Haritalama Çalışmalarındaki Popülasyonların ve Markörlerin Zaman İçindeki Trendleri

Alaca E., Alaca B., Atılgan C., Songur U., Matur F.

3. Çanakkale Tarımı Sempozyumu, Çanakkale, Türkiye, 16 - 18 Kasım 2022, ss.1-2

  • Yayın Türü: Bildiri / Özet Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Çanakkale
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1-2
  • Dokuz Eylül Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

İlişkilendirme Haritalaması (Association Mapping), yönteminin kullanılarak oluşturulduğu Genom Çapında İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS) ve Bağlantı Haritalaması (Linkage Mapping), yöntemiyle oluşturulan Kantatif Karakter Lokus (QTL) Haritalama son yılların önemli gelişmelerindendir. Haritalama çalışmaları kullanılarak bitki boyu, verim, protein ve yağ oranı gibi kantatif; kuraklığa, sıcaklığa, zararlıya karşı direnç gibi kalitatif birçok özellikle ilişkilendirilmiş çeşitli gen bölgeleri tanımlanmıştır. Doğru bir haritalama çalışması yapmak için gerekli ön şartlar; genotipleme, haritalanan popülasyonun fenotiplenmesi ve istatiksel analizlerdir bunun yanında bunların etkin kullanımı da oldukça önemlidir. Dolayısıyla bu tür çalışmalar uzun soluklu, doğru ve yüksek sayıda örneklemli, maliyetli çalışmalardır.

Genotipleme aşamasında kullanılan genetik markörler arasında RFLP, RAPD, AFLP gibi markörler olduğu gibi SSR, SNP gibi markörler de yer alır. Kolay çalışılabilir, erişilebilir ve hızlı uygulanmasının yanında polimorfizm oranının yüksek olması markörlerde tercih sebeplerinden en önemlileridir. Fenotipleme aşamasında kullanılacak örneklem, doğal popülasyonlar veya haritalama popülasyonları olabilir. Doğal popülasyonlarda örneklem kendi kendine çaprazlanarak oluşmuş bireylerdir. Haritalama popülasyonlarında ise örneklem araştırmacılar tarafından çaprazlanıp üretilmiş popülasyonlardır. Son yıllarda haritalama çalışmalarında çalışılan popülasyonlar ile yüksek polimorfizm ve çözünürlüğü yakalamak için farklı haritalama popülasyonları kullanılmaya başlamıştır.

Çalışmamız, bu gelişen ve değişen genotipleme ve fenotipleme stratejilerinin zaman içerisinde değişimlerini ve birbirleri arasındaki etkileşimlerini anlamaya yöneliktir. Bu amaç doğrultusunda, Elsevier veritabanından Scopus indeksli yayın verileri toplanmış ve analiz edilmiştir. Her bir haritalanan popülasyon ve genotipleme türü ve makalesi yıllara göre araştırılmış ve değişimler gözlenmiştir. Bitkilerde hem QTL hem GWAS çalışmalarının yapıldığı görülürken, hayvanlarda GWAS çalışmalarının yoğunlukta olduğu bulunmuştur. Bunun en önemli sebeplerinden biri GWAS yaparken kullanılan örneklemdir, çalışmada sadece aileler kullanılmakla kalmaz, aynı zamanda rastgele bireyler de kullanılabilir. Bu sebeple insan gibi yüksek organizmalarda daha sıklıkla kullanılır. Verilerde gözlemlenen bir başka sonuç ise F2 ve RIL popülasyonlarının kullanım sıklığıdır. Detaylı sonuç veren popülasyonlar olan MAGIC ve NAM’ın kullanımları keşiflerinden itibaren artmıştır ancak yine de klasik popülasyonlara yaklaşamamıştır. Bunun sebebinin ise bu popülasyonların oluşturulmasında gereken zaman ve maliyettir.