Karbapenemaz Üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında BD Phoenix CPO Emerge Panelin PZR ile Karşılaştırmalı Analizi: Çok Merkezli Bir Çalışma

Creative Commons License

Yiş R., Okalin Ş. Ş., Öktem İ. M. A.

Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, cilt.31, sa.1, ss.37-48, 2026 (ESCI, TRDizin)

Özet

Giriş: Çok ilaca dirençli (ÇİD) bakterilerin tüm dünyada yayılıyor olması, küresel sağlığa yönelik en büyük tehditlerdendir. ÇİD olan bu bakterilere karşı geliştirilmiş olan yeni antibiyotiklerin etkili olduğu karbapenemaz tipleri farklı olduğu için son yıllarda, seçilmiş hasta gruplarında karbapenemaz tiplerinin belirlenmesi gerekli hale gelmiştir. Çalışmamızda karbapenem duyarlı Klebsiella pneumoniae (KDuKP olmayan) ve karbapenem dirençli K. pneumoniae (KDiKP) izolatlarının karbapenemaz tipinin saptanmasında CPO (carba- penemase producing organisms) Emerge Panel (CRE Panel) performansının belirlenmesi, rutin tanı iş akışlarındaki katma değerinin araştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile uyumunun araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Kan kültürlerinde üremiş olan K. pneumoniae izolatların karbapenemaz aktivitesi, modifiye karbapenem inakti- vasyon metodu (mCIM) ile izolatlara ait karbapenemaz genleri (blaOXA-48-benzeri, blaNDM-benzeri, blaKPC, blaVIM ve blaIMP) PZR yön- temiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda tüm izolatların tür düzeyinde tanımlanması, karbapenemaz aktivitelerinin saptanması ve Ambler sınıflandırmalarının belirlenmesi CRE panel ile yapılmıştır. Bulgular: Çalışmaya toplam 134 klinik izolat (106 KDiKP, 28 KDuKP) dahil edilmiştir. Karbapenemaz aktivitesi pozitif saptanmış olan 106 izolatın karbapenem direnç genlerinin belirlenmesi amacıyla yapılan konvansiyonel PZR çalışması sonuçlarına göre; 46 izolat tek başına blaOXA-48, 19 izolat tek başına blaKPC, 15 izolat tek başına blaNDM pozitif olarak saptanmıştır. Geriye kalan 25 izolatta kombi- ne pozitiflikler gözlenmiştir. CRE panel sonuçlarına göre sınıflandırılmış olan 97 izolattan, 72 (%74.22) izolatın karbapenemaz sınıfları PZR sonuçları ile paralel sonuçlanmıştır (45 izolat D grubu, 11 izolat B grubu ve 16 izolat A grubu olarak saptanmıştır). Kit, tek tip karbapenemaz taşıyan 80 izolatın 72 (%90) tanesini doğru olarak tanımlamıştır. CRE panel, PZR ile karşılaştırıldığında karbapenemaz varlığını saptamada mükemmel duyarlılık ve özgüllük göstermekte olup (%100), karbapenemaz sınıflandırması için en yüksek duyarlılık, sınıf D OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten izolatların tespitinde gözlenirken (κ= 0.97: Mükemmel uyum) en düşük duyarlılık, sınıf B NDM karbapenemaz üreten izolatların tespitinde (κ= 0.75: İyi düzeyde uyum) gözlenmiştir. Sonuç: Sonuç olarak, CRE panel’in seçilmiş hasta gruplarında ve belirlenmiş algoritmalar dahilinde uygulanmasının, laboratuvar iş akışlarında ve aynı zamanda terapötik ve infeksiyon kontrol kararları üzerinde de olumlu bir etkiye sebep olacağını düşünüyoruz.
Introduction: The worldwide spread of multidrug-resistant bacteria is one of the greatest threats to global health. In recent years, it has become necessary to determine carbapenemase types in selected patient groups, as the activity of new antibiotics developed against these multidrug-resistant bacteria varies by carbapenemase type. In our study, we aimed to evaluate the performance of the CPO Emerge Panel (CRE panel) in determining the carbapenemase type of carbapenem-susceptible Klebsiella pneumoniae (non-CRKP) and carbapenem-resistant K. pneumoniae (CRKP) isolates, to assess its added value in routine diagnostic workflows, and to examine its agreement with polymerase chain reaction (PCR). Materials and Methods: K. pneumoniae isolates grown in blood cultures were selected retrospectively from the last isolate. Carbapenemase activity of the isolates was investigated by mCIM test and carbapenemase genes of the isolates (blaOXA-48-like, blaNDM-like, blaKPC, blaVIM and blaIMP) were investigated by PCR method. In our study, identification of all isolates at species level, determination of carbapenemase activities and Ambler classification were performed by CRE panel. Results: A total of 134 clinical K. pneumoniae isolates (106 carbapenem resistant, 28 carbapenem susceptible) were included in the study. According to the results of the conventional PCR study performed to determine the carbapenem resistance genes of 106 isolates with positive carbapenemase activity; 46 isolates were found to be positive for bla OXA-48 alone, 19 isolates were positive for bla KPC alone, 15 isolates were positive for bla NDM alone. Combined positivity was observed in the remaining 25 isolates. Among the 97 isolates classified according to the CRE panel results, carbapenemase classes of 72 (74.22%) isolates were in parallel with the PCR results (45 isolates were classified as group D, 11 isolates as group B and 16 isolates as group A). The kit correctly identified 72 (90%) of 80 isolates carrying a single type of carbapenemase. The CRE panel showed excellent sensitivity and specificity (100%) in detecting the presence of carbapenemases compared to PCR, with the highest sensitivity for carbapenemase classification observed in the detection of isolates producing class D OXA-48-like carbapenemases (κ= 0.97: excellent agreement) and the lowest sensitivity in the detection of isolates producing class B NDM carbapenemases (κ= 0.75: good agreement). Conclusion: In conclusion, we believe that the application of the CRE panel in selected patient groups and within established algorithms will have a positive impact on laboratory workflows as well as therapeutic and infection control decisions.