Akademik Veri Yönetim Sistemi
15. Üroonkoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 10 - 14 Kasım 2021, ss.160-163, (Özet Bildiri)
Gereç ve Yöntem: TUR-Mt sırasında 30 hastadan taze mesane kanseri dokusu elde edildi. Dokularda
DNA konsantrasyonu Quibit ile ölçüldü. DNA miktarı 30 nanogramın üstü ve yeterli olmayanlar
örnekler konsantre edilerek çalışıldı. Çalışmada 19 hasta değerlendirildi. Bunun yanı sıra JMSU-1
mesane kanseri hücre hattı da incelendi. Pancancer 405 hedefli Celemics NGS paneli kullanıldı. Bu
panel 405 gen dizilemesi ve füzyon bölgelerini değerlendirmektedir. Ensembl versiyon 19.4.3
programında referans genom kullanıldı. Hem ekzon hem intron bölgelerinin analizi yapıldı. Hedef baz
boyutu 1milyon 286 bin kilobaz idi. NGS cihazından elde edilen data, “FASTQ” alınarak uygun
biyoinformatik programları ile değerlendirilerek, varyantların tespiti referans genoma göre yapıldı.
FASTQ data BAM verisine dönüştürüldü. Sık görülen somatik mutasyonlarda dizi ve füzyon analizi
yapıldı. Tümör mutasyon yükü de (50 cut-off değeri üstü yüksek olarak alındı) araştırıldı.
Bulgular: Çalışmada JMSU-1 mesane kanseri hücre hattı ile 19 KİOMK olgusu değerlendirildi. Yaş
ortalaması 69 yıl olan olguların 18’i erkek, biri kadındı. Patolojik incelemede, 11 hastada (%57,9) pTa
evreli tümör, 8 hasta (%42,1) ise pT1 evreli tümör saptandı. Olguların %52,6’sında düşük dereceli,
%47,4’ünde ise yüksek dereceli tümör saptandı. Hastalar EORTC risk sınıflamasına göre
gruplandırıldığında, 5 hasta düşük risk grubunda, 5 hasta orta risk grubunda ve 9 hasta yüksek risk
grubunda değerlendirildi. JMSU-1 hücreleri ve 19 olguda sık gözlenen mutasyonlar (>%20 olguda
saptanan) Resim 1’de verilmiştir. Buna göre FGF10 (%95), ABL1 (%85), PARP4 (%60), APOB (%55),
BARD1 (%55), MED12 (%55) ve ASXL1 (%50) en sık gözlenen (>%50) mutasyonlardı. Bu
mutasyonlardan BARD1 mutasyonu düşük ve orta riskli olgularda, yüksek riskli olgulara oranla daha
fazla saptandı (Sırasıyla %80, vs %80 vs %22,2; p=0,027). PARP4 mutasyonu, düşük risk grubuna göre
orta ve yüksek risk gruplarıyla ilişkili bulundu (%20 vs %73,3; p=0,036). BRCA2 ekzon 2 mutasyonu
yüksek evre ve derece ile ilişkiliydi. Hedefe yönelik ajanlar açısından 2 şer olguda EGFR, MET, ROS1
mutasyonu izlenirken bir olguda BRAF mutasyonu saptandı. Mutasyonların çoğunluğu ekzonik ve
Sayfa 161 / 286
bunların çoğunluğu da kopya sayısı varyasyonu özelliğinde saptandı. JMSU-1 hücre hattı ve 7 olguda
TMB yüksek (>50) iken, TMB çok yüksek olgu saptanmadı (Resim 2).
Sonuç: KİOMK mutasyon oranı yüksek bir tümör grubu olarak karşımıza çıkmaktadır. Mesane
kanserinde bireyselleştirilmiş tedavi yaklaşımı için hem hedefe yönelik tedavilerin belirlenmesinde
hem de immunoterapi kararında Pancancer sekans analizi yardımcı olabilir. Hedefe yönelik ajanlar
açısından bireysel bazda mutasyonlar saptanmıştır. PARP inhibitörleri açısından PARP4
mutasyonunun klinik önemi KİOMK için araştırılmalıdır. İmmunoterapi açısından TMB çok yüksek olgu
olmamakla birlikte yüksek saptanması önemlidir. KİOMK için TMB kesim değerinin daha çok olguyu
içeren çalışmalarda araştırılarak belirlenmesi gerekmektedir.
Teşekkür: Bu çalışmanın gerçekleşmesinde 2020.KB.SAG.037 no’lu BAP projesi kapsamında maddi
desteklerinden ötürü Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projesi Komisyonu’na teşekkür
ederiz.
Anahtar Kelimeler : Mesane tümörü, Kas invaziv olmayan mesane kanseri (KİOMK), Yeni nesil (next
generation) sekanslama (NGS) analizi, Genetik analiz, Mutasyon, Tümör mutasyon yükü