Non alkolik yağlı karaciğer zemininde gelişen hepatoselüler karsinom ile viral hepatitler zemininde gelişen hepatoselüler karsinom arasındaki genetik moleküler farklılıkların in-silico yöntem ile analizi

Usubbaylı A., Danış N., Ellidokuz E. B., Leblebici A.

16. Ulusal Hepatoloji Kongresi, Ankara, Türkiye, 15 - 18 Mayıs 2025, ss.19, (Tam Metin Bildiri)

  • Yayın Türü: Bildiri / Tam Metin Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Ankara
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.19
  • Dokuz Eylül Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Amaç: Hepatoselüler karsinomun risk faktörlerinden olan MASLD ve viral hepatitleri ele alarak

spesifik risk faktörlerinin farklı zeminlerden gelişen tümör dokularındaki farklılıkları İn Silico yöntemi

ile inceleyerek bahsi geçen risk grupları için erken tanıda kullanılabilecek spesifik biyobelirteçlerin ve

ileriye yönelik yeni tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi

Gereç-Yöntem: 2 mRNA veri kümesi Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından seçilmiştir.

Veri profilinden alınan toplam örnek sayısı 269 olup, bu örneklerden 118 viral hepatit zemininde

gelişen HCC doku örneği ve 151 MASH zemininde gelişen HCC doku örneği içermektedir. Diferansiyel

olarak eksprese edilen genler R yazılımı 4.3.1 sürümü tarafından seçildi. Sonra gen ontolojisi (GO)

analizi ve Kyoto Gen ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) yol analizi ve Kanser Hallmark yolak analizleri

yapılarak farklı anlamlı eksprese edilen yolaklar ve bu yolaklarda görev alan genler ayırt edildi.

Bulgular: 2 mRNA veri kümesi kesişimi sonucu toplam 127 yukarı-regüle DEG elde olundu. Log2FC

>= 2 içeren genler MASH zeminli HCC grubunda ve Log2FC <= -2 içeren DEG ler ise Viral zeminli

HCC grubunda up- yukarı regüle olan DEG ler olarak tanımlandı. MASH zeminli HCC grubunda

toplam up regule olan DEG 13 sayısı 34, Viral hepatit zeminli HCC grubunda DEG sayısı 93 tespit

edildi. Düzeltilmiş p değeri ise alt; 0.05 olarak hesaplanmıştır. Fonksiyonel gen zenginleştirme analizi

sonuçlarıda ise KEGG ve Hallmark kanser yolakları analizlerinde HCC onkogenezinde bu anlamlı DEG

lerin yer aldığı önemli pathway’ler bulundu.

Sonuç: Biyoinformatik analizlerle MASH ve Viral hepatit kaynaklı HCC için anlamlı diferansiyel olarak

eksprese edilen genler (DEG) belirlenmiştir. MASH ve Viral sekonder HCCde up ve down regule

genler tespit edildi. Ferroptoz mekanizmasının HCC tedavisinde anti-tümör potansiyeli vurgulanmış

ve bu süreçte yer alan genler tespit edilip tartışılmıştır. Ayrıca, Sorafenib Lenvatinib gibi ilaclara

direncle iliskili genler tespit edildi ve tedavi etkinliğini artıracak hasta bazlı yaklaşımların önemini

ortaya koymuştur.