Akademik Veri Yönetim Sistemi
Özbağçıvan Ö., Açıkgöz B., Muayad Saıd H.(Yürütücü), Aktan Ş.
TÜBİTAK Projesi, 2016 - 2017
Psoriasis, deride kırmızı
ve sedefi renkte kabukların bulunmasıyla karakterize, immün sistem temelli
kronik bir hastalıktır. Ömür boyu süren bir hastalık olan psoriasisin kesin
tedavisinin bulunmaması nedeniyle hastaların yaşam kalitesi kötü
etkilenmektedir.
Regülatör T (Treg)
hücreler, efektör T hücrelerin etkinliklerini baskılama görevi olan bir T hücre
alt grubudur. Bu hücreler, Treg hücre işlevi için en önemli düzenleyici
transkripsiyon faktörü olan FOXP3’ü (forkhead box protein 3) yüksek düzeyde
eksprese ederler. FOXP3 ekspresyonu eksikliğinde Treg hücre kaynaklı baskılamanın
kalktığı yapılan çalışmalar ile gösterilmiştir. Esas olarak gen baskılamada
görevli FOXP3, genomda Treg hücreye özgü hipometile bölgelerde gen
aktivasyonunu sağlamaktadır. FOXP3 gen bölgesinde CpG’ce zengin ve
korunmuş intronik bölgeler olan ‘Treg-specific demethylated region’ (TSDR)
bulunmaktadır. FOXP3 ekspresyonunun kararlılığı, TSDR metilasyonu ile
ilişkilidir. TSDR hipometilasyonu, Treg hücre soy özellikleri için önemlidir. Bu
bölgenin hipometilasyonu ile transkripsiyon faktörlerinin tanıma ve bağlanması
sağlanır ve bu sayede FOXP3 transkripsiyonunda artış olur. Epigenetik
çalışmalar, Treg hücrelerdeki metilasyonun, otoimmün hastalıkların ve psoriasisin
patogenezinde rolü olduğunu göstermektedir. FOXP3 TSDR metilasyon
düzeylerinin psoriasis alt tipleri, Psoriasis Alan ve Şiddet İndeksi (PAŞİ)
skoru ve kullanılan farklı tedavilerle ilişkisine ait bir literatür bilgisi
bulunmamaktadır. FOXP3 promoter bölgesinde CpG’ce zengin alanların
varlığı gösterilmiştir. Bu alanların metilasyon düzeyleri de gen aktivitesinin düzenlenmesini
etkileyecektir.
Psoriasis patogenezinde
etkili, inflamatuvar özellikteki interlökin 17 (IL-17) ve 23’ün hastalık
varlığında ve şiddetine bağlı olarak arttığı bilinmektedir. Bu sitokinleri
artırdığı düşünülen IL-36’nın psoriatik deri lezyonlarında bulunduğu gösterilmiştir.
IL-35, Treg aktivasyonunun düzenlenmesini sağlayarak otoimmün hastalıkların
tedavisi için potansiyel yeni bir hedef olarak
gösterilmektedir. IL-35’in, psoriasislilerde kanda bulunma düzeyi ile ilgili
bir literatür bilgisi bulunmamaktadır. Anti-inflamatuvar bir sitokin olan IL-10
ile IL-35’in plazmada bulunma miktarı kıyaslanarak psoriasis ve Treg
ilişkisinin araştırılması yararlı olacaktır.
Çalışmamızın amacı,
psoriasisli hastalarda periferik kan örneklerindeki FOXP3 geninin
seçilmiş bölgelerdeki metilasyon düzeylerinin, seçilmiş sitokinlerin
miktarlarıyla karşılaştırarak hastalık patogenezine olası etkisinin
değerlendirilmesi ve potansiyel klinik belirteçler olarak incelenmesidir.
Çalışmada kullanılacak kan
örnekleri, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Dermatoloji Anabilim Dalı
Polikliniği’ne başvuran psoriasisli hastalar ve sağlıklı kontrol grubundan elde
edilecektir. Hastaların tanı, tedavi ve izlemi dermatologlar tarafından
gerçekleştirilecektir. FOXP3 TSDR,
proksimal ve distal promoter bölgelerinin metilasyon düzeylerinin
incelenebilmesi için tam kandan DNA izolasyonunun ardından bisülfit
modifikasyonu uygulanacak ve bu örnekler HRM-PCR ile analiz edilecektir.
Metilasyonun ekspresyon düzeyine etkisinin gösterilebilmesi için tam kandan RNA
izolasyonunu takiben RT-PCR yöntemi ile cDNA sentezi gerçekleştirilecek ve
Real-Time PCR ile bu örneklerin ekspresyon düzeyleri analiz edilecektir. IL-10,
17, 23, 35 ve 36’nın kandaki düzeyleri, tam kandan elde edilecek plazma
örneklerine ELISA yöntemi uygulanarak bulunacaktır.
Yapılacak olan çalışma ile FOXP3
geninin TSDR, proksimal ve distal promoter bölgelerindeki metilasyonun, PAŞİ
skoru, hastalığın farklı klinik alt tipleri (kronik plak psoriasis, palmoplantar lokalize
psoriasis, palmoplantar püstüler psoriasis, generalize püstüler psoriasis ve
eritrodermik psoriasis) ve kullanılan farklı tedavi türleri (topikal: kortikosteroid (klobetazol
propiyonat), dbUVB, asitretin, siklosporin, adalimumab) ile ilişkisi araştırılacaktır. Klinik olarak hastalığın seyrinde ve
tedavi sürecinde kullanılabilir bir belirteç olarak FOXP3 TSDR
metilasyonu incelenecektir. Heterojen ve
spesifik psoriasis alt gruplarına yönelik literatür eksikliğinin giderilmesi
hedeflenmektedir.
IL-35 ve 36’nın psoriasislilerde kandaki sitokin düzeyleri ile ilgili literatür bilgisi bulunmamaktadır. Planlanan çalışmada literatüre katkı olarak bu iki sitokinin plazma düzeyleri ölçülerek, psoriasis alt türleri, PAŞİ skorları ve psoriasiste kullanılan farklı tedavi türlerine göre yorumlanacaktır. IL-17 ve 23’ü referans alarak IL-36 değerlerinin karşılaştırılması, hastalığın patogenezinin aydınlatılmasına katkı sağlayacaktır. IL-35’in kandaki düzeyi ve psoriasis ile ilişkisi hakkında bilgi edinilecektir. Elde edilecek olan sonuçlara bağlı olarak IL-35 ve IL-36’nın psoriasis ile ilişkili yeni belirteçler olarak kullanılıp kullanılamayacağı değerlendirilecektir.Çalışmamızın sonunda metilasyon ve sitokin değerleri yorumlanarak, psoriasis ve Treg ilişkisi geniş ve kapsamlı bir şekilde incelenmiş olacak ve bu yönüyle çalışmamız literatürde benzeri olmayan bir çalışma olacaktır. Çalışmamızın, konu ile ilgili olarak geliştirilecek belirteçlere katkı sağlayacağını ve edinilen yeni bilgiler sayesinde yeni çalışmalara yön vereceğini düşünmekteyiz.