’ların qRT-PCR deneyleri ve doğrusal
regresyon analizleriyle gerçekleştirildi.
Sonuçlar: pBL olgularındaki total dolaşımsal serbest miRNA konsantrasyonları
kontrol grubu örneklere kıyasla anlamlı biçimde yüksekti. miRNAseq
analizleriyle tümör doku örneklerinde toplam 409 adet miRNA’nın
ifadesinin istatistiksel olarak anlamlı (log2FC>1, FDR<0.05) olarak arttığı
belirlendi. Plazma örneklerinde ise kontrol grubuna kıyasla 35 dolaşımsal
serbest ve 128 dolaşımsal ekzozomal miRNA’nın ifadesinde artış gözlemlendi.
pBL tümör dokularında ifadesi yüksek olan miRNA’ların ROC analizleri
hsa-miR-143-5p, hsa-miR-654-3p, ve hsa-miR-10400-5p ifade seviyelerinin
pBL için tanısal biyobelirteçler olabileceğini gösterdi. pBL plazmalarında
yüksek ifadeli dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA’ların tek
veya entegre ROC analizleri, özellikle dolaşımsal ekzozomal miRNA’ların
bazı üçlü kombinasyonlarının non-invazif tanı geliştirme potansiyeline
(AUC>0.9) sahip olduğunu gösterdi (Şekil 1). Seçili miRNA’lar kullanılarak
gerçekleştirilen qRT-PCR deneyleriyle miRNA-seq analiz sonuçlarının hem
tümör doku miRNA hem de plazma miRNA seviyeleri için büyük ölçüde
örtüştüğü gözlemlendi.
Tartışma: Sonuç olarak, bu projede pediatrik Burkitt lenfomanın invazif
olmayan tanısını geliştirme potansiyeli bulunan ve plazma örneklerinde
ifadeleri artan miRNA’lar miRNA-seq aracılığıyla belirlenmiştir. Rutin klinik
değerlendirmelerle birlikte pBL hasta plazmalarında ifadesi artmış ekzozomal
miRNA’lar hastanelerde qRT-PCR aracılığıyla tespit edilip hızlı tanı
konmasına yardımcı olabilir.
Anahtar kelimeler: Pediatrik Burkitt lenfoma, invazif olmayan tanı, dolaşımsal serbest
miRNA, dolaşımsal ekzozomal miRNA, sıvı biyopsi.