Akademik Veri Yönetim Sistemi
XL. ULUSLARARASI TÜRK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ, Antalya, Türkiye, 16 - 20 Kasım 2022, ss.381-382
Giriş ve Amaç: SARS CoV-2 zoonotik betakoronavirüsların insanda yol açtığı üçüncü salgındır (1). Enfeksiyonun hastane ortamındaki yayılımı hem hastaları hem sağlık çalışanlarını etkilemesi açısından önemlidir (2-4). Filyasyon çalışmaları bulaş dinamiklerini incelemek için bazı ipuçları sunmakla birlikte viral kanıtlar gereklidir. Çalışmamızda DEÜ hastanesinde farklı zamanlarda SARS CoV- 2 pozitif sağlık çalışanları ve temaslılarından oluşan kümelerdeki epidemiyolojik veriyi, tam genom dizilimi ve filogenetik analizle değerlendirerek bulaş ağlarının incelenmesini amaçladık.
Gereç ve Yöntem: Nisan 2020 ile Şubat 2022 tarihleri arasında SARS CoV-2 RNA pozitif sağlık çalışanları ve ilişkili olduğu düşünülen kişilerin verileri retrospektif olarak incelendi. Belirlenen 32 kişinin arşivlenmiş nazofaringeal sürüntü örneklerinden EZ1 Virus Mini Kit v2.0 (QIAGEN, Almanya) kullanılarak nükleik asid ekstrakte edildi. SARS-CoV-2 RNA tespiti RealStar®SARS-CoV-2 RT-PCR Kit 1.0 (Altona Diagnostics) kullanılarak Rotor-Gene Q cihazında gerçekleştirildi ve Ct <25 olan örneklere NextSeq (Illumina) cihazında QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 (Qiagen) protokolü ile tam genom dizileme gerçekleştirildi. Dizi analizi CLC Genomics Workbench programında (Qiagen, Almanya) WuhanH1 (MN908947.3) dizisi referans alınarak yapıldı. Elde edilen hasta dizileri ile GISAID (https:// www.gisaid.org/) ve GenBank’tan (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) alınan diğer dizilerden oluşan toplam 50 sekans maximum likelihood yöntemiyle bootstrap değeri 200 alınarak filogenetik ağaca yerleştirildi ve FigTree (v1.4.4) programı ile düzenlendi
Bulgular ve Sonuç: İncelenen 31 kişinin %52’si erkek ve medyan yaşı 41 (8-76) idi. Katılımcılar asemptomatik veya hafif -orta şiddette semptomlarla takip edildi. Çalışmada elde edilen genom dizileri hedef genomun en az 10x derinliğinde>%96 ‘ısını kapsamaktaydı. Total okuma sayısı 2 milyon- 5 milyon arasında, ortalama kapsam 4906 (3476-5766) olarak belirlendi. Grupta SARS-CoV-2’nin 8 farklı soy (lineage) ve 5 farklı dalı (clade) tespit edildi (Tablo 1). Sık saptanan ortak varyasyonlar (majör frekans> %80) ORF1ab ve S gen bölgelerinde tanımlandı (Tablo 2). Kuvvetli epidemiyolojik bağlantıları bulunan bulaş kümeleri, sekans analizi ve filogenetik ağaç ile değerlendirildiğinde, kümelerden birinin iki alt gruptan oluştuğu, diğer filyasyon kümelerinin ise doğrulandığı saptandı (Şekil 1). Filyasyon verileri, incelenen sağlık çalışanlarına SARS-CoV-2 bulaşmasında, uygunsuz kişisel koruyucu donanım (KKD) kullanımının, sosyal toplantıların (yeme ve içme) ve aile içi temasın önemli rol oynadığını belirledi. Genomik analiz, filyasyon verilerini doğrulamada başarı ile kullanılmış ve bulaşma zincirinin detaylandırılmasında virolojik kanıt ile katkı sağlamıştır.